2015-ben Eggers horrorfilmmel debütált a boszorkány, saját forgatókönyve alapján. A film premierje a 2015 Sundance Filmfesztivál január 27, 2015. Az A24 megszerezte a filmet, és 19.február 2016-án színházilag kiadta. A kritikai fogadtatás nagyrészt pozitív volt, a film több mint 40 millió dollárt keresett 4 millió dolláros költségvetéssel szemben. Követő filmje, a horror fantázia a világítótorony (2019), szintén korabeli darab, kritikusan elismerték. Eggers rendezte a filmet, a forgatókönyvet pedig testvérével, Max Eggers-szel közösen írta.

2015 júliusában jelentették, hogy Eggers az 1922-es Nosferatu némafilm remake-jét fogja írni és rendezni, a Drakula-mitológia alapján. A film producere Jay Van Hoy és Lars Knudsen lesz a Studio 8 – ban. 2016 novemberében Eggers meglepetését fejezte ki, hogy a Nosferatu remake lesz a második filmje, mondván: “csúnya, istenkáromló, egomániás és undorító érzés, hogy egy filmrendező a helyemben a “Nosferatu” – t csinálja. Úgy terveztem, hogy várok egy kicsit, de így rázta meg a sors.”Eggers korábban a Nosferatu színdarab középiskolai előadását rendezte, és munkája miatt felkérték, hogy rendezze a darab professzionális változatát. Eggers ezt az eseményt írta jóvá, amely inspirálta őt a filmkészítés karrierjének folytatására. A filmet azóta felfüggesztették.

Eggers jelenleg egy “középkori epikus” filmet dolgoz ki The Northman címmel Nicole Kidman, BJ Evolution RK, Willem Dafoe, Anya Taylor-Joy, Alexander Skarsg, Ethan Hawke főszereplésével, valamint egy minisorozatot, amely Raszputyin életéről szól.