Fundó en 1984 la Cooperativa de Laboratorio del Área de la Bahía (BALCO), un centro de nutrición deportiva ubicado primero en Millbrae, California y luego trasladado a Burlingame, California. La Agencia Antidopaje de los Estados Unidos (USADA) dice que desarrolló el esteroide prohibido tetrahidrogestrinona (THG) con la ayuda del químico de culturismo Patrick Arnold. En virtud de un acuerdo con los fiscales, en julio de 2005 se declaró culpable de un cargo de conspiración para distribuir esteroides y un segundo cargo de blanqueo de una parte de un cheque. Fue sentenciado en octubre a pasar cuatro meses en la Institución Correccional federal Taft en Taft, California, y otros cuatro en arresto domiciliario.

En diciembre de 2004, participó en una entrevista con Martin Bashir en el programa 20/20 de ABC, donde admitió haber dirigido programas de dopaje, que han batido récords olímpicos, además de revelar que: «Toda la historia de los juegos está llena de corrupción, encubrimiento y consumo de drogas que mejora el rendimiento.

En la entrevista implicó, entre otros, a la cinco veces medallista de oro olímpica Marion Jones y su compañero Tim Montgomery, Kelli White (quien más tarde admitió usar drogas para mejorar el rendimiento), el atleta británico Dwain Chambers y el jugador de la NFL Bill Romanowski.

El 21 de diciembre de 2006, Yahoo Sports informó que uno de los abogados defensores iniciales de Conte, Troy Ellerman, había sido atacado por el FBI como una posible fuente de filtraciones a los medios durante la investigación de Barry Bonds. El 14 de febrero de 2007, Ellerman se declaró culpable de filtrar el testimonio del gran jurado. It was also reported that FBI agents were an additional source of leaks.

En mayo de 2007, Conte afirmó que de nuevo estaba proporcionando suplementos para Dwayne Chambers, quien dejó el atletismo para jugar en la NFL Europa league para los Hamburg Sea Devils antes de regresar al atletismo en 2008. Según Conte, estos suplementos nutricionales, proporcionados a través de su empresa Scientific Nutrition para Acondicionamiento Avanzado, son perfectamente legales.

El 13 de diciembre de 2007, Conte apareció en CNN antes de que The Mitchell report fuera publicado oficialmente.