mivel a Saginaw-öböl sekélyebb és melegebb, mint a Huron-tó fő medencéje, halközössége is más. Mind a szabadidős, mind a kereskedelmi halászat a Saginaw-öbölben működik. A süllő és a sárga sügér az elsődleges sportfaj, míg a kereskedelmi halászat elsősorban a fehérhal-tavat és a sárga sügért célozza meg. A kereskedelmi halászat Michigan állam engedélyezett halászat, szemben a törzsi alapú halászattal, amely a Huron-tó más részein működik. A szabadidős halászat a 20.század utolsó felében vált hangsúlyosabbá. Ezt megelőzően az öböl halászata szinte teljes egészében kereskedelmi volt. A nagy tavak nagy részéhez hasonlóan a halászat a 20.század közepén összeomlott vagy súlyosan leromlott. Ezt elsősorban az élőhelyek degradációjának (gátépítés, part menti ívási területek ülepedése), a szennyezésnek, a kulturális eutrofizációnak és az invazív fajok hatásainak tulajdonították. Az akkoriban működő kereskedelmi halászat viszonylag intenzív kiaknázása valószínűleg felgyorsította a csökkenést, de nem hitték, hogy ez a fő ok, mivel a 17.század vége óta ott működtek.

a halászat újjáéledése a tiszta vízről szóló jogszabályok, például a tiszta vízről szóló törvény és a Nagy tavak tiszta víz Paktum elfogadása után kezdődött. A süllő halászat az 1980-as évek elején kezdett újjáéledni, amikor a Michigani Természeti Erőforrások Minisztériuma kezdeményezte a fingerling harisnya program. A sporthalászat hamarosan újraindult, de a süllő kereskedelmi halászata, amelyet hivatalosan 1970-ben bezártak, zárva maradt. A szabadidős halászat betakarítása átlagosan 80 000 süllő volt évente 1986 – tól 2002-ig, de keltetőtől függött, a betakarítás 80% – a keltető hal volt. A Huron-tóban 2003-ban mélyreható élelmiszer-váltás történt, az invazív Alewife szinte eltűnésével. Az Alewives a Saginaw-öböl partközeli vizeit használta ívási és óvodai területként, és félelmetes ragadozó és versenyző volt az újonnan kikelt percid (süllő és sárga sügér) sütésnél. Alewives hiányában a süllő és a sárga sügér reprodukciós sikere jelentősen megnőtt. A Michigani Természeti Erőforrások Minisztériuma 2006-ban megszüntette az állományt, a süllő helyreállítási céljait pedig hivatalosan 2009-ben teljesítették. A szabadidős betakarítás azóta évente körülbelül 150 000-től évi 350 000-ig terjed. A Michigan Department of Natural Resources liberalizálta a süllő szabadidős betakarítását (magasabb napi birtoklási határ és alacsonyabb minimális hosszhatár) 2015-ben. Bár a sárga sügér is profitált az alewives hiányából, nagyobb reprodukciós sikerrel, a felnőttek száma csökkent és depressziós maradt. Ennek oka az első életévük magas halálozási aránya, amelyről úgy gondolják, hogy a süllő és más ragadozók ragadozása.

a Saginaw-öböl egyéb történelmileg fontos fajai közé tartozik a tokhal-tó és a cisco (hering-tó). A 20.század közepéig a Saginaw-öböl hatalmas cisco kereskedelmi halászatot támogatott. A tó nagy részén hanyatlásnak indultak, és a Saginaw-öbölben sem épültek fel. 2017-ben indult a Cisco fingerling stocking program, amelynek célja az öböl tenyészállományának helyreállítása, az Egyesült Államok hal-és Vadvédelmi szolgálata, a Michigani Természeti Erőforrások Minisztériuma és a Nagy Tavak halászati Bizottságának más partnerügynökségei közös gyakorlata. A tokhal-tó, amely főleg folyókban ívik, szintén a Michigan Természeti Erőforrások Minisztériuma által vezetett újratelepítési erőfeszítések tárgyát képezik, ültetésekkel a Saginaw folyórendszer.