Az első Understanding filogenetikai bejegyzésben felvázoltam néhány alapvető filogenetikai terminológiát egy cukorka filogenitás segítségével. A lényeg az, hogy az ágak és csomópontok elrendezése (aka – topológia) szemlélteti, hogy a cukorkák (aka – taxonok) hogyan viszonyultak egymáshoz tulajdonságaik (ebben az esetben a cukorka alakja vagy íze) alapján. Azonban, lehet, hogy észrevett számos hamis kapcsolatot.

például (3a ábra):
• A York-i borsmenta pogácsák és a Cseresznyepüré valóban testvér taxonok, csak azért, mert kerekek?
* mi egyesíti a földimogyoró és a kókuszdió kládot testvér taxonként?
* a földimogyoró klád, mogyoróvaj (Reece mogyoróvaj csésze) nővére földimogyoró (fizetésnap), vagy a “mogyoróvaj-y” töltelék (Butterfinger)?
* Mi a közös ős a “cseppek” és a “lapos bár” cukorkák között?

a válasz az, hogy az eredeti fa néhány kapcsolatának nincs értelme. A taxonokat egy teljesen kettéágazó fába kényszerítettem (3a ábra). Azonban kétértelműséget mutathatunk azzal, hogy nem kényszerítjük a fát a kettéágazásra, és hagyjuk, hogy politómiák legyenek a fán (3b ábra). A politómiák vagy az adatok bizonytalanságát, vagy az információ hiányát jelenthetik. Annak felismerése, hogy a politómia bizonytalanságot vagy információhiányt jelent-e, a kutató feladata, valamint a rendszer és az adatok ismerete. Lehet, hogy több adatot gyűjthetnek (ex – extra taxonok vagy több jellemvonás ) a fa feloldásához. Néhány politómia azonban nem oldható meg, és egyszerűen tükrözi a bizonytalanságot, amelyet a kutatóknak számolniuk kell elemzéseik előrehaladása során.

a tulajdonságoknak adott súly hozzájárul a kettéágazó (3a.Ábra) és a politómia (3b. ábra) fák közötti különbséghez. Amikor cukorka alakú figyelembe vették (ábra 3a), íz csoportok taxonok közelében a tippeket, de alakja csoportok kládok közelebb a gyökér. Amikor azonban a formát nem vették figyelembe, a csoportosításokat csak az íz végezte, és nem volt elegendő adat a fa teljes kettéágazásához a gyökér közelében, mivel egyes kládok nem osztottak több ízprofilt.

míg a politómiák frusztrálóak lehetnek, mert a taxonok közötti összes kapcsolat nincs leírva, nagyon is valós részei a filogenikák felépítésének és értelmezésének. Ezért a politómiák az evolúciós minták értelmezésének valódi részét képezik. (Ezen az interaktív weboldalon számos politómiát láthat az élet fáján.)