Ralph a fait l’objet d’une vive bataille de recrutement, une conséquence naturelle de ses capacités menant au titre de joueuse de l’année du lycée national. De nombreux programmes l’ont poursuivie, mais deux écoles semblaient avoir de meilleures chances que le Connecticut. La mère de Ralph, Marsha (Mann) Lake, était une joueuse de basket-ball américaine de l’Université de Caroline du Nord. Le programme de Caroline du Nord était l’un des meilleurs programmes du pays. Ralph a grandi en Caroline du Nord et son nom était un « mot familier depuis qu’elle avait onze ans ». Un autre programme de premier plan, l’Université du Tennessee, était également très intéressé par Ralph. L’entraîneur-chef du Tennessee, Pat Summitt, était de bons amis avec Marsha, tellement beaucoup pensaient qu’une de ces deux écoles aurait la piste intérieure.

Ralph a appelé Geno Auriemma, l’entraîneur du Connecticut, pour lui demander quel genre de rôle il envisageait pour elle à UConn. Il n’est pas rare que les entraîneurs promettent des postes de départ et un nombre minimum de minutes de temps de jeu aux recrues très prometteuses. Cependant, Auriemma a répondu: « Je ne sais pas. Si vous êtes vraiment, vraiment bon, alors vous aurez une chance de jouer beaucoup. Mais si tu es nul, tu ne joueras pas du tout. »Peu de temps après, elle a fait une visite de recrutement à UConn et a dit à l’entraîneur qu’elle était prête à s’engager dans le Connecticut. Elle a ensuite eu une excellente saison senior au lycée. Après avoir remporté le prix de la joueuse américaine de l’année, elle a été interviewée par USA Today, qui l’a interrogée sur sa décision de recrutement. Elle a expliqué: « L’entraîneur Auriemma était le seul entraîneur qui m’avait dit que si j’étais vraiment bonne, je jouerais beaucoup et que si je faisais des bêtises, je ne jouerais pas. »Auriemma a lu la citation dans le journal et « presque hors de sa chaise ». Il l’a appelée pour lui dire :  » Bon sang, Shea. Avez-vous dû le dire dans le journal? ».

Ralph a fréquenté l’Université du Connecticut de 1996 à 2001, portant le numéro d’uniforme 33, et a obtenu un baccalauréat en physiologie de l’exercice. Elle a été inscrite à l’université pendant cinq ans, avec un maillot rouge médical dans sa deuxième année, 1997-98. Au cours des quatre années où elle a joué une saison complète ou partielle, UConn avait un dossier de 130-10. Dans le Big East, l’équipe n’a perdu que deux matchs en quatre saisons pour un bilan combiné de 66-2. Uconn a remporté le championnat de la saison régulière de la Big East et le championnat du tournoi d’après-saison de la Big East tous les quatre ans. Les Huskies ont participé au tournoi de la NCAA toutes les quatre années, faisant le Sweet Sixteen à chaque fois, et le Final Four lors de ses deux dernières saisons. En 2000, Ralph est le capitaine de l’équipe au championnat national et lors du Final Four, il est nommé joueur par excellence du Tournoi.

Au cours de sa première année (1996-1997), l’équipe UConn a remporté tous les matchs de son calendrier de saison régulière (27-0) et a remporté le tournoi Big East, complétant une saison régulière invaincue avec un bilan de 30-0. Ralph a été nommé Recrue de l’année dans le Big East. Elle a également obtenu les honneurs de première année nationale de la United States Basketball Writers Association et du Sporting News. Cependant, au premier tour du tournoi NCAA, un match contre Lehigh, Ralph se déchire le ligament croisé antérieur (LCA) du genou droit. Elle n’a pas pu jouer pour le reste du tournoi. Alors que l’équipe a pu gagner ses trois premiers matchs de la NCAA sans Ralph, elle a perdu contre Tennessee en finale régionale.

