Un jour, un collègue s’est arrêté devant mon établi pour demander quel détergent ne briserait pas la membrane nucléaire. Sur la base de mon expérience précédente d’utilisation de détergents doux dans des tampons de lyse, j’ai répondu: « NP-40 ». Cependant, nous avions deux marques de NP-40. Un examen plus approfondi des fiches techniques a révélé que les noms chimiques étaient différents même s’ils utilisaient le même acronyme.

Un détergent de N’importe Quel Autre Nom Lyse-t-il aussi sucré?

J’ai partagé le regard surpris de mes collègues une fois que nous avions constaté que tous les NP-40 ne se ressemblent pas. Mais cela ferait-il une différence? En général, les cellules de mammifères peuvent être lysées pour l’extraction de protéines avec des tampons tels que le tampon RIPA. Habituellement, le tampon RIPA contient un détergent non ionique comme le NP-40 qui séparera les organites entiers. D’autres détergents non ioniques disponibles incluent le Triton X-100, le Triton X-114 et le Tween-20. Selon le type de cellule et l’application, la concentration de détergent que vous utilisez (généralement de 0,1 à 2%) pourrait entraîner une contamination mutuelle du contenu cytoplasmique et du contenu nucléaire. Si votre objectif est de détecter votre protéine préférée dans un lysat cellulaire entier par Western blot, des concentrations plus élevées de détergent sont favorables. Cependant, mon collègue voulait effectuer des fractionnements subcellulaires, en particulier des extractions nucléaires. Les préparations de ces échantillons ont tendance à nécessiter une concentration beaucoup plus faible de détergent pour minimiser les perturbations de la membrane lors de l’étape initiale de lyse.

L’erreur dans ma réponse à mon collègue était que je n’avais pas pris pleinement en considération le résultat souhaité de la lyse cellulaire. Ils voulaient évaluer la localisation de la protéine, pas seulement pour en déterminer l’abondance dans toute la cellule. Le NP-40 était-il le bon détergent pour le travail?

Il s’avère que l’acronyme « NP-40 » peut faire référence à deux produits chimiques des noms IUPAC suivants:

• Octylphénoxypolyéthoxyéthanol: nom de rue IGEPAL ™
• Nonylphénoxypolyéthoxyéthanol: nom de rue Tergitol ™

Il convient de noter qu’il n’y a qu’une seule différence entre les deux produits chimiques, qui réside dans le nombre de groupes alkyles (en gras ). Malgré cela, et les différences dans leurs noms de rue, les deux bouteilles disent simplement « NP-40 ».

Qu’y a-t-il dans un nom ?

Après avoir fait des recherches sur l’origine du terme insaisissable « NP-40″, j’ai découvert que les marques actuelles de NP-40 disponibles dans le commerce sont considérées comme des substituts du Nonidet P-40 de Shell Chemical Company, qui a été abandonné, souvent abrégé en NP-40. Après l’arrêt du Nonidet P-40 de Shell, d’autres sociétés comme Sigma-Aldrich et PanReac AppliChem ont commencé à distribuer ce que l’on appelle des  » substituts de Nonidet P-40″. Deux noms de marque principaux ont émergé: IGÉPAL™ et Tergitol™. Comme IGEPAL et le Nonidet P-40 de Shell portent le nom chimique d’octylphénoxypolyéthoxyéthanol, IGEPAL est le détergent le plus chimiquement similaire au détergent abandonné.

Avec toutes les connaissances de base de votre arsenal, revenons à la question de mon collègue. Généralement, le fractionnement subcellulaire nécessitera une concentration de détergent d’aussi peu que 0,1% de Nonidet P-40 (j’ai vu 0,05% être rapporté dans des publications) et il pourrait s’agir d’IGEPAL, de Tergitol ou de l’un des autres substituts de Nonidet P-40. Donc, une meilleure façon de répondre à la question de mon collègue aurait été de dire: « Je recommanderais de commencer avec 0,1% de Nonidet P-40. ». Je recommanderais également de documenter la marque de Nonidet P-40 qu’elle décide d’utiliser à des fins de reproductibilité. Il existe des données empiriques qui notent les marques spécifiques. Une de ces publications avait pris le temps de comparer les rendements en tubuline polymérisée dans des tampons contenant différentes marques de Nonidet P-40, y compris la marque abandonnée, afin de déterminer les pouvoirs détergents. Alerte spoiler: les marques actuelles de Nonidet P-40 sont plus efficaces pour isoler la tubuline polymérisée que la marque abandonnée!

Confusion des noms : La faute aux chimistes !

Cette anecdote m’a rappelé un autre exemple dans lequel les noms des réactifs de laboratoire pouvaient embêter l’esprit. Poursuivant sur le thème de la lyse cellulaire, quelle est la différence entre une protéase et une protéinase? Comme dans le cas de « NP-40 », l’histoire derrière le terme « protéinase » n’a fait que semer la confusion dans la littérature. Avez-vous entendu parler de la protéinase K? Une utilisation populaire de la protéinase K est l’extraction de l’ADN. Pourquoi ne s’appelle-t-on pas protéase K? Selon une lettre de 1986 de Biochemical Journal, la « protéase » est un terme plus large pour le clivage des liaisons peptidiques, qui constituent l’épine dorsale des protéines. Cependant, les protéases peuvent cliver des structures / peptides secondaires courts ainsi que des structures / protéines tertiaires (pensez à la biochimie 101). Par conséquent, le terme « protéinase » est apparu comme un moyen d’identifier une protéase qui clive les protéines à structure tertiaire. Cependant, les laboratoires actuels ont tendance à parler de protéases à l’exception, par exemple, de la protéinase K. Vous auriez raison si vous disiez « protéase K », mais vous pourriez avoir du mal à la trouver dans n’importe quel inventaire.

Alors, le vrai NP-40 résistera-t-il ? On dirait qu’Eminem chercherait soit la marque abandonnée de Shell Chemical Company de Nonidet P-40, soit IGEPAL. Cependant, pour votre application spécifique, il vaudrait la peine de collecter des données plus empiriques sur la marque de NP-40 que vous souhaitez utiliser. Personnellement, je préférerais que « NP-40 » soit éliminé de notre vocabulaire pour être remplacé par le légitime « Nonidet P-40 », mais nous voilà – « tomate » ou « toMAte », je suppose!

1. Sinka S, Field JJ, Miller JH (2017). Use of substitute Nonidet P-40 non ionique detergents in intracellular tubulin polymerization assays for screening microtubule targeting agents. Biol cellulaire. 95: 379-384.
2. S. Ministère de l’Agriculture (2015). Éthoxylates de nonphényle. Washington, D.C.: Institut de recherche sur les pesticides, Programme biologique national de l’USDA.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenclature: protéase, protéinase et peptidase. Biochem J 237:935.