egy nap egy kollégám megállt a munkapadon, hogy megkérdezze, melyik mosószer nem szakítja meg a nukleáris membránt. A lízis pufferekben gyengéd mosószereket használó korábbi tapasztalataim alapján azt válaszoltam:”NP-40″. Az NP-40-nek azonban két márkája volt. Az adatlapok közelebbi áttekintése során kiderült, hogy a kémiai nevek eltérőek voltak, annak ellenére, hogy ugyanazt a rövidítést használták.

vajon egy mosószer más néven Lyse, mint édes?

megosztottam kollégáim meglepett pillantását, miután megállapítottuk, hogy nem minden NP-40 egyforma. De lenne különbség? Általában az emlős sejtek lizálhatók fehérje extrakció céljából pufferekkel, például RIPA pufferrel. Általában a RIPA puffer nem ionos mosószert tartalmaz, mint például az NP-40, amely elválasztja az egész organellákat. Egyéb nem ionos mosószerek a Triton X-100, a Triton X-114 és a Tween-20. A sejttípustól és az alkalmazástól függően a használt mosószer koncentrációja (általában 0,1 – 2%) azt eredményezheti, hogy a citoplazmatikus tartalom és a nukleáris tartalom szennyezi egymást. Ha a cél az, hogy a kedvenc fehérjét egy egész sejt lizátumban Western blot segítségével detektálja, akkor a mosószer magasabb koncentrációja kedvező. Kollégám azonban szubcelluláris frakcionálásokat akart végezni, különös tekintettel a nukleáris extrakciókra. Ezeknek a mintáknak az előkészítése általában sokkal alacsonyabb mosószer-koncentrációt igényel, hogy minimalizálja a membrán zavarait a kezdeti lízis lépésben.

a kollégámnak adott válaszomban az volt a hiba, hogy nem vettem figyelembe teljes mértékben a sejtlízis kívánt eredményét. A fehérje lokalizációját akarták értékelni, nem csak annak meghatározására, hogy mennyi az egész sejtben. Mégis … az NP – 40 volt a megfelelő mosószer a munkához?

kiderült, hogy az “NP-40” rövidítés a következő IUPAC-nevek két vegyi anyagára utalhat:

• Oktilfenoxi-Poli-etoxi-etanol: utcanév igepal GmbH
• Nonilfenoxi-Poli-etoxi-etanol: utcanév tergitol GmbH

érdemes megjegyezni, hogy a két vegyi anyag között csak egy különbség van, amely az alkilcsoportok számában van (félkövér betűkkel). Ennek ellenére, valamint az utcanevek különbségei, mindkét palack egyszerűen “NP-40” – et mond.

mi van egy névben?

miután kutattam az “NP-40” megfoghatatlan kifejezés eredetét, felfedeztem, hogy a jelenleg kereskedelemben kapható NP-40 márkákat a megszűnt Shell Chemical Company Nonidet P-40 helyettesítőinek tekintik, amelyet gyakran NP-40-nek rövidítenek. Miután megszűnt a Shell Nonidet P-40, más cégek, mint a Sigma-Aldrich és a PanReac AppliChem elkezdték terjeszteni a “Nonidet P-40 helyettesítőket”. Két fő védjegyes név jelent meg: Igepal és tergitol. Mivel az IGEPAL és a Shell Nonidet P-40 kémiai neve oktilfenoxi-poli-etoxi-etanol, az IGEPAL kémiailag a leginkább hasonlít a megszűnt mosószerhez.

az összes háttér tudás az arsenal, ez vissza a kollégám kérdése. Általában a szubcelluláris frakcionáláshoz 0,1% Nonidet P-40 mosószer-koncentrációra van szükség (0,05%-ot láttam publikációkban), és ez lehet IGEPAL, Tergitol vagy bármely más Nonidet P-40 helyettesítő. Tehát egy jobb módja annak, hogy válaszoljak kollégám kérdésére, az lett volna, ha azt mondom: “azt javasolnám, hogy 0,1% Nonidet P-40-el kezdjem.”. Azt is javasolnám, hogy dokumentálja a Nonidet P-40 márkáját, amelyet reprodukálhatósági célokra használ. Vannak empirikus adatok, amelyek megjegyzik az adott márkákat. Az egyik ilyen kiadvány időt vett igénybe a polimerizált tubulin hozamának összehasonlítására a Nonidet P-40 különböző márkáit tartalmazó pufferekben, beleértve a megszűnt márkát is, a mosószer potenciáljának meghatározásához. Spoiler figyelmeztetés: a Nonidet P-40 jelenlegi márkái hatékonyabban izolálják a polimerizált tubulint, mint a megszűnt márka!

Névzavar: hibáztasd a vegyészeket!

Ez az anekdota egy másik példára emlékeztetett, amelyben a laboratóriumi reagensek nevei megzavarhatják az elmét. Folytatva a sejtlízis témáját, mi a különbség a proteáz és a proteináz között? Mint az “NP-40” esetében, a “proteináz” kifejezés mögött álló történet csak zavart okozott az irodalomban. Hallottál már a proteináz K – ról? A proteináz k népszerű felhasználása a DNS-extrakció. Miért nem nevezik proteáz K-nek? A Biochemical Journal 1986-os levele szerint a” proteáz ” tágabb kifejezés a fehérjék gerincét alkotó peptidkötések hasítására. A proteázok azonban képesek hasítani a rövid másodlagos struktúrákat/peptideket, valamint a harmadlagos struktúrákat / fehérjéket (gondoljunk a biokémia 101-re). Ezért a “proteináz” kifejezés a tercier-strukturált fehérjéket hasító proteáz azonosításának egyik módjaként jelent meg. A mai laboratóriumok azonban általában proteázokról beszélnek, kivéve például a proteináz K-T. Helyes lenne, ha azt mondaná, hogy “proteáz K”, de akkor nehézségekbe ütközhet bármilyen leltárban.

tehát az igazi NP-40 fel fog állni? Úgy tűnik, hogy Eminem vagy a megszűnt shell Chemical Company nonidet P-40 márkáját, vagy az IGEPAL-t keresi. Az Ön konkrét alkalmazásához azonban érdemes több empirikus adatot gyűjteni az NP-40 márkájáról, amelyet használni szeretne. Személy szerint azt szeretném, ha az” NP-40 “kikerülne a szókincsünkből, hogy helyébe a jogos” Nonidet P-40 “LÉPJEN, de itt vagyunk –” paradicsom “vagy” paradicsom”, azt hiszem!

1. Sinka S, mező JJ, Miller JH (2017). Helyettesítő Nonidet P-40 nemionos detergensek alkalmazása intracelluláris tubulin polimerizációs vizsgálatokban mikrotubulust célzó szerek szűrésére. Sejt Biol. 95: 379-384.
2. S. Mezőgazdasági Minisztérium (2015). Nonfenil-Etoxilátok. Washington, D. C.: növényvédőszer-Kutató Intézet, USDA Nemzeti szerves Program.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nómenklatúra: proteáz, proteináz és peptidáz. Biochem J 237: 935.