L’église de Times Square a été fondée par David Wilkerson en 1987. À l’époque, Times Square était connu comme un centre de films classés X, de clubs de strip-tease, de prostitution et de toxicomanie. Wilkerson a ouvert l’église en réponse à ce qu’il a décrit comme « les personnes physiquement démunies et spirituellement mortes » qu’il a vues parmi les proxénètes, les fugueurs et les trafiquants de crack qui peuplaient la région. L’église de Times Square a brièvement tenu ses services à l’Hôtel de ville sur la 43e rue à Manhattan, puis au théâtre Nederlander sur la 41e rue.

En 1989, l’église a été louée à l’ancien théâtre Mark Hellinger. En 1991, il a acheté le théâtre pour 17 millions de dollars. Wilkerson décrit l’église comme une église évangélique pentecôtiste dirigée par trois pasteurs: David Wilkerson, son frère, Donald Wilkerson et Robert Phillips. Le théâtre est toujours l’emplacement actuel de l’église sur la 51e rue.

En 2001, le pasteur fondateur David Wilkerson a confié le pastorat principal à Carter Conlon, ancien pasteur évangélique de l’Est du Canada et pasteur associé à l’Église de Times Square de 1994 à 2001. Il y a aussi des ministres et des missionnaires en visite qui viennent prêcher de partout dans le monde. L’église met l’accent sur la prière et a même une « prière pendant le ministère de prédication ». Il y a aussi des programmes de lycée et de jeunes adultes pour enseigner la vérité et l’amour dans la Parole de Dieu.

De 2007 à 2009, l’église a organisé un événement appelé Prière sur la Place, un rassemblement de prière qui a eu lieu à Times Square.

Le 5 mai 2020, Tim Dilena est devenu pasteur principal, le troisième depuis la fondation de l’église. Il a eu une association à vie avec le pasteur fondateur David Wilkerson et prêche régulièrement à l’église depuis de nombreuses années.