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Depuis les premiers jours de la pandémie, les cliniciens et les chercheurs recherchent des alternatives aux écouvillons nasopharyngés. Alors que les échantillons prélevés sur des écouvillons sont considérés comme la norme de référence en termes de génération de résultats précis, ces tests nécessitent plus de fournitures, mettent les travailleurs de la santé en contact plus étroit avec des personnes potentiellement infectées et sont difficiles à transposer pour des tests de masse. La salive a été présentée comme une alternative facile et peu coûteuse, mais son efficacité et sa précision restent des points de discorde.

Alors même que les grandes universités ont commencé à déployer des initiatives ambitieuses basées sur la salive sur des campus à travers les États-Unis, les entreprises privées cherchant à développer des tests de diagnostic rapides à domicile se sont éloignées de ces outils. Les essais de tests basés sur la salive déployés sur le terrain ont donné des résultats mitigés, et on ne sait toujours pas dans quelles conditions la salive est la plus utile ni comment elle peut être intégrée au cadre de test existant.

Nous sommes allés dans la jungle, dans des villages au milieu de la forêt, et dans des quartiers très pauvres avec des équipes mobiles.

— Mathieu Nacher, Université de Guyane

Anne Wyllie, épidémiologiste à la Yale School of Public Health, a étudié l’utilisation de la salive comme source de matériel génétique au cours de la dernière décennie et, plus récemment, a étudié le rôle de la salive dans le dépistage du COVID-19. Wyllie a suivi la littérature émergente pendant la pandémie pour voir à quelle fréquence la salive surpasse les écouvillons nasopharyngés. À travers les près de 30 études qu’elle a analysées, « c’est presque la moitié et la moitié », dit-elle.

Pour tester l’efficacité de la salive elle-même, Wyllie et 50 collègues ont fait leur propre comparaison côte à côte et ont récemment écrit un commentaire dans le New England Journal of Medicine dans lequel ils ont rapporté les résultats.

Parmi les 70 patients admis à l’hôpital Yale-New Haven avec des cas suspects de COVID-19, les échantillons de salive contenaient souvent plus de copies du SARS-CoV-2 que les échantillons d’écouvillonnage, et un pourcentage plus élevé d’échantillons de salive étaient positifs jusqu’à 10 jours après le diagnostic initial. Et lorsqu’ils ont été appliqués à 495 travailleurs de la santé, les tests de salive ont identifié deux cas asymptomatiques de plus que les écouvillons, ce qui a conduit l’équipe à conclure dans sa lettre: « nos résultats corroborent le potentiel des échantillons de salive dans le diagnostic de l’infection par le SRAS-CoV-2. »

Dans les établissements de soins de santé contrôlés, au moins, il semble que la salive puisse fonctionner de manière comparable aux écouvillons nasopharyngés. Mais la COVID-19 est une pandémie mondiale et bon nombre des communautés les plus touchées sont rurales, pauvres ou mal desservies. Et ces conditions peuvent influencer le bon fonctionnement des tests à base de salive.

Une comparaison en tête—à—tête dans la jungle

La Guyane française – un territoire situé le long de la côte est de l’Amérique du Sud – a été fortement touchée par le COVID-19, avec des infections confirmées chez plus de 3% des quelque 300 000 habitants de la région. Grâce aux voyages en bateau, le virus a rayonné le long d’un réseau alambiqué de rivières pour infecter des villages reculés de la forêt amazonienne.

Mathieu Nacher, épidémiologiste à l’Université de Guyane, raconte au Scientifique qu’il a été approché par le gouvernement français pour mener des essais cliniques, y compris une comparaison entre des écouvillons et de la salive, juste après le pic de l’épidémie début juillet.

Entre le 27 juillet et le 10 septembre, des équipes mobiles de terrain ont collecté des échantillons appariés de 776 personnes à travers la Guyane française, voyageant « dans la jungle, dans des villages au milieu de la forêt et dans des quartiers très pauvres  » pour recruter des participants, explique Nacher.

