Il a fondé en 1984 la Bay Area Laboratory Co-operative (BALCO), un centre de nutrition sportive d’abord situé à Millbrae, en Californie, puis déménagé à Burlingame, en Californie. L’Agence antidopage des États-Unis (USADA) dit qu’il a développé le stéroïde interdit tétrahydrogestrinone (THG) avec l’aide du chimiste du culturisme Patrick Arnold. En vertu d’un accord de plaidoyer conclu avec les procureurs, il a plaidé coupable en juillet 2005 à un chef d’accusation de complot en vue de distribuer des stéroïdes et à un deuxième chef d’accusation de blanchiment d’une partie d’un chèque. Il a été condamné en octobre à passer quatre mois dans l’établissement correctionnel fédéral de Taft, en Californie, et quatre autres en résidence surveillée.

En décembre 2004, il a participé à une interview de Martin Bashir dans l’émission 20/20 d’ABC, où il a admis avoir dirigé des programmes de dopage, qui ont battu des records olympiques, tout en révélant que: « Toute l’histoire des jeux est juste pleine de corruption, de dissimulation, de consommation de drogues améliorant les performances. »

Dans l’interview, il a impliqué, entre autres, la quintuple médaillée d’or olympique Marion Jones et son partenaire Tim Montgomery, Kelli White (qui a plus tard admis avoir utilisé des médicaments améliorant la performance), l’athlète britannique Dwain Chambers et le joueur de la NFL Bill Romanowski.

Le 21 décembre 2006, Yahoo Sports a rapporté que l’un des premiers avocats de la défense de Conte, Troy Ellerman, avait été ciblé par le FBI comme une source possible de fuites dans les médias lors de l’enquête sur Barry Bonds. Le 14 février 2007, Ellerman a plaidé coupable d’avoir divulgué un témoignage du grand jury. Il a également été signalé que les agents du FBI étaient une source supplémentaire de fuites.

En mai 2007, Conte prétend à nouveau fournir des suppléments à Dwayne Chambers, qui a quitté l’athlétisme pour jouer en ligue Europa de la NFL pour les Sea Devils de Hambourg avant de revenir à l’athlétisme en 2008. Selon Conte, ces suppléments nutritionnels, fournis via sa société Scientific Nutrition pour le conditionnement Avancé, sont parfaitement légaux.

Le 13 décembre 2007, Conte est apparu sur CNN avant la publication officielle du rapport Mitchell.