La position développée dans l’ouvrage sur la liberté constitue la base de la philosophie ultérieure de Schelling, couvrant la période allant de 1810 à sa mort, qui n’est connue que par une ébauche de l’ouvrage inédit Die Weltalter (écrit en 1811; Les Âges du Monde) et par les manuscrits de ses conférences ultérieures. Dans Die Weltalter, Schelling voulait raconter l’histoire de Dieu. Dieu, qui à l’origine est absorbé par un désir tranquille, vient à lui-même en entrevoyant en lui des idées à travers lesquelles il devient conscient de lui-même. Cette conscience de soi, identique à la liberté, permet à Dieu de projeter ces idées à partir de lui—même, c’est-à-dire de créer le monde.

La nomination de Schelling à l’Université de Berlin en 1841 lui donne une nouvelle fois l’occasion de développer l’intérêt du public pour ses conceptions. Le roi de Prusse de l’époque, Frédéric-Guillaume IV, espérait que Schelling combattrait la soi-disant graine de dragon de l’hégélianisme à Berlin, où Hegel avait travaillé jusqu’à sa mort en 1831. La première conférence de Schelling à Berlin manifesta sa conscience de soi. Schelling a déclaré que dans sa jeunesse, il avait ouvert une nouvelle page de l’histoire de la philosophie et que maintenant dans sa maturité, il voulait tourner cette page et en commencer une nouvelle. Des notables tels que Friedrich Engels, Søren Kierkegaard, Jakob Burckhardt et Mikhail Bakounine étaient dans son auditoire. Schelling, cependant, n’a pas eu beaucoup de succès à Berlin. De plus, il a été aigri lorsque ses conférences ont été plagiées par un adversaire qui voulait soumettre la philosophie positive de Schelling, maintenant finalement révélée dans ces conférences, au public pour examen. Schelling a intenté une action en justice mais a perdu l’affaire. Il a démissionné et a cessé de donner des conférences.

Le contenu de ces conférences finales, cependant, représentait le point culminant de l’activité créatrice de Schelling. Schelling a divisé la philosophie en une philosophie négative, qui a développé l’idée de Dieu au moyen de la seule raison, et, au contraire, une philosophie positive, qui a montré la réalité de cette idée en raisonnant a posteriori du fait du monde à Dieu en tant que créateur. Schelling a ensuite expliqué (en se référant à son travail sur la liberté) que l’homme, qui voulait être égal à Dieu, s’est dressé contre Dieu dans sa chute dans le péché. Dieu, cependant, fut bientôt élevé à nouveau comme principe. À l’ère de la mythologie, Dieu est apparu comme une puissance sombre. À l’époque de la révélation, cependant, Dieu est apparu dans l’histoire comme manifestement réel dans la figure du Christ. Ainsi, l’histoire complète de la religion devrait être transmise par la pensée philosophique.