En 1868, la ville médiévale d’Edo, siège du gouvernement Tokugawa, a été rebaptisée Tokyo et les bureaux de la préfecture de Tokyo (-fu) ont été ouverts. L’étendue de la préfecture de Tokyo était initialement limitée à l’ancienne ville d’Edo, mais s’est rapidement augmentée pour être comparable à la métropole actuelle de Tokyo. En 1878, la réorganisation des gouvernements locaux par le gouvernement de Meiji subdivisa les préfectures en comtés ou districts (gun, subdivisé en villes et villages, réorganisés plus tard de la même manière que les districts prussiens) et districts ou quartiers (ku) qui étaient dans les villes préfectorales ordinaires dans leur ensemble, par exemple la ville d’Hiroshima (-shi) d’aujourd’hui était alors Hiroshima-ku; les trois grandes villes de Tokyo, Osaka et Kyoto étaient chacune subdivisées en plusieurs quartiers de ce type. Dans la préfecture de Tokyo, cela a créé 15 quartiers (énumérés ci-dessous) et six comtés / districts.

En 1888, le gouvernement central a créé le cadre juridique du système actuel de villes (shi) qui accordait certains droits d’autonomie locale de base – avec quelques similitudes avec le système d’autonomie locale de la Prusse, le conseiller du gouvernement de Meiji, Albert Mosse, influençant fortement l’organisation du gouvernement local. Mais en vertu d’un règlement impérial spécial, la ville de Tokyo, comme la ville de Kyoto et la ville d’Osaka, n’a initialement pas maintenu de maire séparé; au lieu de cela, le gouverneur (nommé) de la préfecture de Tokyo a été maire de la ville de Tokyo. Le conseil/assemblée de la ville de Tokyo (Tōkyō-shikai) a été élu pour la première fois en mai 1889. Chaque quartier a également conservé sa propre assemblée. Le gouvernement de la ville et de la préfecture ont été séparés en 1898., et le gouvernement a commencé à nommer un maire distinct de la ville de Tokyo en 1898, mais a conservé la législation au niveau des quartiers, qui continue à ce jour dans le système des quartiers spéciaux. À partir de 1926, le maire est élu par le conseil municipal/ assemblée élue dans ses propres rangs. L’hôtel de ville de Tokyo était situé dans le quartier de Yūrakuchō, sur un site aujourd’hui occupé par le Forum international de Tokyo.

Tokyo est devenue la deuxième plus grande ville du monde (4,9 millions d’habitants) en absorbant plusieurs quartiers périphériques en juillet 1932, donnant à la ville un total de 35 quartiers.

En 1943, la ville a été abolie et fusionnée avec la préfecture de Tokyo pour former le gouvernement métropolitain de Tokyo, qui faisait fonctionnellement partie du gouvernement central du Japon : le gouverneur de Tokyo est devenu un ministre relevant directement du Premier ministre. Ce système est resté en place jusqu’en 1947, date à laquelle la structure actuelle du gouvernement métropolitain de Tokyo a été formée.