Wafer s’est déclaré candidat à la draft 2005 de la NBA après sa deuxième année à la FSU malgré de nombreux experts de la draft prédisant qu’il ne serait pas drafté. Il a dû surmonter plusieurs obstacles pour devenir une option viable pour une équipe de la NBA de le sélectionner. Wafer n’a pas été invité au camp annuel de pré-draft de Chicago, qui offre aux joueurs qui ne sont pas considérés comme des espoirs de premier tour une chance d’afficher leurs capacités devant le personnel de l’équipe de la NBA. Lors d’un entraînement avec les Suns de Phoenix, Wafer aurait été frustré par le jeu physique de Jan Jagla, et a répondu en posant un coude intentionnel au nez de Jagla, puis a quitté le terrain et a terminé l’entraînement à ce moment-là. Le dépisteur des Lakers de Los Angeles Irving Thomas, qui a joué deux saisons à la FSU, a vu trois matchs des Seminoles au cours de la saison 2004-05 et a aidé à organiser un entraînement pour Wafer avec les Lakers. Le directeur général des Lakers, Mitch Kupchak, a suffisamment vu les capacités de Wafer pour qu’ils utilisent le deuxième de leurs deux choix de deuxième tour pour sélectionner Wafer au repêchage.

Wafer a été mis en congé par les Lakers le 26 octobre 2006. Il n’a joué qu’un seul match de pré-saison en raison d’une contusion au talon gauche. Wafer a ensuite joué pour les Colorado 14ers de la NBA Development League en 2006-07, et a été nommé Joueur du mois en janvier 2007. Il a été signé pour un contrat de dix jours par les Clippers de Los Angeles le 21 février. Il a joué une minute sans marquer avant d’être dispensé une semaine plus tard. Le 12 avril 2007, les Nuggets de Denver signent Wafer pour le reste de la saison 2006-2007.

Le 21 février 2008, les Nuggets de Denver échangent Wafer aux Trail Blazers de Portland contre Taurean Green. Wafer a changé son numéro de 22 (qu’il portait avec les Nuggets) à 24, car le numéro 22 avait été retiré par les Trail Blazers pour honorer Clyde Drexler.

Houston RocketsEdit

Wafer a été signé par les Houston Rockets et a réussi à garder une place dans l’équipe en raison de son tir chaud lors de la pré-saison. Le 13 janvier 2009, Wafer marque un record en carrière de 23 points sur un score de 10 à 14 aux tirs en 39 minutes contre les Lakers de Los Angeles. Il a trouvé une place régulière dans la formation de départ des Rockets en raison de bonnes performances ainsi que d’une blessure au titulaire régulier Tracy McGrady. Il a continué à impressionner en marquant 21 points contre le Jazz et en frappant les trois victoires lors d’un match à Boston que les Rockets ont remporté 89-85. Ce mois-là, il a marqué en moyenne 14,3 points par match. Après que Wafer a déménagé dans une équipe en Grèce, les Rockets lui ont offert un contrat au milieu de la saison suivante. Il a signé le contrat, mais n’a pas réussi son physique, il n’a donc pas pu rejoindre les Rockets.

Olympiacos le Pirée

Wafer rejoint le club grec de l’Euroligue Olympiacos le Pirée en août 2009, signant un contrat de 10 millions de dollars de revenus bruts sur deux ans. Il a ensuite été libéré par l’Olympiacos en décembre 2009. Wafer a tiré à 36,4% du terrain et a marqué en moyenne 3,0 points par match et 1,3 rebond par match en Ligue grecque A1 avec l’Olympiacos. En Euroligue, il a tiré à 50% du terrain et a marqué en moyenne 7,7 points par match, 1,3 rebond par match et 1,0 passe décisive par match.

Dallas MavericksEdit

Le 24 février 2010, Wafer signe un contrat de dix jours avec les Dallas Mavericks. Il ne devait pas craquer la rotation pendant son mandat et bien qu’il soit éligible pour jouer six matchs, Wafer a terminé son contrat avec Dallas sans jouer une seule minute.

Boston CelticsEdit

Le 3 juillet 2010, Wafer signe un contrat d’agent libre avec les Celtics de Boston. Le 29 octobre 2010, il est impliqué dans une altercation dans le vestiaire avec son nouveau coéquipier Delonte West.

Vanoli-Braga CremonaEdit

En août 2011, lors du lock-out NBA 2011, il signe un contrat d’un an avec Vanoli-Braga Cremona en Italie.

Orlando MagicEdit

Wafer a été échangé au Magic le 12 décembre 2011, avec Glen Davis contre Brandon Bass. Il a été libéré par le Magic à la fin de la saison 2011-12.

Passage à CBAEdit

Wafer a déménagé en Chine en 2012, a signé un contrat d’un an avec les Xinjiang Flying Tigers d’une valeur de 2 millions de dollars. Il a joué 34 matchs pour le Xinjiang, a marqué en moyenne 26,4 points avec un pourcentage de tirs de 55,4%. Il en a aussi eu 4.4 rebonds, 3,4 passes décisives et 1,1 interceptions par match.

En octobre 2013, il signe avec les Sharks de Shanghai, l’équipe appartenant à son ancien coéquipier Yao Ming aux Rockets. En décembre 2013, il a quitté les Sharks.

Bakersfield JamEdit

Le 10 janvier 2014, il est acquis par le Bakersfield Jam de la NBA Development League. Le 28 janvier 2014, il a été dispensé par le Jam.

Russiadit

Le 3 février 2014, il signe avec le BC Krasny Oktyabr pour le reste de la saison 2013-2014.

Delaware 87ersEdit

Le 26 novembre 2016, Wafer retourne aux États-Unis, signant avec les 87ers du Delaware de la NBA Development League.

Westchester KnicksEdit

Le 14 décembre 2016, Wafer est échangé aux Knicks de Westchester en échange de Devondrick Walker.

Retour à CBAEdit

Le 27 janvier 2017, Wafer est retourné en Chine, signant avec les Jilin Northeast Tigers.