Picornavirus, a leggyakoribb légúti vírus, amely fertőzést okoz minden életkorú, akut légzőszervi betegségben kórházba került betegek körében | Company Pride
szöveg
az alsó légúti fertőzések a fertőző betegségekkel kapcsolatos kórházi kezelés fő okai az Egyesült Államokban (13). Korábban meghatároztuk a kórházi kezelésekhez vezető akut légúti megbetegedésekhez kapcsolódó specifikus vírusfertőzések gyakoriságát (5). A vizsgálatba bevont betegeket állami vagy magánkórházba vitték, és a légúti vírusfertőzéseket sejtkultúrával és szerológiai vizsgálatokkal azonosították. Mivel a légzőszervi megbetegedésekhez kapcsolódó légúti vírusfertőzések száma növelhető a reverz transzkripció-PCR (RT-PCR) vizsgálatok alkalmazásával (3, 6), ezeket a vizsgálatokat az erre a célra összegyűjtött és erre a célra elkülönített mintákra alkalmaztuk 2 év alatt időszak annak meghatározására, hogy további légúti vírusfertőzések azonosíthatók-e ebben a kohorszban.
a klinikai vizsgálat részleteit korábban ismertették (5). Röviden, A tanulmány résztvevői minden életkorú személyek voltak, akiket kórházba szállítottak Ben Taub általános kórház vagy Szent Lukács Püspöki Kórház Houstonban, TX, akut légzőszervi állapotban (tüdőgyulladás, tracheobronchitis, bronchiolitis, far , asztma súlyosbodása vagy krónikus obstruktív tüdőbetegség vagy pangásos szívelégtelenség). A légzőszervi mintákat (orrmosás vagy torok tampon) és a szérummintákat a kórházi kezelést követő medián 1 napon belül gyűjtöttük. Ezt az alvizsgálatot az 1 szeptember 1993-tól a vizsgálat végéig 1995 májusában beiratkozott résztvevőkön végezték. A légzésmintát a gyűjtés idején stabilizátorként borjú infúziós húslevessel keverték, nedves jégen szállították a laboratóriumba, majd sejttenyészetbe oltották. A fennmaradó mintát alikvotáltuk és lefagyasztottuk <-70 GmbH-nál, amíg molekuláris vizsgálattal meg nem vizsgáltuk (lásd alább). Általában a minták egy vagy két fagyasztáson estek át, hogy cDNS-t hozzanak létre a kezdeti teszteléshez. Lábadozó fázisú szérummintát kaptunk 14-42 nappal később. Minden alany tájékozott beleegyezést adott a Baylor Orvostudományi Főiskola intézményi felülvizsgálati Testülete által jóváhagyott protokoll alapján.
a sejttenyészethez és szerológiához használt módszereket már korábban leírtuk (5). A sejttenyészeti vizsgálatokat az A és B típusú influenzavírusok, az 1-3-as típusú parainfluenza vírus (PIV), a respiratorikus syncytial vírus (RSV), a rhinovírusok, az enterovírusok, a herpeszvírusok és az adenovírusok szempontjából vizsgálták. Szerológiai vizsgálatokat végeztek a korábban leírtak szerint (5) párosított szérummintákon az influenza A és B vírusok, az 1-3-as típusú PIV, az RSV, valamint a 229e és OC43 koronavírusok kimutatására.
RT-PCR vizsgálatokat végeztek a korábban leírt valós idejű RT-PCR vizsgálatokkal az influenza A és B vírusok, valamint az OC43 és 229E koronavírusok esetében (3). Az 1-3-as típusú PIV (piv1, PIV2 és piv3), RSV, humán metapneumovírus (hmpv) és picornavirus fertőzéseket korábban leírt RT-PCR vizsgálatokkal, majd Southern blot hibridizációval azonosították (3). A pikornavírus-pozitív mintákat tovább osztályoztuk rhinovírus-és enterovírus-specifikus valós idejű RT-PCR vizsgálatokkal, amikor elegendő minta maradt ezekhez a vizsgálatokhoz (8, 11).
