Le zanamivir a été fabriqué pour la première fois en 1989 par des scientifiques dirigés par Peter Colman et Joseph Varghese au CSIRO australien, en collaboration avec le Victorian College of Pharmacy et l’Université Monash. Le zanamivir était le premier des inhibiteurs de la neuraminidase. La découverte a été initialement financée par la société de biotechnologie australienne Biota et faisait partie du programme en cours de Biota visant à développer des agents antiviraux grâce à une conception rationnelle des médicaments. Sa stratégie reposait sur la disponibilité de la structure de la neuraminidase grippale par cristallographie aux rayons X. Il était également connu, dès 1974, que l’acide 2-désoxy-2,3-didéhydro-N-acétylneuraminique (DANA), un analogue de l’acide sialique, est un inhibiteur de la neuraminidase.

Des techniques de chimie computationnelle ont été utilisées pour sonder le site actif de l’enzyme, dans le but de concevoir des dérivés de DANA qui se lieraient étroitement aux résidus d’acides aminés du site catalytique, ce qui constituerait des inhibiteurs puissants et spécifiques de l’enzyme. Le logiciel GRID de Molecular Discovery a été utilisé pour déterminer des interactions énergétiquement favorables entre divers groupes fonctionnels et résidus dans le canyon du site catalytique. Cette étude a montré qu’une zone chargée négativement se produit dans le site actif de la neuraminidase qui s’aligne sur le groupe hydroxyle en C4 de DANA. Cet hydroxyle est donc remplacé par un groupe amino chargé positivement ; le DANA 4-amino s’est révélé 100 fois meilleur comme inhibiteur que le DANA, grâce à la formation d’un pont de sel avec un acide glutamique conservé (119) dans le site actif. On a également remarqué que la Glu 119 se trouvait au fond d’une poche conservée dans le site actif qui est juste assez grande pour accueillir le groupe fonctionnel guanidine plus grand, mais plus basique. Le zanamivir, un inhibiteur analogue à l’état de transition de la neuraminidase, a été le résultat.

Biota étant une petite entreprise, elle n’avait pas les ressources nécessaires pour commercialiser elle-même le zanamivir. En 1990, les droits de brevet du zanamivir ont été concédés sous licence à Glaxo, aujourd’hui GlaxoSmithKline (GSK). Le contrat de licence autorisait Biota à recevoir une redevance de 7% sur les ventes de zanamivir par Glaxo.

En 1999, le produit a été approuvé pour la commercialisation aux États-Unis et en Europe pour le traitement de la grippe A et B. Le comité consultatif de la FDA avait recommandé par un vote de 13 contre 4 qu’il ne soit pas approuvé, car il manquait d’efficacité et n’était pas plus efficace que le placebo lorsque les patients prenaient d’autres médicaments tels que le paracétamol. Mais la direction de la FDA a rejeté le comité et critiqué son examinateur, le biostatisticien Michael Elashoff. L’examen de l’oseltamivir, qui était également en cours d’approbation à ce moment-là, lui a été retiré et réaffecté à quelqu’un d’autre. En 2006, le zanamivir a été approuvé aux États-Unis et en Europe pour la prévention de la grippe A et B.

Bien que le zanamivir ait été le premier inhibiteur de la neuraminidase sur le marché, il n’avait que quelques mois d’avance sur le deuxième entrant, l’oseltamivir (Tamiflu), avec une formulation en capsule orale.

Lors de sa première commercialisation aux États-Unis en 1999/2000, le zanamivir n’a conquis que 25 % du marché des antiviraux contre la grippe, malgré une vaste campagne de promotion. À la fin de cette saison, Tamiflu dépassait le zanamivir 3:1. Au cours de cette saison, le zanamivir a fait l’objet d’avertissements de sécurité mondiaux impliquant un risque de bronchospasme et de décès. Glaxo a ensuite réduit la commercialisation du zanamivir et la domination de Tamiflu a augmenté. Plus de 20 millions de dollars américains de zanamivir vendus par Glaxo au cours de la première saison aux États-Unis ont été restitués à la société au cours des deux saisons suivantes, car ses ventes aux patients étaient bien inférieures aux prévisions.

Biota a engagé une procédure judiciaire en 2004, alléguant que la réduction de la commercialisation du zanamivir par Glaxo constituait une rupture de contrat. Biota a réclamé environ 700 millions de dollars à Glaxo. Après que Biota ait passé quatre ans à essayer de faire avancer son dossier et à engager des frais juridiques de 50 millions de dollars, la société a abandonné la réclamation en juillet 2008, ne récupérant que 20 millions de dollars, y compris les frais juridiques suite au règlement lors de la médiation. Biota avait refusé une offre tactique antérieure de Glaxo de 75 millions de dollars plus les frais juridiques.

En août 2006, l’Allemagne a annoncé qu’elle achèterait 1,7 million de doses de zanamivir, dans le cadre de sa stratégie de préparation contre la grippe aviaire. « L’achat de l’Allemagne montre que les pays commencent à adopter une vision équilibrée de la préparation à la grippe », a déclaré Simon Tucker, responsable de la recherche à Biota, basée à Melbourne, où le zanamivir a été initialement développé.

En avril 2009, de nombreux cas de grippe porcine (virus de type H1N1) ont été signalés aux États-Unis et au Mexique. Le zanamivir est l’un des deux seuls médicaments prescrits pour le traiter. Une étude publiée en juin 2009 a souligné le besoin urgent d’augmenter les stocks d’oseltamivir, avec des médicaments antiviraux supplémentaires, y compris le zanamivir, sur la base d’une évaluation de la performance de ces médicaments dans le scénario selon lequel la neuraminidase de la grippe porcine H1N1 (NA) de 2009 devait acquérir la mutation de résistance au Tamiflu (His274Tyr), qui est actuellement répandue dans 99,6% de toutes les souches de H1N1 saisonnières testées.

En janvier 2011, GSK a annoncé le début des essais de phase III pour le zanamivir intraveineux dans le cadre d’une étude qui couvrira 20 pays des hémisphères Nord et Sud.