La Southeastern University a été fondée en 1935 à New Brockton, en Alabama, par le surintendant du district d’Alabama des Assemblées de Dieu, J.C. Thames, et d’autres dirigeants du district du Sud-Est sous le nom de Alabama Shield of Faith Institute. Il a été renommé Institut biblique du Sud-Est (SEBI) en 1936. Situé à l’origine dans un ancien bâtiment du lycée à New Brockton, en Alabama, il a ouvert ses portes aux étudiants le 4 novembre 1935, sous la direction de quatre membres du corps professoral. Deux ans plus tard, en mai 1937, les premiers exercices de remise des diplômes ont eu lieu. Dix-sept étudiants ont reçu des diplômes pour le programme académique de deux ans.

SEBI a continué ses cours à New Brockton jusqu’en 1940, date à laquelle il a été décidé de regrouper l’école avec le Beulah Heights Bible Institute à Atlanta, en Géorgie. L’école était connue de 1940 à 1942 sous le nom de Beulah Heights — South-Eastern Bible Institute. À l’automne 1942, les surintendants de district des districts du Sud-Est ont accepté l’invitation du révérend Ralph Byrd et de sa congrégation de déménager l’école dans un autre endroit à Atlanta où elle a de nouveau été renommée SEBI. En 1946, le conseil d’administration de l’école vote pour obtenir un emplacement permanent pour le plein développement de l’école. Un nouvel emplacement du campus a été acheté plus tard cette année-là à Lakeland, en Floride. Le campus d’Atlanta a été vendu et le développement du nouveau site a commencé. La croissance du corps étudiant s’est poursuivie sur le nouveau campus de Floride centrale avec le programme académique.

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SEBI est devenu le South-Eastern Bible College en 1956 lorsque l’école a commencé à offrir un baccalauréat de quatre ans programmes d’études. Après avoir ajouté des diplômes d’études, le conseil d’administration du collège a changé le nom de l’école en Southeastern College of the Assemblies of God en 1977. En 1986, Southeastern a reçu l’accréditation régionale de la Commission des collèges et écoles de l’Association du Sud. L’accréditation a été réaffirmée en 1991, 2001 et 2011. En 2005, le Southeastern College est officiellement devenu l’Université Southeastern, et a commencé à offrir ses premiers programmes de maîtrise, et a formé les collèges des arts et des sciences, des affaires, des ministères chrétiens et de la religion, et de l’éducation. Depuis lors, l’université a également formé les collèges des sciences du comportement et des sciences sociales et des sciences naturelles et de la santé. En 2014, il a commencé son premier programme de doctorat, l’EdD.

En 2011, Southeastern a entrepris plusieurs initiatives qui se sont traduites par une croissance rapide. De 2 500 élèves en 2012, l’école est passée à 4 538 à l’automne 2015, soit un taux de croissance de 78 % depuis 2011. En 2012, Southeastern a approuvé l’ajout d’un programme de soins infirmiers et l’ajout d’une équipe de football universitaire. L’expansion du football comprenait la construction d’un stade pouvant accueillir 3 500 spectateurs et d’un centre d’entraînement sportif. L’équipe de football Southeastern Fire a joué son premier match à domicile à l’automne 2014. De plus, en 2014, l’école a ouvert de nouvelles installations de baseball et de football. En 2015, la construction de plusieurs nouveaux bâtiments universitaires, d’un nouveau complexe sportif comprenant un gymnase et d’une piste à 8 voies a commencé. À l’automne 2015, Southeastern a ouvert un nouveau bâtiment des sciences naturelles et de la santé de 27 000 pieds carrés. La nouvelle installation comprend un auditorium, des laboratoires de chimie, des laboratoires informatiques, des salles d’examen, des salles de soins aux patients et un laboratoire de simulation infirmière. L’été 2015 a vu la démolition du Spence Hall, du Lindsey Science Building et du Music-Hall afin de faire place à l’installation Live /Learn, connue sous le nom de Buena Vida. L’installation de 125 000 pieds carrés a été achevée à l’automne 2016 et comprend des salles de classe, des bureaux de la faculté, des logements étudiants et une aire de restauration. Le premier segment de Buena Vida, la Salle chorale et de répétition, a ouvert ses portes en septembre. Le coût total du programme d’expansion se situera entre 25 et 50 millions de dollars.

Southeastern offre 55 licences, 16 maîtrises et deux doctorats. Depuis que le président Kent J. Ingle est arrivé dans le Sud-Est en 2011, l’université a lancé 80 sites d’extension à travers le pays, une augmentation par rapport aux 50 sites d’extension de l’année précédente. Les sites se trouvent dans 29 États, dont la Floride, qui en compte 19. Les diplômes offerts sur les sites comprennent une variété d’associés, de baccalauréat et d’une maîtrise en ministère et en leadership.