összesen 403 különálló betegség fordult elő a 2 éves vizsgálati időszak alatt 364 személynél. Hetvenhat légúti vírust (a herpes simplex vírus és a cytomegalovírus kivételével ) izoláltak a vizsgálati időszak alatt gyűjtött 75 betegmintából. Ezek 26 pikornavírust, 21 RSV-t, 19 influenzavírust, 4 adenovírust és 2 piv1, PIV2 és PIV3 vírust tartalmaztak (1.táblázat). Harminc betegség (a vizsgált 136 párosított szérumból) 33 fertőzést is azonosított szerológiával , amelyek közül 11-et tenyésztéssel azonosítottak (6 A influenza H3N2 altípusa, 4 RSV és 1 B influenza). A szerológiával, de tenyésztéssel nem azonosított további fertőzések közé tartozott hét a/H3N2, három-három RSV, PIV2, PIV3 és OC43, valamint egy-egy A/H1N1, PIV1 és 229E.
1.táblázat
a tenyésztéssel vagy RT-PCR-rel azonosított fertőzések egy 403 betegségből álló kohorszban, amelyet 1993 szeptembere és 1995 júniusa között értékeltek
virusa | összesen nem. fertőzések | nem. fertőzések, amelyek voltak: | |||
---|---|---|---|---|---|
PCR pozitív | PCR negatív vagy NDb | ||||
tenyészet pozitív | tenyészet negatív | tenyészet negatív | kultúra pozitív | ||
picornavírusok | |||||
enterovírus | 5 | 3 | 2 | 0 | |
rhinovírus | 49 | 14 | 29 | 6 | |
nem osztályozott | 54 | 0 | 51 | 3 | |
paramyxovírusok | |||||
PIV1 | 3 | 2 | 1 | 0 | |
piv2 | 2 | 0 | 0 | 2 | |
piv3 | 6 | 2 | 4 | 0 | |
RSV | 16 | 15 | 5 | ||
hmpv | 12 | 12 | 0 | ||
ortomixovírusok | |||||
Influenza a | colspan=” 1″>8 | 5 | 8 | ||
influenza B | 3 | 1 | 0 | 2 | |
koronavírusok | |||||
OC43 | 5 | 5 | 0 | ||
229E | 2 | 0 | 2 | 0 | |
adenovírusok* | 4 | 4 | |||
herpeszvírusok | |||||
HSV* | 13 | 13 | |||
CMV* | 3 | 3 |
légzési minták 386 betegségből (95.8%) álltak rendelkezésre molekuláris vizsgálatokhoz. Száz hetvenkét (44,6%) minta pozitív volt a vizsgált vírusok legalább egyikére (1.táblázat), a pikornavírus (n = 99) volt a leggyakoribb azonosított fertőzés. Az összes vírust, amelyre RT-PCR vizsgálatokat végeztek, a PIV2 kivételével detektálták; RT-PCR-rel nem azonosítottak PIV2 fertőzést, míg sejttenyészet segítségével két fertőzést találtak. Összességében 200 (49,6%) a 403 betegség közül legalább egy vírusfertőzéssel társult. Több mint egy vírusfertőzést azonosítottak 33 betegségben (31 két fertőzéssel és 2 három fertőzéssel). A többszörös fertőzések közül huszonkettő tartalmazott egy pikornavírust, a pikornavírus és az RSV volt a leggyakoribb kombináció (n = 10); az RSV-vel és az influenza a vírussal való kettős fertőzést 3 betegségben mutatták ki. Egy másik légúti vírust azonosítottak mindhárom betegségben, amelyekből a CMV izolálódott, valamint 6 a 11 betegségek, amelyekből a HSV izolálódott.
vírusfertőzést azonosítottak az 5 év alatti gyermekek 77,6% – ánál (2.táblázat). Az idősebb gyermekek betegségeik több mint 50%-ában fertőzöttek voltak, a felnőttek pedig betegségeik körülbelül egyharmadában. A többszörös fertőzéseket leggyakrabban 1 évesnél fiatalabb gyermekeknél azonosították.
