En 1885, après la chute de son entreprise, Reyes, âgé de 35 ans, rejoint l’armée pour combattre dans la guerre civile de 1885, et en raison de son courage et de son habileté à la guerre, il est promu général, peu de temps après. En pleine guerre, le président Rafael Nuñez lui confie la responsabilité de diriger les opérations de reconquête du Panama dans le cadre du territoire colombien ; la mission était à l’origine sous le commandement du général de division, Gral. Miguel Montoya, mais Reyes était celui qui commandait réellement. Une opération maritime a été lancée de Buenaventura à Panama, dans laquelle Reyes a dû récupérer un vieux ponton de la corrosion pour compenser le manque de navires dans sa flotte, et pouvoir déplacer ses troupes; exploit connu sous le nom de « L’aventure du ponton ». Lorsque l’expédition arriva au Panamá, ils rétablirent l’autorité civile et militaire, et quelques jours plus tard, toute la présence des forces américaines quitta l’isthme. Après que le rebelle panaméen Azpurría se soit rendu devant eux, Reyes a présidé un conseil de guerre qui a abouti à l’exécution d’Antoine Petricelli d’Haïti et du jamaïcain George Davis, alias « Cocobolo », tous deux tenus responsables de la conflagration de Colón, à Panama.

Pedro Prestán, également accusé de l’incendie de Colón, au Panama, a été pendu le 18 août, trois mois après un conseil de guerre dirigé par Pedro Nel Ospina ; néanmoins, toute la responsabilité incombait à Reyes. Pendant ce temps, le président Rafael Nuñez a travaillé à la mise en place d’une organisation ferme et centralisée dans l’État.

Avec la défaite des libéraux radicaux et l’arrivée au pouvoir du parti conservateur qui cherchait une nouvelle constitution centralisée de lois, la Constitution de 1863 fut abolie et conduite par le président Rafael Nuñez à la Constitution de 1886, qui serait en vigueur pour les cent prochaines années. Le 11 novembre 1885, lors de la création de l’Assemblée Nationale constituante, Reyes obtint un siège, mais sa participation à la Magna Carta fut en quelque sorte malheureuse, en raison du fait que Miguel Antonio Caro s’opposa à la plupart de ses motions.

En 1887, le gouvernement confie à Reyes une  » tâche confidentielle  » en Europe : obtenir quelques crédits et prêts ; tâche qui n’aboutit cependant pas, à son retour, Nuñez le nomme ministre du Développement. En 1888, il retourna à ses activités personnelles et acheta le ranch d’Andorre, à proximité de Tocaima, où l’agriculture lui redonna sa richesse précédemment perdue. En 1890, il est élu sénateur et se présente à la vice-présidence de la Colombie en 1892, mais perd dans les urnes. Cinq ans plus tard, il prit part à la guerre civile de 1895, et plus tard cette année-là, il fut nommé ministre du gouvernement par le président Miguel Antonio Caro, malgré une vieille inimitié entre eux qui remontait à l’époque de l’Assemblée constituante.

En 1896, à l’époque où Reyes avait des chances d’être candidat à la présidence, Caro décida de l’envoyer à Paris en tant qu’Ambassadeur de Colombie, ce qui l’éloigna de la course à la présidence lors des élections présidentielles de 1898; et interféra également avec son implication dans la guerre de Mille Jours.

Depuis 1902, Reyes vit au Mexique tout en organisant et en préparant tout pour les élections présidentielles de 1904.

En 1904, le président José Manuel Marroquín lui confia la tâche de constituer une armée de cent mille volontaires pour combattre et reconquérir le Panamá. Trois généraux étaient avec lui dans cette mission: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero et Jorge Holguín.

En raison des informations de renseignement parvenues à Bogota concernant le mouvement et l’arrangement de nouveaux cuirassés américains dans le Pacifique et les Caraïbes, l’approche de la Colombie s’est éloignée de la belligérance pour adopter une manière de faire plus diplomatique; le fait que le Mayflower, le navire amiral nord-américain de l’Atlantique et dix autres navires gardaient les deux océans pour empêcher les troupes colombiennes de débarquer et protéger la rébellion de l’isthme, a fait pencher les choses vers la diplomatie et évité d’entrer en guerre contre les États-Unis.

Les troupes colombiennes ont été autorisées à débarquer, grâce au secrétaire d’État, John M. Hay qui les a autorisées à mettre le pied à Colón, mais elles n’ont pas été autorisées à faire partie du Conseil du Gouvernement provisoire pour négocier la dévolution de l’isthme; de là, elles se sont séparées à Washington.

À Washington, après avoir appris la signature du traité Hay-Banu-Varilla avec le Panama, Reyes dissout la commission diplomatique et renonce à tout effort de confrontation militaire contre les États-Unis ; depuis Washington, il écrit :

Le 22 décembre. Tout type de confrontation armée avec les États-Unis doit être évité, n’occupez pas le territoire panaméen. Rassemblez-vous au Panama, 40 vapeurs de guerre. Risque imminent de guerre, Medellin, Bogota situation situation terrible.

Les troupes de Reyes attendaient les ordres du général de marcher vers le Panamá.

L’État du Panama avait fait sécession de la Colombie le 3 novembre 1903, sous l’administration du président José Manuel Marroquín. Les troupes panaméennes, aidées de conseillers militaires et de troupes des États-Unis d’Amérique, avaient déclaré leur indépendance. Cette action a été soutenue par le président Theodore Roosevelt, qui avait exprimé son intérêt pour la construction d’un canal interocéanique dans cette région stratégique. Il y avait eu un traité entre la Colombie et les États–Unis d’Amérique, le traité Hay-Herrán, signé le 12 janvier 1903, par lequel les États-Unis financeraient, dirigeraient et superviseraient la construction du canal.

Lors de la course présidentielle de 1904, qui n’avait aucun candidat libéral, Reyes se présenta contre un autre conservateur ; le général Joaquín Fernando Vélez, qu’il battra plus tard pour une différence étroite.