Après avoir été détenu à l’isolement, Thomas est finalement libéré par Janson (surnommé « l’Homme-Rat »), qui est le directeur adjoint de WICKED (Département d’expérience de Killzone Dans le Monde en Catastrophe). Janson dit aux Gladers (Groupe A) et au Groupe B que la plupart de leur nombre sont immunisés contre la fusée éclairante, mais certains, dont il lit les noms, ne sont pas immunisés, y compris le Triton. Les Gladers ont la possibilité d’enlever les puces de contrôle mental dans leur tête et de restaurer leurs souvenirs, mais au prix de la capacité de Thomas à communiquer télépathiquement avec Teresa et Aris. Seuls Thomas, Minho et Triton choisissent de ne pas subir l’opération, car ils ne font pas confiance à WICKED, et Thomas ne veut pas savoir qui il était lorsqu’il a aidé à créer le labyrinthe. Tous les trois s’échappent de WICKED avec l’aide de Brenda et Jorge avant que leurs jetons ne soient retirés.

Brenda et Jorge sont révélés travailler pour WICKED. Thomas se sent d’abord trahi, mais Brenda le convainc de lui pardonner. Peu de temps après, les Gladers découvrent que tous ceux qui avaient subi la restauration de la mémoire les ont abandonnés. Newt donne un mot à Thomas et lui dit de l’ouvrir « quand le moment sera venu. »Les cinq se rendent ensuite à Denver pour trouver Hans, un ancien chercheur MÉCHANT qui peut retirer leurs puces de contrôle mental. Là, un homme en costume noir les dirige vers une adresse, où Gally les attend. Gally a rejoint le groupe rebelle le Bras droit et explique que WICKED capture tous les Immunisés qu’il peut trouver pour préparer un autre cycle des Épreuves. Il révèle également que dans les villes en décomposition, beaucoup vivent qui souffrent de la poussée mais prennent la félicité de la drogue illicite, qui ralentit le fonctionnement du cerveau et aide à soulager la douleur que ressentent les manivelles de la poussée.

Le groupe trouve Hans, qui enlève la puce de contrôle de Minho. Cependant, WICKED utilise la puce de Thomas pour le forcer à résister à la procédure. Brenda, Jorge et Minho doivent le retenir pour que Hans effectue l’opération. Ensuite, le groupe se rend dans un café, où un agent de sécurité appréhende Thomas pour le vendre à des chasseurs de primes, qui l’emmèneront à WICKED. Janson intervient dans un holographique, envoie un véhicule de police pour sauver Thomas, et lui dit qu’il doit retourner à WICKED « pour sauver Newt. »Thomas et ses amis découvrent dans une note que Triton a été pris aux manivelles. Minho les convainc d’aller au Crank Palace de Denver pour sauver Newt, où ils soudoient les gardes pour entrer. Quand ils rencontrent Newt, il leur ordonne avec colère de partir, et les autres Manivelles les chassent. Thomas se souvient alors de la note de Newt, la lit et découvre qu’il avait supplié Thomas de le tuer. Thomas désespère de ne pas avoir lu la note plus tôt.

Après son retour à Denver, Thomas voit que Newt a succombé à la fusée éclairante. Thomas répond aux supplications de Newt en lui tirant une balle dans la tête comme un acte de miséricorde. Le groupe découvre alors que Teresa et les autres Immunes ont été capturés. Après avoir assommé les gardes, ils découvrent que les gardes étaient dirigés par Vince, le chef du Bras Droit, qui explique qu’ils infiltrent le quartier général de WICKED. À l’intérieur, Thomas découvre comment Janson a tenté d’utiliser sa tentative de « sauver Newt » pour compiler des données pour le remède en examinant la structure physique du cerveau de Thomas, ce qui le tuerait. Thomas est forcé de commencer l’opération mortelle du cerveau mais parvient à planter un dispositif qui désactive les armes de WICKED, ce qui permet au Bras droit de commencer à prendre d’assaut l’installation.

Thomas se réveille pour trouver une note de la chancelière Ava Paige, la chef de WICKED, qui explique qu’il y a déjà assez de ressources des Essais pour faire un plan pour le remède et que son cerveau n’est donc pas nécessaire après tout. Paige révèle l’emplacement des Immuns « vendus » par le Bras Droit pour accéder à WICKED, et elle donne des instructions pour un « endroit sûr » dans lequel Thomas devrait tous les emmener. Thomas et ses amis rentrent dans le Labyrinthe et trouvent les Immunes capturés. Cependant, ils apprennent que le Bras droit a l’intention de détruire, plutôt que d’occuper, le quartier général MÉCHANT. Des explosions secouent le labyrinthe et des débris qui tombent tuent certains des Immunisés qui se trouvent à l’intérieur. Déclenchés par l’agitation, les Plaignants sortent du stockage, mais Teresa montre à Thomas comment les arrêter. Thomas trouve une porte arrière; qui s’avère être un Trans plat. Ils commencent à rassembler les enfants immunisés à travers le Trans plat, mais avant que Thomas et ses amis puissent s’échapper, Janson et les gardes de sécurité les coincer. Ils entament un combat qui se termine lorsque Thomas étrangle Janson à mort. Cependant, Teresa meurt également des chutes de débris dans le but de sauver la vie de Thomas. Fuyant le bâtiment, les Immunes s’échappent par le Trans plat qui mène à un paradis luxuriant.

L’épilogue est raconté par Paige. Elle révèle qu’après les éruptions solaires catastrophiques, l’éruption a été délibérément créée et relâchée par le gouvernement comme une forme de contrôle de la population. Cependant, le gouvernement et WICKED se sont retrouvés incapables de contrôler la peste. Paige se rendit compte qu’ils ne pourraient jamais trouver de remède à la Flambée et que les efforts de WICKED étaient vains. Elle a réalisé que le seul espoir d’empêcher l’extinction de l’humanité était que les Immunisés créent leur propre société, loin du reste du monde. Elle a conçu un plan avec Brenda et Jorge pour les envoyer dans un endroit sûr où ils pourraient restaurer la civilisation humaine et elle a donc déclaré: « LE méchant est bon. »