2.táblázat
a légúti vírusfertőzések megoszlása korcsoportok szerint (a tenyésztés, a PCR és a szerológia összesített eredményei)
Virusa | nem. fertőzések száma minden korcsoportban (év) (n) | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
<1 (55) | 1-4 (57) | 5-17 (50) | 18-44 (65) | 45-64 (114) | ≥65 (62) | minden korosztály (403) | |
picornavírusok | |||||||
enterovírus | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 5 | |
rhinovírus | 15 | 6 | 8 | 8 | 9 | 3 | |
osztályozatlan | 13 | 11 | 17 | 6 | 5 | 2 | 54 |
paramyxovírusok | |||||||
piv1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 |
piv2 | 2 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 |
piv3 | 3 | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 | 9 |
RSV | 15 | 14 | 5 | 1 | 2 | 2 | 39 |
hmpv | 2 | 4 | 0 | 2 | colspan=”1″> 2 | 2 | 12 |
ortomixovírusok | |||||||
influenza a | 0 | 4 | 2 | 6 | 11 | 3 | 26 |
influenza B | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 3 |
koronavírusok | |||||||
oc43 | 0 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 7 |
229e | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 2 | 3 |
adenovírusok | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 4 |
herpeszvírusok | |||||||
HSV | 0 | 0 | 1 | 2 | 6 | 4 | 13 |
CMV | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 3 | |
bármely vírusb | 44 | 31 | 24 | 42 | 16 | ||
több vírus | 11 | 7 | 4 | 4 | 3 | 4 | 33 |
a molekuláris módszerek alkalmazása a légúti vírusfertőzés diagnosztizálására növelte a légúti vírusfertőzés azonosításának gyakoriságát az asztma (1, 6), a krónikus obstruktív tüdőbetegség (3, 12) és a bronchiolitis (4, 10) exacerbációiban szenvedő betegeknél, valamint az Általános légúti vírusdiagnosztikai vizsgálatokra benyújtott mintákban (2, 9). Korábban elvégeztünk egy epidemiológiai vizsgálatot, amely a légúti vírusfertőzés hatását vizsgálta egy közösségi kohorszra hagyományos (tenyészet és szerológia) vírusdiagnosztikai módszerekkel. Az RT-PCR vizsgálatok alkalmazása az ebben a vizsgálatban gyűjtött mintákon körülbelül 2-szeresére növelte az azonosított vírusfertőzések számát, mivel a vizsgálat egyes vírusokra (pl. pikornavírusokra) a sejttenyészetek érzékenységéhez képest fokozott, valamint más, rosszul vagy nem tenyészthető vírusok (pl. HMPV és coronavirus) azonosítására képes.
a kimutatási gyakorisággal rendelkező víruscsalád a pikornavírusok (enterovírus és rhinovírus fajok) voltak, amelyeket a betegség epizódjainak körülbelül 25% – ában azonosítottak. Mivel az alkalmazott rhinovírus-és enterovírus-specifikus primereket nem validálták minden rhinovírus-és enterovírus-faj ellen, lehetséges, hogy további, nem észlelt pikornavírus-fertőzések kimaradtak. A picornavirus fertőzések fokozott azonosítása molekuláris vizsgálatokkal összhangban van az 5 évesnél fiatalabb gyermekek, valamint az asztmában, COPD-ben és bronchiolitisben szenvedő betegek más vizsgálatainak eredményeivel (1, 6, 7, 10, 12).
összefoglalva, a molekuláris diagnosztikai vizsgálatok alkalmazása növelte a légúti vírusfertőzés azonosításának gyakoriságát az akut légzőszervi állapotú akut kórházakba felvett személyeknél. Ebben a kohorszban az 5 évesnél fiatalabb gyermekek légúti betegségeinek több mint 75% – a Kapcsolódott légúti vírus kimutatásához, szemben a felnőttek betegségeinek 25-37% – ával. A légúti vírusfertőzések prevalenciája még magasabb lehet, mivel nem vizsgáltuk az NL63 vagy a HKU1 koronavírusokat vagy a 4.típusú PIV-t. A picornavírus (elsősorban rhinovírus) fertőzések voltak a leggyakoribb fertőzések, amelyeket minden korosztályban azonosítottak, majd az RSV és az influenzavírusok okozta fertőzések következtek. A molekuláris vizsgálatok alkalmazása növeli a légúti vírusfertőzés azonosításának gyakoriságát a sejtkultúra és a szerológia klasszikus vírusdiagnosztikai módszereihez képest.