Lottot az első fordulóban (összesítésben a 8.) választották ki 1981 NFL Draft A San Francisco 49ers. A 6 méteres, 203 kilós kiemelkedő képesség szintjét azonnal felismerték, és az edzőtábor kezdetétől fogva a 49ers kezdő bal sarokhátvédjeként dolgozott. Újonc szezonjában 1981-ben hét interceptiont rögzített, segített a 49ers-nek a Super Bowl XVI megnyerésében, és az NFL történetében csak a második újonc lett, aki három interceptiont adott vissza touchdownért. Kiemelkedő játékának eredményeként a második helyen végzett az év újonca kitüntetések, mögött New York Giants linebacker Lawrence Taylor.

Lott 1985-ben váltott biztonsági helyzetbe. Az 1985-ös szezon után amputálták a bal rózsaszínű ujjának hegyét, amikor a futás közben összetörték Timmy Newsome, a csonttranszplantációs műtét pedig nem tette volna lehetővé az 1986-os szezon megkezdését. Egy sérülés 1986-ban a szezon utolsó két meccsén félreállította, de továbbra is a karrier legjobb 10 interceptionjével vezette a bajnokságot, miközben 77 szerelést, három kényszerű tapogatót és két hátvéd zsákot rögzített. A 49ers-nél töltött 10 év alatt Lott segített nekik nyolc divíziós címet és négy Super Bowlt nyerni: XVI (1981-es szezon), XIX (1984), XXIII (1988) és XXIV (1989). Egyike annak az öt játékosnak, akik mind az 1980-as évek Négy 49-es Super Bowl-győzelmén szerepeltek. A másik négy a hátvéd Joe Montana, linebacker Keena Turner, cornerback Eric Wrightés széles vevő Mike Wilson.

San Francisco-i karrierje után Lott szabadügynökként írt alá 1991-ben a Los Angeles Raiders, 1993-ban pedig a New York Jets. 1991-ben másodszor vezette a bajnokságot az interceptionsben (8). Lott szabad ügynöki megállapodást írt alá a Kansas City Chiefs 1995-ben, de az előszezonban megsérült. Visszatért a 49ershez 1995-ben, de az előző négy szezonban elszenvedett sérülések továbbra is sújtották, és a szezon kezdete előtt bejelentette visszavonulását. 2000-ben megválasztották a Pro Football Hall of Fame-be, a jogosultság első évében, és az NFL 75.évfordulójának csapatába is nevezték 1994-ben és a 100. évfordulójának csapatába 2019-ben.

az NFL 14 szezonjában Lott 8,5 zsákot és 63 interceptiont rögzített, amit 730 yardért és öt touchdownért adott vissza. Visszanyert 17 fumbles, vissza őket 43 Yard, és szerzett 113 yard kickoff visszatér. Lott 20 utószezoni meccsen is játszott, kilenc interceptiont, 89 tackle-t, egy forced fumble-t, egy fumble recovery-t és két touchdownt rögzített. Emellett nyolcszor All-Pro, hatszor all-NFC, egyszer All-AFC nevet kapott. A statisztikákon túl Lott-nak különös tudatossága volt a játék fejlődésével kapcsolatban, ami lehetővé tette számára, hogy szakítsa meg a passzokat, és hírnevet szerezzen, mint az egyik legnehezebb és leghatékonyabb nyílt terepi tacklers a liga történetében.