En apportant les tests directement sur le terrain, les chercheurs ont pu évaluer l’efficacité de ces outils de dépistage dans des scénarios réels. « C’est là que vous pouvez vraiment voir leur utilité », explique Wyllie au scientifique. Ses travaux ont montré que le SARS-CoV-2 reste stable dans la salive pendant de longues périodes, même à température ambiante — une caractéristique utile dans les situations d’échantillonnage où la régulation de la température peut être importante, ou pas du tout.

Après avoir été prélevés, les échantillons ont été conservés au frais et transportés à l’hôpital de la capitale Cayenne pour traitement dans les 24 heures. Les deux échantillons ont subi les mêmes protocoles d’extraction et les mêmes tests de PCR pour dépister la présence de trois gènes viraux, N, E et RdRP.

Je pense que la détection de la salive est en fait plus représentative de qui est infectieux.

— Carolyn Banister, Université de Caroline du Sud

Les résultats, partagés le 24 septembre sur le serveur de préimpression medRxiv, montrent que parmi les 776 participants, 162 ont reçu un diagnostic positif d’au moins l’une des deux méthodes; 76 cas provenant d’écouvillons, 10 de salive et 76 de salive et d’écouvillons. Soixante et un pour cent des personnes atteintes de COVID-19 ont déclaré avoir des symptômes bénins, tandis que 39% étaient asymptomatiques.

Dans l’ensemble, les tests de salive étaient moins sensibles que les prélèvements nasopharyngés, bien que les résultats différaient en fonction de la charge virale d’une personne. Les PCR amplifient les séquences cibles en cycles, chaque cycle doublant la quantité de matériel génétique du virus. Plus la concentration initiale de virus est élevée, moins il faut de cycles pour passer un seuil de cycle (Ct). Les professionnels de la santé utilisent cette valeur pour évaluer si une personne est testée positive au COVID-19.

Lorsque la charge était faible, ce qui signifie que le nombre de Ct était important, les deux méthodes étaient plus souvent en désaccord. C’est parce que le virus est plus difficile à détecter en utilisant l’une ou l’autre méthode chez les personnes qui ont récemment été infectées ou celles qui ont été testées à la fin de leur maladie. Chez les patients asymptomatiques, la sensibilité de la salive n’était que de 24% par rapport aux écouvillons.

La différence de performance entre les deux méthodes variait également en fonction du gène viral amplifié. Le test PCR ciblait les trois gènes à la fois, mais une analyse des données séparant la détection de chaque gène a montré que le gène N, une région du virus recommandée pour les tests par les Centers for Disease Control and Prevention, était le moins fiable, en particulier avec de faibles charges virales. Chez les patients symptomatiques, l’accord entre les deux méthodes était de 77% en moyenne, mais lorsque les chercheurs ont exclu les résultats où le gène N a été détecté mais les gènes E et RdRP ne l’étaient pas, l’accord entre les écouvillons et la salive a été porté à 90%.

Nacher attribue certaines de ses découvertes aux défis de l’échantillonnage sur le terrain. Dans les hôpitaux, les gens fournissent leur salive le matin, avant de manger ou de se brosser les dents. « Ici, vous avez des gens qui viennent de boire un Coca-Cola », dit-il au scientifique. De plus, les gens ne visitent les hôpitaux que lorsque leurs symptômes deviennent si graves qu’ils nécessitent des soins médicaux, ce qui signifie que leur charge virale est généralement plus élevée.

Pourtant, Carolyn Banister, pharmacologue à l’Université de Caroline du Sud qui a aidé à développer le test de salive de son école, affirme que les résultats de l’étude sont « vraiment similaires à certaines des choses » qu’elle a trouvées dans ses propres expériences, y compris des divergences entre les deux tests lorsque la charge virale est faible. « C’est une sorte d’étude préliminaire, car leur nombre est assez faible », explique Banister au scientifique. « Mais toutes les informations qui sortent sur COVID en ce moment sont quelque peu préliminaires. Nous devons prendre les nouvelles données dans la foulée et intégrer de nouvelles conclusions. »

Sur la base des résultats de l’étude de Nacher, les autorités sanitaires françaises ont officiellement déclaré que le test salivaire pouvait être utilisé sur des patients symptomatiques dans toute la France et ses territoires, bien que Nacher envisage de continuer à étudier l’efficacité de la salive dans la détection des cas asymptomatiques.

