1885-ben, vállalkozása bukása után, a 35 éves Reyes csatlakozott a hadsereghez, hogy harcoljon az 1885-ös polgárháborúban, és bátorsága és hadviselési készsége miatt nem sokkal később tábornokká léptették elő. A háború kellős közepén elnök Rafael Nu Adaptizez megadta neki a felelősséget a kolumbiai terület részeként Panama visszafoglalására irányuló műveletek vezetéséért; a misszió eredetileg a hadosztály tábornokának, Gralnak a parancsnoksága alatt állt. Miguel Montoya, de Reyes volt a tényleges parancsnok. A tengeri művelet indult Buenaventura Panama, amelyben Reyes volt, hogy visszaszerezze egy régi ponton ki a korrózió, hogy ki a hiányzó hajók a flotta, és képes legyen mozgatni a csapatok; feat néven ismert “ponton kalandja”. Amikor az expedíció megérkezett Panamba, helyreállították a polgári és katonai hatóságot, és néhány nappal később az összes amerikai haderő elhagyta az isthmust. Miután a panamai felkelő, Azpurr apostola megadta magát előttük, Reyes elnökölt egy beszélt haditanácson, amelynek eredményeként kivégezték Antoine Petricellit Haitiről és a Jamaicai George Davist, más néven “Cocobolót”, mindkettőjüket felelősnek tartották a panamavárosi col Apostoln felgyújtásáért.

Pedro Prest Enterprises-t, akit szintén a panamai col Enterprises gyújtogatásáért vádoltak, augusztus 18-án akasztották fel, három hónappal a Pedro Nel Ospina vezette haditanács után; ennek ellenére minden felelősség Reyes-re hárult. Mindeközben Rafael Nu ons elnök egy céges és központosított szervezet létrehozásán dolgozott az államban.

a radikális Liberálisok vereségével és a konzervatív párt hatalomra kerülésével, amely új központosított törvényalkotást keresett, az 1863-as alkotmányt eltörölték, és az elnök vezette Rafael Nu Kb az 1886-os alkotmányhoz, amely a következő száz évben lesz érvényben. November 11-én 1885, amikor a Nemzeti Alkotmányozó Gyűlés jött létre, Reyes kapott helyet, azonban a részvétel a Magna Carta valahogy szerencsétlen, annak a ténynek köszönhető, hogy Miguel Antonio Caro ellenezte a legtöbb ő indítványok.

1887-ben a kormány “bizalmas feladatot” adott Reyes-nek Európában: hiteleket és hiteleket szerezni; ez a feladat azonban nem járt sikerrel, amikor visszatért, Nu ons nevezte ki fejlesztési miniszternek. 1888-ban visszatért személyes tevékenységéhez, és megvásárolta a Tocaima melletti Andorra farmot, ahol a mezőgazdaság visszaadta korábban elvesztett vagyonát. 1890-ben szenátornak választották, 1892-ben pedig Kolumbia alelnökségéért indult, de a közvélemény-kutatások során veszített. Öt évvel később részt vett a 1895-ös polgárháború, majd később abban az évben az elnök Kormányminiszternek nevezte ki Miguel Antonio Caro, annak ellenére, hogy régi ellenségeskedés volt közöttük, amely az Alkotmányozó Közgyűlés idejére nyúlik vissza.

1896-ban, azokban a napokban, amikor Reyesnek esélye volt elnökjelöltnek lenni, Caro úgy döntött, hogy Párizsba küldi Kolumbia nagyköveteként, ami távol tartotta az elnöki versenytől a 1898-as elnökválasztás; és beleavatkozott az ezer napos háború háborújában való részvételébe is.1902 óta Reyes Mexikóban élt, miközben mindent megszervezett az 1904-es elnökválasztásra.

1904-ben, Jose (Manuel Marroqu) elnök azt a feladatot adta neki, hogy állítson össze egy százezer önkéntesből álló hadsereget, hogy harcoljon és visszaszerezze Panam (Panam) – t. Három tábornok volt vele ebben a küldetésben: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero és Jorge Holgu.

a Bogotába érkező hírszerzési információk miatt az új amerikai csatahajók mozgásáról és elrendezéséről a Csendes-óceánon és a Karib-tengeren Kolumbia megközelítése eltávolodott a harciasságtól egy diplomatikusabb módon; az a tény, hogy a Mayflower, az Atlanti-óceán észak-amerikai zászlóshajója és más tíz hajó mindkét óceánt őrizte, hogy megakadályozzák a kolumbiai csapatok kiszállását és megvédjék az isthmus lázadását, a diplomáciára támaszkodott, és elkerülte az Egyesült Államok elleni háborút.

A Kolumbiai csapatok kiszállhattak, köszönhetően John M. Hay külügyminiszternek, aki felhatalmazta őket arra, hogy betegyék a lábukat a Col Evolution-nál, de nem engedték, hogy az Ideiglenes Kormány testületének tagjai legyenek, hogy tárgyaljanak az isthmus átruházásáról; onnan elváltak Washingtonba.

Washingtonban, miután megtudta, hogy aláírták a Hay-Banu-Varilla szerződést Panamával, Reyes feloszlatta a diplomáciai Bizottságot, és feladott minden erőfeszítést, hogy katonai konfrontációba kezdjen az Egyesült Államok ellen; Washingtonból azt írta:

December 22. Kerülni kell az USA-val való bármilyen fegyveres konfrontációt, ne foglalják el Panamai területet. Gyűjtsetek össze Panamában, 40 háborús gőzt. A háború közvetlen veszélye, Medellin, Bogota … szörnyű helyzet.

Reyes csapatai várták a tábornok parancsát, hogy vonuljanak le Panam-ban.

a Panama állam már elszakadt Kolumbia November 3-án, 1903-ban, az adminisztráció az elnök Josuni Manuel Marroqu. A Panamai csapatok katonai tanácsadók és az Amerikai Egyesült Államok csapatai segítségével kinyilvánították függetlenségüket. Ezt az akciót Theodore Roosevelt elnök támogatta, aki kifejezte érdeklődését egy interoceanic csatorna építése iránt ebben a stratégiai régióban. Volt egy szerződés Kolumbia és az Amerikai Egyesült Államok között, a Hay-Herr-féle szerződés, amelyet január 12-én írtak alá, 1903-ban, amellyel az Egyesült Államok finanszírozza, irányítja és felügyeli a csatorna építését.

az 1904-es elnökválasztáson, amelyen nem voltak liberális jelöltek, Reyes egy másik konzervátor ellen indult; tábornok Joaqu Enterprises Fernando V.