Articles

Picornavirus, a leggyakoribb légúti vírus, amely fertőzést okoz minden életkorú, akut légzőszervi betegségben kórházba került betegek körében | Company Pride

szöveg

az alsó légúti fertőzések a fertőző betegségekkel kapcsolatos kórházi kezelés fő okai az Egyesült Államokban (13). Korábban meghatároztuk a kórházi kezelésekhez vezető akut légúti megbetegedésekhez kapcsolódó specifikus vírusfertőzések gyakoriságát (5). A vizsgálatba bevont betegeket állami vagy magánkórházba vitték, és a légúti vírusfertőzéseket sejtkultúrával és szerológiai vizsgálatokkal azonosították. Mivel a légzőszervi megbetegedésekhez kapcsolódó légúti vírusfertőzések száma növelhető a reverz transzkripció-PCR (RT-PCR) vizsgálatok alkalmazásával (3, 6), ezeket a vizsgálatokat az erre a célra összegyűjtött és erre a célra elkülönített mintákra alkalmaztuk 2 év alatt időszak annak meghatározására, hogy további légúti vírusfertőzések azonosíthatók-e ebben a kohorszban.

a klinikai vizsgálat részleteit korábban ismertették (5). Röviden, A tanulmány résztvevői minden életkorú személyek voltak, akiket kórházba szállítottak Ben Taub általános kórház vagy Szent Lukács Püspöki Kórház Houstonban, TX, akut légzőszervi állapotban (tüdőgyulladás, tracheobronchitis, bronchiolitis, far , asztma súlyosbodása vagy krónikus obstruktív tüdőbetegség vagy pangásos szívelégtelenség). A légzőszervi mintákat (orrmosás vagy torok tampon) és a szérummintákat a kórházi kezelést követő medián 1 napon belül gyűjtöttük. Ezt az alvizsgálatot az 1 szeptember 1993-tól a vizsgálat végéig 1995 májusában beiratkozott résztvevőkön végezték. A légzésmintát a gyűjtés idején stabilizátorként borjú infúziós húslevessel keverték, nedves jégen szállították a laboratóriumba, majd sejttenyészetbe oltották. A fennmaradó mintát alikvotáltuk és lefagyasztottuk <-70 GmbH-nál, amíg molekuláris vizsgálattal meg nem vizsgáltuk (lásd alább). Általában a minták egy vagy két fagyasztáson estek át, hogy cDNS-t hozzanak létre a kezdeti teszteléshez. Lábadozó fázisú szérummintát kaptunk 14-42 nappal később. Minden alany tájékozott beleegyezést adott a Baylor Orvostudományi Főiskola intézményi felülvizsgálati Testülete által jóváhagyott protokoll alapján.

a sejttenyészethez és szerológiához használt módszereket már korábban leírtuk (5). A sejttenyészeti vizsgálatokat az A és B típusú influenzavírusok, az 1-3-as típusú parainfluenza vírus (PIV), a respiratorikus syncytial vírus (RSV), a rhinovírusok, az enterovírusok, a herpeszvírusok és az adenovírusok szempontjából vizsgálták. Szerológiai vizsgálatokat végeztek a korábban leírtak szerint (5) párosított szérummintákon az influenza A és B vírusok, az 1-3-as típusú PIV, az RSV, valamint a 229e és OC43 koronavírusok kimutatására.

RT-PCR vizsgálatokat végeztek a korábban leírt valós idejű RT-PCR vizsgálatokkal az influenza A és B vírusok, valamint az OC43 és 229E koronavírusok esetében (3). Az 1-3-as típusú PIV (piv1, PIV2 és piv3), RSV, humán metapneumovírus (hmpv) és picornavirus fertőzéseket korábban leírt RT-PCR vizsgálatokkal, majd Southern blot hibridizációval azonosították (3). A pikornavírus-pozitív mintákat tovább osztályoztuk rhinovírus-és enterovírus-specifikus valós idejű RT-PCR vizsgálatokkal, amikor elegendő minta maradt ezekhez a vizsgálatokhoz (8, 11).

