Baker első nagyjátékfilmje a Four Letter Words volt, egy film, amely az amerikai fiatal férfiak kinézete, nézetei, attitűdjei és nyelvezete körül forog. Baker írta, rendezte és szerkesztette a filmet. Baker ezután elkészítette a Take Out-ot, amelyet Shih-Ching Tsou-val közösen írt, rendezett, szerkesztett és koprodukcióban készített. A film egy illegális kínai bevándorló körül forog, aki lemarad a csempészési adósság kifizetéséről, csak egy napot hagyva neki, hogy előálljon a pénzzel. A film volt a világpremierje a Slamdance Filmfesztiválon január 18, 2004, de nem kapott korlátozott kiadás június 6-ig, 2008. Baker harmadik játékfilm, Prince of Broadway, premierje a Los Angeles-i Filmfesztiválon június 22, 2008. A film egy New York-i utcai szélhámost követ, aki abból él, hogy névmárkás utánzatokat készít, és felfedezi, hogy van egy fia. Baker rendezte, írta, koprodukcióban, lövés és szerkesztette a film, amely adott egy korlátozott kiadás szeptember 3-án, 2010. A Take Out-ot és a Prince of Broadway-t 2008-ban jelölték a független szellem John Cassavetes-díjra.Baker negyedik filmjét, a Starlet-et Chris Bergoch-csal közösen írták, Dree Hemingway és Besedka Johnson főszereplésével. A Starlet a 21 éves Jane (Hemingway) és a 85 éves Sadie (Johnson), két nő közötti valószínűtlen barátságot tárja fel, akiknek az élete a kaliforniai San Fernando-völgyben keresztezi egymást. A film volt a világpremierje SXSW Március 11-én, 2012-ben, és kapott egy korlátozott kiadás November 9-én, 2012. Főleg pozitív értékelésekre nyitott, és 88% – os minősítést kapott a Rotten Tomatoes-on.Baker ötödik filmje, a Tangerine egy transznemű szexmunkást követ, aki rájön, hogy a pasija és a strici megcsalja. A filmet három iPhone 5S okostelefonnal forgatták, és dicséretet kapott az úttörő filmkészítési technikáiért. A dal producere Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylor, Karren Karagulian, Mickey O ‘ Hagan és James Ransone, producere Mark Duplass és Jay Duplass volt. Baker ismét együtt írta a forgatókönyvet Bergoch-szal; ő is társproducer, co-shot, és szerkesztette a filmet. Ez volt a világpremierje a 2015-ös Sundance Filmfesztiválon január 23-án, 2015-ben, és kapott egy korlátozott kiadás július 10-én, 2015. Rendkívül pozitív kritikákat kapott, és jelenleg 97% – os minősítést kapott a Rotten Tomatoes-on.

Baker hatodik filmje, a Florida Project, a 2017-es Cannes-i Filmfesztivál igazgatói kéthetes részében mutatkozott be, és az A24 október 6-án, 2017-ben jelent meg az Egyesült Államokban. Baker ismét maga szerkesztette a filmet, és gyakori munkatársával, Chris Bergoch-csal közösen írta a forgatókönyvet. A történet egy 6 éves kislányt követ, aki egy motelben él lázadó anyjával nagy-Orlandóban, miközben megpróbálnak távol maradni a bajtól és megélni. A filmet dicsérték teljesítményéért (különösen Willem Dafoe moteligazgatóként) és Baker rendezéséért, és mind a National Board of Review, mind az American Film Institute az év 10 legjobb filmje közé választotta. Dafoe elnyerte a legjobb férfi mellékszereplő jelölést az Oscar -, Golden Globe-és BAFTA-díjakon.

2020 novemberében bejelentették, hogy Baker hetedik játékfilmjének gyártása majdnem befejeződött. A Red Rocket főszereplője Simon Rex lesz, és Texasban játszódik. Baker rendezte, társszerzője és társproducere volt a filmnek, többek között Bergoch és Tsou csapatával. A forgatásra titokban került sor a COVID-19 járvány közepette, de betartották az “ipari szabványú biztonsági protokollokat”. A telek részleteit továbbra is titokban tartják.Baker a Greg The Bunny című sitcom egyik eredeti alkotója, Seth Green és Eugene Levy főszereplésével. A műsor Baker által rendezett és írt rövid szakaszok sorozatán alapul, amelyeket a független Filmcsatornán sugároztak, és amelyek viszont a Junktape nevű nyilvános televíziós műsoron alapultak. 2010-ben Baker, Spencer Chinoy és Dan Milano készítettek egy spinoffot Warren the Ape címmel; a sorozatot az MTV sugározta, és egy évad után törölték.