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Les infections des voies respiratoires inférieures sont la principale cause d’hospitalisation liée aux maladies infectieuses aux États-Unis (13). Nous avons précédemment déterminé la fréquence d’infections virales spécifiques associées à des affections aiguës des voies respiratoires menant à des hospitalisations (5). Les patients inscrits à l’étude ont été admis dans un hôpital public ou privé, et les infections virales respiratoires ont été identifiées par culture cellulaire et études sérologiques. Étant donné que le nombre d’infections virales respiratoires associées à des maladies respiratoires peut être augmenté par l’application d’essais de transcription inverse-PCR (RT-PCR) (3, 6), nous avons appliqué ces essais à des échantillons collectés et mis de côté à cette fin sur une période de 2 ans afin de déterminer si d’autres infections virales respiratoires pouvaient être identifiées dans cette cohorte.
Les détails de l’étude clinique ont été décrits précédemment (5). En bref, les participants à l’étude étaient des personnes de tous âges hospitalisées à l’Hôpital général Ben Taub ou à l’Hôpital épiscopal Saint-Luc de Houston, au Texas, souffrant d’une affection respiratoire aiguë (pneumonie, trachéobronchite, bronchiolite, croup, exacerbations d’asthme ou de maladie pulmonaire obstructive chronique ou insuffisance cardiaque congestive). Des échantillons respiratoires (lavage nasal ou écouvillon de gorge) et des échantillons de sérum ont été prélevés dans un délai médian de 1 jour d’hospitalisation. Cette sous-étude a été menée sur des participants inscrits du 1er septembre 1993 à la fin de l’étude en mai 1995. L’échantillon respiratoire a été mélangé avec du bouillon d’infusion de veau comme stabilisant au moment de la collecte, transporté au laboratoire sur glace humide et inoculé sur culture cellulaire. L’échantillon restant a été aliquoté et congelé à < -70 °C jusqu’à ce qu’il soit testé à l’aide de tests moléculaires (décrits ci-dessous). En général, les échantillons ont subi un ou deux gel-dégel pour générer un ADNc pour les tests initiaux. Un échantillon de sérum en phase de convalescence a été obtenu 14 à 42 jours plus tard. Tous les sujets ont donné leur consentement éclairé en vertu d’un protocole approuvé par le Baylor College of Medicine Institutional Review Board.
Les méthodes utilisées pour la culture cellulaire et la sérologie ont été décrites précédemment (5). Les tests de culture cellulaire ont été testés pour les virus grippaux de type A et B, le virus parainfluenza (PIV) de types 1 à 3, le virus respiratoire syncytial (VRS), les rhinovirus, les entérovirus, les herpèsvirus et les adénovirus. Des tests sérologiques ont été effectués comme décrit précédemment (5) sur des échantillons de sérum appariés pour les virus grippaux A et B, les types PIV 1 à 3, le VRS et les coronavirus 229E et OC43.
Des essais RT-PCR ont été réalisés à l’aide d’essais RT-PCR en temps réel décrits précédemment pour les virus de la grippe A et B et les coronavirus OC43 et 229E (3). Les types PIV 1 à 3 (PIV1, PIV2 et PIV3, respectivement), le VRS, le métapneumovirus humain (HMPV) et les infections à picornavirus ont été identifiés à l’aide d’essais RT-PCR décrits précédemment, suivis d’une hybridation Southern blot (3). Les échantillons positifs au Picornavirus ont été classés en utilisant des dosages RT-PCR en temps réel spécifiques au rhinovirus et à l’entérovirus lorsqu’il restait suffisamment d’échantillon pour ces dosages (8, 11).
Au total, 403 maladies distinctes sont survenues au cours de la période d’étude de 2 ans chez 364 personnes. Soixante-seize virus respiratoires (à l’exclusion du virus de l’herpès simplex et du cytomégalovirus) ont été isolés à partir de 75 spécimens de maladie collectés au cours de la période d’étude. Ceux-ci comprenaient 26 picornavirus, 21 VRS, 19 virus grippaux, 4 adénovirus et 2 PIV1, PIV2 et PIV3 chacun (tableau 1). Trente maladies (sur 136 sérums appariés testés) présentaient également 33 infections identifiées par sérologie, dont 11 par culture (6 sous-types de grippe A H3N2, 4 VRS et 1 grippe B). D’autres infections identifiées par sérologie, mais non par culture, comprenaient sept infections A/H3N2, trois par VRS, PIV2, PIV3 et OC43, et une par A/H1N1, PIV1 et 229E.
