vuonna 1885 yrityksensä kaaduttua 35-vuotias Reyes liittyi armeijaan taistelemaan vuoden 1885 sisällissotaan, ja rohkeutensa ja sodankäyntitaitojensa vuoksi hänet ylennettiin pian tämän jälkeen kenraaliksi. Kesken sodan presidentti Rafael Nuñez antoi hänelle vastuun johtaa operaatioita Panaman valloittamiseksi takaisin osana Kolumbian aluetta; tehtävää johti alun perin divisioonan kenraali Gral. Miguel Montoya, mutta Reyes oli se, joka johti. Buenaventurasta käynnistyi merioperaatio Panamaan, jossa Reyesin oli saatava vanha ponttoni korroosiolta hyvittääkseen laivueensa laivojen puutteen ja kyettävä siirtämään joukkonsa; feat tunnetaan nimellä ”ponttonin seikkailu”. Kun retkikunta saapui Panamáan, he palauttivat siviili-ja sotilasvallan, ja muutamaa päivää myöhemmin kaikki Yhdysvaltain joukkojen läsnäolo poistui Kannakselta. Kun Panaman kapinallinen Azpurría antautui ennen heitä, Reyes johti puhuttua sotaneuvostoa, joka johti Haitin Antoine Petricellin ja jamaikalaisen George Davisin, alias ”Cocobolon”, teloittamiseen.molempia pidettiin vastuussa Panaman Colónin palosta.

Pedro Prestán, jota myös syytettiin Colónin, Panaman palosta, hirtettiin 18.elokuuta, kolme kuukautta Pedro Nel Ospinan johtaman sotaneuvoston jälkeen; kaikesta huolimatta vastuu lankesi Reyesille. Samaan aikaan presidentti Rafael Nuñez työskenteli perustaakseen osavaltioon vakaan ja keskitetyn organisaation.

radikaalien liberaalien tappion ja uutta keskitettyä lakikokoelmaa tavoitelleen konservatiivipuolueen noustua valtaan vuoden 1863 perustuslaki kumottiin ja presidentti Rafael Nuñez johti vuoden 1886 perustuslakiin, joka olisi vallassa seuraavat sata vuotta. 11. marraskuuta 1885, kun kansallinen perustuslakia säätävä kokous perustettiin, Reyes sai paikan, mutta hänen osallistumisensa Magna Cartaan oli jotenkin valitettavaa, koska Miguel Antonio Caro vastusti useimpia hänen esityksiään.

vuonna 1887 hallitus antoi Reyesille ”luottamuksellisen tehtävän” Euroopassa: saada joitakin luottoja ja lainoja; tehtävä, joka ei kuitenkaan onnistunut, mutta palattuaan Nuñez nimitti hänet kehitysministeriksi. Vuonna 1888 hän palasi henkilökohtaisiin toimiinsa ja osti tocaiman lähellä sijainneen Andorran tilan, jossa maanviljely antoi hänelle takaisin aiemmin menettämänsä varallisuuden. Vuonna 1890 hänet valittiin senaattoriksi ja hän pyrki Kolumbian varapresidentiksi vuonna 1892, mutta hävisi mielipidemittauksissa. Viisi vuotta myöhemmin hän osallistui vuoden 1895 sisällissotaan, ja myöhemmin samana vuonna presidentti Miguel Antonio Caro nimitti hänet hallituksen ministeriksi huolimatta heidän välisistä vanhoista vihamielisyyksistä, jotka juontavat juurensa perustuslakia säätävän kokouksen aikoihin.

vuonna 1896, kun Reyesillä oli mahdollisuuksia presidenttiehdokkaaksi, Caro päätti lähettää hänet Pariisiin Kolumbian suurlähettilääksi, mikä piti hänet poissa presidenttikisasta vuoden 1898 presidentinvaaleissa ja häiritsi myös hänen osallistumistaan Tuhannen päivän sotaan.

vuodesta 1902 Reyes asui Meksikossa järjestäen ja järjestäen kaikkea vuoden 1904 presidentinvaaleja varten.

vuonna 1904 presidentti José Manuel Marroquín antoi hänelle tehtäväksi koota satatuhannen vapaaehtoisen armeijan taistelemaan ja voittamaan Panamá takaisin. Hänen kanssaan tehtävässä oli kolme kenraalia: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero ja Jorge Holguín.

Bogotaan saapuneiden tiedustelutietojen johdosta Yhdysvaltain uusien taistelulaivojen liikkeistä ja järjestelyistä Tyynellämerellä ja Karibialla Kolumbian lähestymistapa siirtyi sotaisuudesta diplomaattisempaan toimintatapaan; se, että Mayflower, Atlantin Pohjois-Amerikan lippulaiva ja muut kymmenen laivaa vartioivat molempia valtameriä estääkseen Kolumbian joukkoja nousemasta maihin ja suojellakseen Kannaksen kapinaa, sai asiat kallistumaan diplomatiaan ja estämään sodan Yhdysvaltoja vastaan.

Kolumbian joukot saivat nousta maihin, Kiitos ulkoministeri John M. Hayn, joka valtuutti ne astumaan Colóniin, mutta he eivät saaneet osallistua väliaikaiseen hallitukseen, joka neuvotteli Kannaksen hajauttamisesta. Washingtoniin.

Washingtonissa saatuaan tietää, että Hay-Banu-Varilla-sopimus Panaman kanssa oli allekirjoitettu, Reyes hajotti diplomaattikomission ja luopui kaikista yrityksistä ryhtyä sotilaalliseen yhteenottoon Yhdysvaltoja vastaan; Washingtonista hän kirjoitti:

joulukuun 22. Kaikenlainen aseellinen yhteenotto USA: n kanssa on vältettävä, Älä miehitä Panaman aluetta. Kokoontukaa Panamaan, 40 sotahöyryä. Välitön sodan vaara, Medellin, Bogota, kauhea tilanne.

Reyesin joukot odottivat kenraalin käskyä marssia alas Panamássa.

Panaman valtio oli irtautunut Kolumbiasta 3.marraskuuta 1903 presidentti José Manuel Marroquínin hallinnon aikana. Panaman joukot olivat julistautuneet itsenäisiksi Yhdysvaltain sotilasneuvonantajien ja joukkojen avustuksella. Tätä toimintaa tuki presidentti Theodore Roosevelt, joka oli ilmaissut kiinnostuksensa rakentaa interoceanic kanava tällä strategisella alueella. Kolumbian ja amerikan yhdysvaltojen välillä oli solmittu 12.tammikuuta 1903 Hay–Herránin sopimus, jolla Yhdysvallat rahoittaisi, ohjaisi ja valvoisi kanavan rakentamista.

vuoden 1904 presidenttikisassa, jossa ei ollut yhtään liberaalia ehdokasta, Reyes asettui ehdolle toista konservaattoria, kenraali Joaquín Fernando Véleziä vastaan, johon hän myöhemmin voitti täpärällä erolla.