Comme la baie de Saginaw est moins profonde et plus chaude que le bassin principal du lac Huron, sa communauté de poissons est également différente. Les pêches récréatives et commerciales sont exploitées dans la baie de Saginaw. Le doré jaune et la perchaude sont les principales espèces sportives, tandis que la pêche commerciale cible principalement le corégone de lac et la perchaude. La pêche commerciale est une pêche autorisée de l’État du Michigan, par opposition aux pêches tribales qui opèrent dans d’autres parties du lac Huron. La pêche récréative est devenue plus importante dans la dernière moitié du 20e siècle. Avant cela, les pêcheries de la baie étaient presque entièrement commerciales. Comme la plupart des Grands Lacs, les pêches se sont effondrées ou se sont gravement dégradées vers le milieu du 20e siècle. Cela a été attribué principalement à la dégradation de l’habitat (construction de barrages, sédimentation des frayères au large), à la pollution, à l’eutrophisation culturelle et aux effets des espèces envahissantes. L’exploitation relativement intense des pêches commerciales qui opéraient à l’époque a probablement accéléré le déclin, mais on ne croyait pas en être la cause principale, car elles y opéraient depuis la fin du 17e siècle.

La résurgence de la pêche a commencé après l’adoption de lois sur l’eau potable telles que la Loi sur l’eau potable et le Pacte sur l’eau potable des Grands Lacs. La pêche au doré jaune a commencé une résurgence au début des années 1980 lorsque le ministère des Ressources naturelles du Michigan a lancé un programme d’ensemencement des alevins. La pêche sportive a rapidement refait surface, mais la pêche commerciale du doré jaune, officiellement fermée en 1970, est restée fermée. La récolte de la pêche récréative s’élevait en moyenne à 80 000 dorés par an de 1986 à 2002, mais dépendait de l’écloserie, avec jusqu’à 80 % de la récolte de poissons d’écloserie. Un changement profond du réseau trophique du lac Huron a eu lieu en 2003 avec la quasi-disparition du gaspareau envahissant. Les gaspareaux utilisaient les eaux près de la côte de la baie de Saginaw comme frayères et lieux de nidification et étaient un prédateur et un concurrent redoutable sur les alevins percidés (doré jaune et perchaude) nouvellement éclos. En l’absence de gaspareaux, le succès reproducteur du doré jaune et de la perchaude a considérablement augmenté. Le ministère des Ressources naturelles du Michigan a cessé l’ensemencement en 2006 et les objectifs de rétablissement du doré jaune ont été officiellement atteints en 2009. Depuis lors, la récolte récréative a varié d’environ 150 000 par an à jusqu’à 350 000 par an. Le ministère des Ressources naturelles du Michigan a libéralisé la récolte récréative du doré jaune (limite de possession quotidienne plus élevée et limite de longueur minimale plus basse) en 2015. Bien que la perchaude ait également bénéficié de l’absence de gaspareaux avec un plus grand succès de reproduction, le nombre d’adultes a diminué et est resté déprimé. Cela est dû à un taux de mortalité élevé au cours de leur première année de vie, considéré comme une prédation par le doré jaune et d’autres prédateurs.

D’autres espèces historiquement importantes de la baie de Saginaw comprennent l’esturgeon jaune et le cisco (hareng du lac). Jusqu’au milieu du 20e siècle, la baie de Saginaw a soutenu une énorme pêche commerciale au cisco. Ils ont diminué dans une grande partie du lac et ne se sont pas rétablis dans la baie de Saginaw. Un programme d’ensemencement de cisco fingerling visant à restaurer une population reproductrice dans la baie a été lancé en 2017, un exercice conjoint du U.S. Fish and Wildlife Service, du département des Ressources naturelles du Michigan et d’autres organismes partenaires de la Commission des pêches des Grands Lacs. L’esturgeon jaune, qui fraie principalement dans les rivières, fait également l’objet d’un effort de réapprovisionnement dirigé par le département des Ressources naturelles du Michigan, les plantations ayant lieu dans le système fluvial Saginaw.