Les îles Swan ont été découvertes par Christophe Colomb en 1502 et nommées Islas de las Pozas. Au 18ème siècle, ils ont été renommés les îles Swan, en l’honneur du capitaine Swan, le capitaine du Cygnet, que des pirates ont capturé et forcé à les rejoindre.

Les entrepreneurs américains ont commencé à exporter du guano comme engrais dans les années 1840.La société américaine « Atlantic and Pacific Guano Company », basée à New York, a été créée dans les années 1840 et a commencé à exporter des engrais à base de guano collecté sur les îles Swan. En 1856, les États-Unis auraient revendiqué les îles. En avril 1857, John Valentine White revendiqua les îles, en vertu de la Loi sur les îles Guano ; plus tard dans l’année, il transféra tous les intérêts sur ces îles à Charles Sterns, Joseph W. Fabens et Duff Green. Messers Sterns, Fabens et Green ont constitué en société la Atlantic and Pacific Guano Company, qui a émis 50 000 actions au prix de 100 each chacune pour une capitalisation totale de 5 000 000 $ en 1858. La compagnie a même émis des devises, signées par William H. Whitfield, en coupures de 25 cents, 50 cents et un dollar le 1er juin 1867, pour faciliter le commerce sur les îles.

Par la suite, une entreprise chimique a acheté les îles mais est devenue insolvable. Le capitaine Alonzo Adams y navigua en 1893 et prit possession des îles; en 1904, il en céda la propriété à la Swan Island Commercial Company. Cette société a loué une partie de Great Swan Island à la United Fruit Company, qui cultivait des cocotiers et installait une station de relais radio sans fil pour desservir sa flotte des Caraïbes, mais a finalement abandonné le bail. La Swan Island Commercial Company a fourni des données de surveillance des ouragans de 1928 à 1932. À partir de 1938, le Bureau météorologique des États-Unis a installé une station météorologique sur Great Swan, mais ne l’a dotée que pendant la saison des ouragans.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, la Marine américaine et le Bureau météorologique des États-Unis ont stationné du personnel sur l’île. À la fin des années 1940 jusqu’en 1949, l’île Swan est devenue une station de quarantaine animale du Département de l’Agriculture des États-Unis pour l’importation de bœuf. En 1914, ce qui est maintenant le National Weather Service (NWS) et, plus tard, l’Agence fédérale de l’Aviation (FAA) ont mis en place des moyens météorologiques et de communication sur Swan pour soutenir les services aéronautiques et les activités de prévision des ouragans. La FAA a quitté l’île Swan dans les années 1960, laissant au NWS tous ses actifs et responsabilités.

Le Honduras a revendiqué ces îles à partir de 1923, affirmant que, parce que Colomb les avait découvertes en naviguant pour l’Espagne, elles devaient appartenir au pays hispanophone le plus proche. Les États-Unis et le Honduras revendiquèrent les îles Swan jusqu’à ce que les États-Unis abandonnent leur revendication en vertu de la Loi sur les îles Guano. Un traité a été signé le 22 novembre 1971 et le titre clair du Honduras est entré en vigueur le 1er septembre 1972. La propriété de l’île était depuis longtemps contestée. La famille Sumner Smith a toujours maintenu sa propriété et, apparemment, avait un certain statut dans le U.S. tribunaux. Néanmoins, le gouvernement américain a choisi d’abandonner sa réclamation malgré cette position (réf. D. Platt, et coll., NOAA-NWS). Les îles ont acquis une notoriété au début des années 1960 grâce aux activités de Radio Swan, qui a commencé à émettre en mai 1960 lors de la préparation et, plus tard, de la conduite de l’invasion de la Baie des Cochons de Cuba. La station a été retirée des îles à la fin des années 1960, son émetteur principal a ensuite été transféré pour être utilisé pendant la guerre du Vietnam.

En 1965, à Bellaire, au Texas, la police a interrogé un ancien lycéen de Bellaire sur son rôle dans une  » armée  » adolescente dédiée à la libération des  » pays opprimés « , rapportait le Houston Chronicle. Le groupe, appelé les Kononiers, existait depuis environ cinq ans, a déclaré l’étudiant au journal, et était armé lors d’une série de cambriolages du magasin d’armes de Deep River. Les armes ont été emmenées dans la zone du réservoir d’Addicks, où elles se sont entraînées au combat. Les jeunes s’entraînaient pour  » L’opération de libération de l’île des Cygnes  » au large du Honduras.

En 1987, le Los Angeles Times a rapporté que la CIA et d’autres agences gouvernementales américaines avaient un centre de formation clandestin sur l’île des Cygnes pour les Contras nicaraguayens. En 1989, le président du Honduras, Rafael Leonardo Callejas, a déclaré que l’île était un refuge faunique protégé.

En octobre 1998, l’ouragan Mitch a traversé la région avec des vents de 290 km/h (180 mph).

En 2001, Swan Island Development, LLC, de Brooksville, en Floride, a annoncé son intention de développer les îles Swan d’ici 2010, en partenariat avec le gouvernement du Honduras. L’immobilier de luxe et les hôtels, évalués à cinq milliards de dollars, ont été envisagés, avec une ville principale nommée Cygnet. En 2004, Swan Island Development a également annoncé son intention d’établir un centre de recherche sur les cellules souches humaines. À partir de 2021, aucun de ces deux événements ne s’est produit.