Salive sur les campus universitaires

Utilisée dans le contexte approprié, la salive peut toujours être utile pour traquer les infections même asymptomatiques. Les campus universitaires à travers les États-Unis, par exemple, utilisent des tests à base de salive pour dépister les étudiants et le personnel.

« Le campus est un environnement à haut risque de transmission du virus, donc même si vous n’avez pas les symptômes traditionnels, vous êtes toujours considéré à risque », explique Banister. « À cause de ça. . . nous voulions nous assurer que les étudiants qui ne pourraient souffrir d’aucun effet néfaste ne contribuent pas non plus au nombre de cas dans toute la ville en le propageant. »

L’Université de Caroline du Sud utilise la salive pour tester jusqu’à 1 200 étudiants par jour pour le COVID-19.

Communications de l’Université de Caroline du Sud

L’Université de Caroline du Sud, située à Columbia, a récemment commencé à tester jusqu’à 1 200 étudiants volontaires par jour en utilisant le test de salive de Banister, dans l’espoir d’attraper des infections invisibles chez ses étudiants. Plutôt que de tester chaque personne une fois, l’université a ouvert les tests aux étudiants sur une base répétée, les résultats arrivant dans les 24 heures. Grâce à ces tests de masse, l’université a identifié des clusters dans les fraternités et les sororités de campus, et à ce jour (9 octobre) compte 33 cas actifs parmi les étudiants.

Même si les tests ne sont pas aussi sensibles que les écouvillons, le nombre et la répétition permettent de détecter une infection qui aurait pu être manquée la veille. « Si ce sont des personnes qui passent régulièrement par une clinique, vous obtiendrez probablement encore pas mal d’informations, même si elles ne fonctionnaient pas de manière aussi sensible », explique Wyllie. Les tests à cette échelle avec de la salive nécessitent également moins de fournitures, telles que les écouvillons et les réactifs qui se sont raréfiés pendant la pandémie, et les gens sont plus susceptibles de s’asseoir pour des tests répétés s’ils n’ont besoin que de cracher dans une tasse.

Banister a également recruté deux étudiants vivant dans la même maison — l’un avec un diagnostic confirmé et l’autre à risque de contracter le virus — pour subir un échantillonnage quotidien par paires afin de comparer les écouvillons et la salive. Elle a constaté qu’au cours des deux premières semaines de l’infection, il y avait une concordance « remarquable » entre les nombres de cycles détectés dans la salive et les écouvillons nasopharyngés chez le patient positif (l’étudiant à risque n’a jamais été testé positif), ce qui signifie que la salive « est aussi sensible que l’écouvillon nasopharyngé », explique Banister au scientifique.

Au bout de deux semaines, les deux échantillons ont divergé, les prélèvements continuant à détecter le virus pendant encore plusieurs jours. Banister attribue cette découverte non pas à une sensibilité plus élevée du test d’écouvillon, mais à la mécanique du corps humain: la salive se retourne beaucoup plus rapidement dans la bouche, tandis que les poumons et la cavité nasale peuvent contenir le virus plus longtemps, conduisant à des résultats positifs même lorsqu’une personne peut ne plus être infectieuse.

La relation entre un diagnostic positif et l’infectiosité — et la façon dont les cliniciens devraient utiliser les numéros de tomodensitométrie pour décider si une personne doit rester en quarantaine — n’est pas encore claire. La prochaine étape, conviennent les trois chercheurs, consistera à examiner ces questions. Sur la base de ses résultats préliminaires, Banister dit: « Je pense que la détection de la salive est en fait plus représentative de qui est infectieux. »