Tableau 1
Infections identifiées par culture ou RT-PCR dans une cohorte de 403 maladies évaluées entre septembre 1993 et juin 1995
| Virusa |
Nombre total. des infections |
Non. des infections qui étaient: |
| PCR positive |
PCR négatif ou NDb |
| Culture positive |
Culture négative |
Culture positive |
| Picornavirus |
|
|
|
|
| Entérovirus |
d le rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus de la famille des rhinovirus. il n’y a pas d’autre solution que de créer un système de gestion de l’information, mais de créer un système de gestion de l’information et de gestion de l’information pour les utilisateurs qui utilisent le système de gestion de l’information. Les paramyxovirus
0 |
51 |
3 |
| Paramyxovirus |
3 |
2 |
1 |
0 |
| PIV2 |
2 |
0 |
0 |
2 |
| PIV3 |
6 |
|
12 |
0 |
| Orthomyxovirus |
|
|
|
|
| la Grippe A |
21 |
8 |
5 |
8 |
| la Grippe B |
3 |
1 |
0 |
2 |
| Coronavirus |
|
d rowspan= »1″ il n’y a pas d’autre solution que de créer un système de gestion de l’information, mais de créer un système de gestion de l’information et de gestion de l’information qui permette aux utilisateurs de se connecter à un système de gestion de l’information. la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur de la valeur est de les adénovirus*
0 |
| 4 |
|
|
|
|
3 |
aPIV, virus parainfluenza; RSV, virus respiratoire syncytial; HMPV, métapneumovirus humain; HSV, virus de l’herpès simplex; CMV, cytomégalovirus. *, PCR non fait. Les systèmes de culture n’étaient pas disponibles pour OC43 ou HMPV au moment de l’étude initiale. Des échantillons positifs pour le HMPV par RT-PCR ont ensuite été testés par culture cellulaire et 1 était positif.
bND, PCR non terminé.
Échantillons respiratoires de 386 maladies (95.8%) étaient disponibles pour les tests moléculaires. Cent soixante-douze échantillons (44,6 %) étaient positifs pour au moins un des virus analysés (tableau 1), le picornavirus (n = 99) étant l’infection la plus fréquente identifiée. Tous les virus pour lesquels des tests RT-PCR ont été effectués ont été détectés, sauf PIV2; aucune infection PIV2 n’a été identifiée par RT-PCR, tandis que deux infections ont été détectées par culture cellulaire. Dans l’ensemble, 200 (49,6 %) des 403 maladies étaient associées à au moins une infection virale. Plus d’une infection virale a été identifiée dans 33 maladies (31 avec deux infections et 2 avec trois infections). Vingt-deux des infections multiples comprenaient un picornavirus, le picornavirus et le VRS étant la combinaison la plus courante (n = 10); une double infection par le VRS et le virus de la grippe A a été détectée dans 3 maladies. Un autre virus respiratoire a été identifié dans les trois maladies à partir desquelles le CMV a été isolé et dans 6 des 11 maladies à partir desquelles le HSV a été isolé.
Une infection virale a été identifiée chez 77,6 % des enfants de moins de 5 ans (tableau 2). Les enfants plus âgés avaient une infection identifiée dans plus de 50% de leurs maladies, et les adultes avaient une infection identifiée dans environ un tiers de leurs maladies. Les infections multiples ont été identifiées le plus souvent chez les enfants de moins de 1 an.
Tableau 2
Répartition des infections virales respiratoires par groupe d’âge (résultats combinés de la culture, de la PCR et de la sérologie)
| Virusa |
Non. des infections dans chaque groupe d’âge (années) (n) |
| <1 (55) |
1-4 (57) |
5-17 (50) |
18-44 (65) |
45-64 (114) |
≥65 (62) |
|
Tous les âges (403) |
| Picornavirus |
|
|
0 |
5 |
| Rhinovirus |
15 |
6 |
d rowspan= »1″ il n’y a pas d’autre solution que de créer un système de gestion de l’information, mais de créer un système de gestion de l’information et de la communication qui permette d’améliorer la qualité de l’information et de l’information.
13 |
11 |
17 |
6 |
5 |
PIV1 |
0 |
3 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
5 |
1 |
2 |
2 |
39 |
| HMPV |
2 |
4 |
0 |
2 |
2 |
2 |
12 |
| Orthomyxoviruses |
|
|
d rowspan= »1″ la grippe A est un virus de la grippe aviaire qui se propage dans la région de l’est de la Colombie-Britannique, dans le sud-est de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-est de la Colombie-Britannique, dans le sud-est de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-est de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique, dans le sud-ouest de la Colombie-Britannique.