összesen 403 különálló betegség fordult elő a 2 éves vizsgálati időszak alatt 364 személynél. Hetvenhat légúti vírust (a herpes simplex vírus és a cytomegalovírus kivételével ) izoláltak a vizsgálati időszak alatt gyűjtött 75 betegmintából. Ezek 26 pikornavírust, 21 RSV-t, 19 influenzavírust, 4 adenovírust és 2 piv1, PIV2 és PIV3 vírust tartalmaztak (1.táblázat). Harminc betegség (a vizsgált 136 párosított szérumból) 33 fertőzést is azonosított szerológiával , amelyek közül 11-et tenyésztéssel azonosítottak (6 A influenza H3N2 altípusa, 4 RSV és 1 B influenza). A szerológiával, de tenyésztéssel nem azonosított további fertőzések közé tartozott hét a/H3N2, három-három RSV, PIV2, PIV3 és OC43, valamint egy-egy A/H1N1, PIV1 és 229E.

1.táblázat

a tenyésztéssel vagy RT-PCR-rel azonosított fertőzések egy 403 betegségből álló kohorszban, amelyet 1993 szeptembere és 1995 júniusa között értékeltek

d rowspan=”1″ colspan=”36

d rowspan=”1″ colspan=”21

virusa összesen nem. fertőzések nem. fertőzések, amelyek voltak:
PCR pozitív PCR negatív vagy NDb
tenyészet pozitív tenyészet negatív tenyészet negatív kultúra pozitív
picornavírusok
enterovírus 5 3 2 0
rhinovírus 49 14 29 6
nem osztályozott 54 0 51 3
paramyxovírusok
PIV1 3 2 1 0
piv2 2 0 0 2
piv3 6 2 4 0
RSV 16 15 5
hmpv 12 12 0
ortomixovírusok
Influenza a colspan=” 1″>8 5 8
influenza B 3 1 0 2
koronavírusok
OC43 5 5 0
229E 2 0 2 0
adenovírusok* 4 4
herpeszvírusok
HSV* 13 13
CMV* 3 3
aPIV, parainfluenza vírus; RSV, légzőszervi syncytial vírus; hmpv, emberi metapneumovírus; HSV, herpes simplex vírus; CMV, citomegalovírus. * , A PCR nem készült el. A tenyésztési rendszerek az eredeti vizsgálat idején nem álltak rendelkezésre OC43 vagy HMPV számára. Az RT-PCR-rel hmpv-re pozitív mintákat később sejttenyészeten teszteltük, és az 1 pozitív volt.
bND, PCR nem készült el.

légzési minták 386 betegségből (95.8%) álltak rendelkezésre molekuláris vizsgálatokhoz. Száz hetvenkét (44,6%) minta pozitív volt a vizsgált vírusok legalább egyikére (1.táblázat), a pikornavírus (n = 99) volt a leggyakoribb azonosított fertőzés. Az összes vírust, amelyre RT-PCR vizsgálatokat végeztek, a PIV2 kivételével detektálták; RT-PCR-rel nem azonosítottak PIV2 fertőzést, míg sejttenyészet segítségével két fertőzést találtak. Összességében 200 (49,6%) a 403 betegség közül legalább egy vírusfertőzéssel társult. Több mint egy vírusfertőzést azonosítottak 33 betegségben (31 két fertőzéssel és 2 három fertőzéssel). A többszörös fertőzések közül huszonkettő tartalmazott egy pikornavírust, a pikornavírus és az RSV volt a leggyakoribb kombináció (n = 10); az RSV-vel és az influenza a vírussal való kettős fertőzést 3 betegségben mutatták ki. Egy másik légúti vírust azonosítottak mindhárom betegségben, amelyekből a CMV izolálódott, valamint 6 a 11 betegségek, amelyekből a HSV izolálódott.

vírusfertőzést azonosítottak az 5 év alatti gyermekek 77,6% – ánál (2.táblázat). Az idősebb gyermekek betegségeik több mint 50%-ában fertőzöttek voltak, a felnőttek pedig betegségeik körülbelül egyharmadában. A többszörös fertőzéseket leggyakrabban 1 évesnél fiatalabb gyermekeknél azonosították.

