miután magánzárkában tartották, Thomast végül Janson (becenevén “patkányember”) engedi szabadon, aki a gonosz (world in Catastrophy Killzone Experiment Department) igazgatóhelyettese. Janson elmondja a Gladereknek (a csoport) és a B csoportnak, hogy többségük immunis a fáklyára, de néhányan, akiknek a nevét olvassa, nem immunisak, beleértve Newtot is. A Gladerek lehetőséget kapnak arra, hogy eltávolítsák a fejükben lévő agykontroll chipeket, és helyreállítsák az emlékeiket, de Thomas azon képességének árán, hogy telepatikusan kommunikáljon Teresával és Aris-szal. Csak Thomas, Minho és Newt döntenek úgy, hogy nem mennek át a műtéten, mivel nem bíznak WICKEDBEN, és Thomas nem akarja tudni, ki volt, amikor segített létrehozni a labirintust. Mindhárman megszöknek WICKED elől Brenda és Jorge segítségével, mielőtt a zsetonjaikat eltávolítják.

Brenda és Jorge kiderül, hogy a WICKEDNEK dolgoznak. Thomas kezdetben elárultnak érzi magát, de Brenda meggyőzi, hogy bocsásson meg neki. Nem sokkal később a Gladerek felfedezik, hogy mindenki, aki átesett az emlékezet helyreállításán, elhagyta őket. Newt odaad Thomasnak egy cetlit, és azt mondja neki, hogy nyissa ki ” amikor eljön az ideje.”Ezután az Ötök Denverbe utaznak, hogy megtalálják Hansot, egy korábbi gonosz kutatót, aki eltávolíthatja az agykontroll chipjeiket. Ott egy fekete öltönyös férfi egy címre irányítja őket, ahol Gally várja őket. Gally csatlakozik a The Right Arm lázadó csoporthoz, és elmagyarázza, hogy a WICKED elfogja az összes immunitását, amit csak talál, hogy előkészítse a megpróbáltatások újabb ciklusát. Azt is felfedi, hogy a pusztuló városokban sokan élnek, akik szenvednek a Fellángolástól, de a tiltott Bliss gyógyszert szedik, ami lelassítja az agy működését, és segít enyhíteni a fájdalmat, amelyet a forgattyúk éreznek a Fellángolástól.

a csoport megtalálja Hansot, aki eltávolítja Minho vezérlő chipjét. WICKED azonban Thomas chipjét használja arra, hogy ellenálljon az eljárásnak. Brendának, Jorgének és Minhónak le kell fognia, hogy Hans elvégezze a műtétet. Utána a csoport meglátogat egy Cafeteria-t, ahol egy biztonsági őr elfogja Thomast, hogy eladja fejvadászoknak, akik elviszik WICKEDHEZ. Janson beavatkozik egy holografikus képbe, egy rendőrautót küld Thomas megmentésére, és azt mondja neki, hogy vissza kell térnie WICKEDHEZ”, hogy megmentse Newtot.”Thomas és barátai egy feljegyzésben megtudják, hogy Gőte a hajtókarokhoz került. Minho meggyőzi őket, hogy menjenek a Denver Crank palotába, hogy megmentsék Newtot, ahol megvesztegetik az őröket, hogy bejussanak. Amikor találkoznak Newttal, dühösen megparancsolja nekik, hogy távozzanak, a többi hajtókar pedig üldözi őket. Thomas ezután emlékszik Newt jegyzetére, elolvassa, és rájön, hogy könyörgött Thomasnak, hogy ölje meg. Thomas kétségbeesik, hogy korábban nem olvasta el a jegyzetet.

miután visszatért Denverbe, Thomas látja, hogy Newt megadta magát a fáklyának. Thomas úgy válaszol Newt kéréseire, hogy kegyelemből fejbe lövi. Ezután a csoport felfedezi, hogy Teresát és a többi immune-t elfogták. Miután kiütötte az őröket, rájönnek, hogy az őröket Vince, a jobb kar vezetője vezette, aki elmagyarázza, hogy beszivárognak WICKED központjába. Belül Thomas felfedezi, hogy Janson hogyan próbálta felhasználni “Newt megmentésére” tett kísérletét, hogy adatokat gyűjtsön a gyógyuláshoz Thomas agyának fizikai szerkezetének vizsgálatával, amely megölné. Thomas kénytelen megkezdeni a halálos agyműtétet, de sikerül olyan eszközt telepítenie, amely letiltja WICKED fegyvereit, amely lehetővé teszi a jobb kar számára, hogy megrohamozza a létesítményt.Thomas felébred, hogy megtalálja Ava Paige kancellártól, a WICKED vezetőjétől származó feljegyzést, aki elmagyarázza, hogy a kísérletekből már elegendő erőforrás áll rendelkezésre a gyógymód tervének elkészítéséhez, így az agyára végül nincs szükség. Paige felfedi a jobb kar által “eladott” Immunes helyét, hogy hozzáférjen a WICKED-hez, ő pedig útmutatást ad egy “biztonságos helyre”, ahová Thomasnak mindet el kell vinnie. Thomas és barátai újra belépnek az útvesztőbe, és megtalálják a foglyul ejtett Immunes-t. Megtudják azonban, hogy a jobb kar inkább el akarja pusztítani, mint elfoglalni a gonosz főhadiszállást. Robbanások rázzák meg a labirintust, a lehulló törmelék pedig megöli a benne lévő Immuneket. A felfordulás kiváltotta, a Grieverek kijönnek a raktárból, de Teresa megmutatja Thomasnak, hogyan állítsa le őket. Thomas talál egy hátsó ajtót; ami kiderül, hogy lapos transz. Elkezdik terelni az immunis gyerekeket a Flat Trans-on keresztül, de mielőtt Thomas és barátai elmenekülnének, Janson és a biztonsági őrök sarokba szorítják őket. Harcba kezdenek, amely akkor ér véget, amikor Thomas halálra fojtja Jansont. Teresa azonban meghal a hulló törmelék miatt is, hogy megmentse Thomas életét. Az épület elől menekülve az Immunes a lapos Transzon keresztül menekül, amely buja paradicsomba vezet.

az epilógust Paige meséli el. Elárulja, hogy a katasztrofális napkitörések után a kitörést a kormány szándékosan hozta létre és bocsátotta ki a népesség ellenőrzésének egyik formájaként. A kormány és a gonoszok azonban képtelenek voltak megfékezni a járványt. Paige rájött, hogy soha nem fognak tudni gyógymódot találni a Fellángolásra, és hogy WICKED erőfeszítései hiábavalók voltak. Rájött, hogy az emberiség kihalásának megakadályozásának egyetlen reménye az, ha az Immunisok saját társadalmat alapítanak, távol a világ többi részétől. Brendával és Jorge-val kidolgozott egy tervet, hogy biztonságos helyre küldjék őket, ahol helyreállíthatják az emberi civilizációt, ezért kijelentette: “a gonosz jó.”