0 |
4 |
2 |
6 |
11 |
11 |
3 |
26 |
| Grippe B |
0 |
2 |
d si vous avez un problème, vous pouvez le résoudre en utilisant un système de gestion de fichiers qui vous permet de créer des fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers. il y a une différence entre la taille de la colonne vertébrale et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale, et la taille de la colonne vertébrale. Il est possible d’utiliser le système de gestion de l’environnement de l’OC43 afin de créer un système de gestion de l’environnement de l’environnement de l’OC43, qui utilise un système de gestion de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement de l’environnement. si vous avez un problème, vous pouvez le résoudre en utilisant un système de gestion de fichiers qui vous permet de créer des fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers. il y a une différence entre la taille de la colonne et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne, la taille de la colonne.
2 |
3 |
| Adénovirus |
1 |
1 |
d rowspan= »1″ si vous avez un problème, vous pouvez le résoudre en utilisant un système de gestion de fichiers qui vous permet de créer des fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers. les herpèsvirus de la famille des herpèsvirus de la famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de la sous-famille des herpèsvirus de si vous avez un problème, vous pouvez le résoudre en utilisant un système de gestion de fichiers qui vous permet de créer des fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers. si vous avez un problème, vous pouvez le résoudre en utilisant un système de gestion de fichiers qui vous permet de créer des fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers. il y a une différence entre la taille de la colonne et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, et la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne, qui est la taille de la colonne. si vous avez des problèmes avec le système de gestion de fichiers, vous pouvez utiliser le système de gestion de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers de fichiers. si vous avez un problème avec la taille de la colonne, vous pouvez utiliser la ligne de commande ci-dessous pour définir la ligne de commande ci-dessous. Les virus multiples
11 |
7 |
4 |
4 |
3 |
/td> |
4 |
33 |
aPIV, virus parainfluenza; RSV, virus respiratoire syncytial; HMPV, métapneumovirus humain; HSV, virus de l’herpès simplex; CMV, cytomégalovirus.
Bcette catégorie correspond aux personnes atteintes d’au moins un virus.
L’application de méthodes moléculaires au diagnostic de l’infection virale respiratoire a augmenté la fréquence à laquelle l’infection virale respiratoire est identifiée chez les patients présentant des exacerbations d’asthme (1, 6), une maladie pulmonaire obstructive chronique (3, 12) et une bronchiolite (4, 10) et dans les échantillons soumis pour des études diagnostiques virales respiratoires générales (2, 9). Nous avons précédemment réalisé une étude épidémiologique examinant l’impact d’une infection par un virus respiratoire sur une cohorte communautaire en utilisant des méthodes de diagnostic viral traditionnelles (culture et sérologie). L’application des dosages RT-PCR aux échantillons recueillis dans cette étude a multiplié par environ 2 le nombre d’infections virales identifiées en raison de la sensibilité accrue de l’essai pour certains virus (par exemple, les picornavirus) par rapport à celle d’une culture cellulaire et en raison de la capacité d’identifier d’autres virus mal ou non cultivables (par exemple, le HMPV et le coronavirus).
La famille de virus avec la plus grande fréquence de détection était les picornavirus (espèces d’entérovirus et de rhinovirus), identifiés dans environ 25% des épisodes de maladie. Étant donné que les amorces spécifiques aux rhinovirus et aux entérovirus utilisées n’ont pas été validées contre toutes les espèces de rhinovirus et d’entérovirus, il est possible que d’autres infections à picornavirus non détectées aient été omises. L’identification accrue des infections à picornavirus à l’aide de tests moléculaires est conforme aux résultats d’autres études sur des enfants de moins de 5 ans et des patients souffrant d’asthme, de BPCO et de bronchiolite (1, 6, 7, 10, 12).
En résumé, l’utilisation de tests de diagnostic moléculaire a augmenté la fréquence d’identification d’une infection virale respiratoire chez les personnes admises dans des hôpitaux de soins aigus souffrant d’une affection respiratoire aiguë. Dans cette cohorte, plus de 75% des maladies respiratoires chez les enfants de moins de 5 ans étaient associées à la détection d’un virus respiratoire, contre 25 à 37 % des maladies chez les adultes. La prévalence des infections virales respiratoires peut avoir été encore plus élevée puisque nous n’avons pas analysé les coronavirus NL63 ou HKU1 ou PIV de type 4. Les infections à picornavirus (principalement à rhinovirus) étaient les infections les plus courantes identifiées chez les patients de tous âges, suivies de celles causées par le VRS et les virus grippaux. L’utilisation d’essais moléculaires augmente la fréquence d’identification d’une infection virale respiratoire par rapport à celle des méthodes classiques de diagnostic viral de culture cellulaire et de sérologie.