La mayoría de las cepas están muy adaptadas a un ciclo de vida asexual. En ausencia de meiosis, la plasticidad cromosómica es la norma, y las diferentes cepas tienen diferentes números y tamaños de cromosomas. La mayoría de las células tienen numerosos núcleos, con algunas células vegetativas que poseen más de 100. Varios factores genéticos asexuales, como la recombinación parasexual, la mutación y otros procesos contribuyen a la variación entre núcleos en un solo organismo (talo). Por lo tanto, los hongos son altamente adaptables y evolucionan rápidamente. Existe una gran diversidad en el genotipo y fenotipo de las cepas silvestres.

Mientras que las cepas silvestres son altamente adaptables y pueden ser heterocarióticas (contienen núcleos de genotipo diferente dentro de un solo organismo, y por lo tanto altamente variables), las cepas utilizadas para el biocontrol en la agricultura comercial son, o deberían ser, homocarióticas (todos los núcleos son genéticamente similares o idénticos). Esto, junto con un estricto control de la variación a través de la deriva genética, permite que estas cepas comerciales sean genéticamente distintas y no variables. Este es un elemento de control de calidad extremadamente importante para cualquier empresa que desee comercializar estos organismos.