Shea a connu sa meilleure année en tant que deuxième année, avec 16,7 points par match. Elle a tiré plus de 40% au-delà de l’arc de trois points pour cette saison, et 51,7% pendant la saison de la Big East, établissant le record de tous les temps de la Big East pour les tirs à trois points en une saison. Au tournoi Big East, son jeu lui a valu le prix de l’interprète la plus remarquable.

Lors de son année junior (1999-00), elle est nommée capitaine de l’équipe qui remporte le championnat national. Dans le match de championnat contre le Tennessee, elle a marqué 15 points sur sept tirs sur huit. Elle a également réussi six vols et sept passes décisives, ce qui a incité sa coéquipière Marci Czel à la surnommer Shea du tournoi. Elle a été nommée joueuse de l’année dans le Grand Est. Ralph a également remporté des prix nationaux, notamment le Trophée de joueuse féminine de l’année de Sports Illustrated, le Prix sportif Honda en basketball et une place dans l’équipe Kodak All-America. Elle a joué dans l’équipe des USA Basketball 2000 Jones Cup qui a remporté la médaille d’or à Taipei.

Dans sa dernière année (2000-01), Ralph a été nommé dans la première équipe de la Big East. Pendant ses quatre années, elle a porté le numéro 33, porté précédemment par Jamelle Elliott, l’actuelle annonceuse sportive UConn Meghan Pattyson Culmo et par la suite par Barbara Turner.

Son dernier match a été commémoré dans le livre Bird at the Buzzer de Jeff Goldberg, un match que certains ont qualifié de « plus grand match de basket féminin jamais joué ». Après une excellente saison junior, Ralph a été moins productif au début de sa saison senior. Le point bas est survenu lors d’un match contre le grand rival de l’Est, Notre Dame, en janvier, un match entre deux équipes invaincues classées numéro un et numéro deux au pays. (Goldberg p 66) (Walters 239). Ralph n’a marqué que deux points dans ce match. La revanche entre les deux équipes est survenue lors du match de championnat de la Big East. Ralph a commencé par le feu. À un moment donné, elle a marqué huit points consécutifs pour les Huskies pour les aider à transformer un déficit en une mince avance de 31-28. Quelques minutes plus tard, elle a de nouveau marqué, portant son total de points à onze points au tir 4-4, ainsi que six passes décisives et trois vols avec plus de six minutes à jouer en première mi-temps. Cependant, sur sa possession suivante, elle s’est dirigée vers le panier et a pris un tir, se tordant pour éviter son défenseur. Puis, « un cri angoissant transperce l’air » qui a poussé le commentateur Robin Roberts à crier « Shea Ralph, oh mon dieu, oh non », reconnaissant que Ralph avait encore une fois déchiré un LCA. À la mi-temps, Ralph a dit à ses coéquipières qu’elle venait de le « peaufiner » et qu’elle reviendrait. UConn a ensuite remporté le match sur un buzzer-beater de Sue Bird, mais la carrière universitaire de Ralph était terminée. Néanmoins, la production globale de Ralph en tournoi lui a valu un poste dans l’équipe de tous les tournois.

Shea a été membre de la classe inaugurale (2006) des intronisées au programme de reconnaissance des  » Huskies d’honneur  » du basketball féminin de l’Université du Connecticut. Elle a terminé sa carrière universitaire avec 1 678 points.

La bataille de Shea contre l’anorexie s’est poursuivie à l’université. Son état n’était pas connu du Connecticut au moment de son recrutement, mais devint rapidement apparent. Jouer au basket était son premier amour, alors l’empêcher de jouer l’a amenée à manger. Mais cela n’a duré que jusqu’à sa première déchirure du LCA. Incapable de faire de l’exercice pendant sa rééducation, elle s’inquiète de prendre du poids et reprend de mauvaises habitudes alimentaires. Une deuxième déchirure du LCA lui fait manquer toute la saison 1997-1998. Même si la blessure s’est produite hors saison, les nouvelles étaient suffisamment importantes pour que ce soit l’histoire principale des nouvelles de onze heures ce soir-là dans le Connecticut. Cette année-là, elle l’a convaincue qu’elle devait surmonter son anorexie, ne serait-ce que par responsabilité envers ses coéquipières.