2.táblázat

a légúti vírusfertőzések megoszlása korcsoportok szerint (a tenyésztés, a PCR és a szerológia összesített eredményei)

d rowSpan=”1″ colspan=”0

d rowspan=”1″ colspan=”49

d rowSpan=”1″colspan=”43

d rowspan=”1″ colspan=”200

Virusa nem. fertőzések száma minden korcsoportban (év) (n)
<1 (55) 1-4 (57) 5-17 (50) 18-44 (65) 45-64 (114) ≥65 (62) minden korosztály (403)
picornavírusok
enterovírus 3 0 2 0 0 5
rhinovírus 15 6 8 8 9 3
osztályozatlan 13 11 17 6 5 2 54
paramyxovírusok
piv1 0 3 0 0 0 0 3
piv2 2 3 0 0 0 0 5
piv3 3 3 0 0 2 1 9
RSV 15 14 5 1 2 2 39
hmpv 2 4 0 2 colspan=”1″> 2 2 12
ortomixovírusok
influenza a 0 4 2 6 11 3 26
influenza B 0 2 0 0 0 1 3
koronavírusok
oc43 0 0 0 1 6 0 7
229e 0 0 0 0 1 2 3
adenovírusok 1 1 0 1 1 0 4
herpeszvírusok
HSV 0 0 1 2 6 4 13
CMV 2 0 1 0 0 3
bármely vírusb 44 31 24 42 16
több vírus 11 7 4 4 3 4 33
apiv, parainfluenza vírus; RSV, légzőszervi syncytial vírus; HMPV, humán metapneumovírus; HSV, herpes simplex vírus; CMV, cytomegalovírus.
bez a kategória legalább egy vírussal rendelkező személyeknek felel meg.

a molekuláris módszerek alkalmazása a légúti vírusfertőzés diagnosztizálására növelte a légúti vírusfertőzés azonosításának gyakoriságát az asztma (1, 6), a krónikus obstruktív tüdőbetegség (3, 12) és a bronchiolitis (4, 10) exacerbációiban szenvedő betegeknél, valamint az Általános légúti vírusdiagnosztikai vizsgálatokra benyújtott mintákban (2, 9). Korábban elvégeztünk egy epidemiológiai vizsgálatot, amely a légúti vírusfertőzés hatását vizsgálta egy közösségi kohorszra hagyományos (tenyészet és szerológia) vírusdiagnosztikai módszerekkel. Az RT-PCR vizsgálatok alkalmazása az ebben a vizsgálatban gyűjtött mintákon körülbelül 2-szeresére növelte az azonosított vírusfertőzések számát, mivel a vizsgálat egyes vírusokra (pl. pikornavírusokra) a sejttenyészetek érzékenységéhez képest fokozott, valamint más, rosszul vagy nem tenyészthető vírusok (pl. HMPV és coronavirus) azonosítására képes.

a kimutatási gyakorisággal rendelkező víruscsalád a pikornavírusok (enterovírus és rhinovírus fajok) voltak, amelyeket a betegség epizódjainak körülbelül 25% – ában azonosítottak. Mivel az alkalmazott rhinovírus-és enterovírus-specifikus primereket nem validálták minden rhinovírus-és enterovírus-faj ellen, lehetséges, hogy további, nem észlelt pikornavírus-fertőzések kimaradtak. A picornavirus fertőzések fokozott azonosítása molekuláris vizsgálatokkal összhangban van az 5 évesnél fiatalabb gyermekek, valamint az asztmában, COPD-ben és bronchiolitisben szenvedő betegek más vizsgálatainak eredményeivel (1, 6, 7, 10, 12).

összefoglalva, a molekuláris diagnosztikai vizsgálatok alkalmazása növelte a légúti vírusfertőzés azonosításának gyakoriságát az akut légzőszervi állapotú akut kórházakba felvett személyeknél. Ebben a kohorszban az 5 évesnél fiatalabb gyermekek légúti betegségeinek több mint 75% – a Kapcsolódott légúti vírus kimutatásához, szemben a felnőttek betegségeinek 25-37% – ával. A légúti vírusfertőzések prevalenciája még magasabb lehet, mivel nem vizsgáltuk az NL63 vagy a HKU1 koronavírusokat vagy a 4.típusú PIV-t. A picornavírus (elsősorban rhinovírus) fertőzések voltak a leggyakoribb fertőzések, amelyeket minden korosztályban azonosítottak, majd az RSV és az influenzavírusok okozta fertőzések következtek. A molekuláris vizsgálatok alkalmazása növeli a légúti vírusfertőzés azonosításának gyakoriságát a sejtkultúra és a szerológia klasszikus vírusdiagnosztikai módszereihez képest.