La théorie neutre était l’une des théories les plus controversées en biologie à la fin du XXe siècle. Ce chapitre traite du scepticisme des scientifiques concernant la théorie du neutralisme, des preuves et des arguments proposés au nom de la théorie, de la façon dont le test de la théorie a été effectué et de ce qu’est une dérive dans le contexte de la théorie neutre. Il explique également quelles sont les implications de la neutralité au niveau moléculaire (le cas échéant) et décrit l’adaptation. Le neutralisme affirme que de nombreux traits phénotypiques n’ont aucun effet sur la forme physique d’un organisme. Le phénotype de l’organisme se compose de ses caractères ou traits physiques et comportementaux — de la hauteur à la couleur du plumage. Cependant, les neutralistes de Kimura affirment que les changements d’acides aminés et de nucléotides qui s’accumulent au sein de l’espèce au cours de l’évolution sont principalement dus à la fixation aléatoire de mutants sélectivement neutres. Il a également donné un argument mathématique très élégant, démontrant que si la théorie neutre était vraie, le taux de changement de la constitution génétique d’une population devrait être exactement proportionnel au taux de mutation et indépendant de la taille de la population.