a Swan-szigeteket Kolumbusz Kristóf fedezte fel 1502-ben, és az Islas De Las Pozas nevet kapta. A 18. században Swan-szigeteknek nevezték át őket, Swan Kapitány, A Cygnet kapitánya után, akit a kalózok elfogtak és kénytelenek voltak csatlakozni hozzájuk.

Az amerikai vállalkozók először az 1840-es években kezdték el exportálni a guanót műtrágyaként.az amerikai tulajdonú, New York-i székhelyű “Atlantic and Pacific Guano Company”-t az 1840-es években hozták létre, és a Swan-szigeteken gyűjtött guano alapján kezdték el exportálni a műtrágyát. 1856-ban az Egyesült Államok nyilvánvalóan igényt tartott a szigetekre. 1857 áprilisában John Valentine White igényt tartott a szigetekre a Guano-szigetekről szóló törvény alapján; később abban az évben minden érdekeltségét átruházta ezekre a szigetekre Charles Sterns, Joseph W. Fabensés Duff Green. Messers Sterns, Fabens és Green egyesítette az Atlanti és csendes-óceáni Guano Company-t, amely 50 000 részvényt bocsátott ki egyenként 100 dollár áron, összesen 5 000 000 dollár kapitalizációval 1858-ban. A cég még kibocsátott valuta által aláírt William H. Whitfield, a 25-cent, 50-cent, egy dollár címletű június 1, 1867, hogy megkönnyítse a kereskedelmet a szigeteken.

ezt követően egy vegyipari vállalat megvásárolta a szigeteket, de fizetésképtelenné vált. Alonzo Adams kapitány 1893-ban hajózott oda, és birtokba vette a szigeteket; 1904-ben a Swan Island Commercial Company tulajdonát adta. Ez a cég bérbe adta a Great Swan Island egy részét a United Fruit Company-nak, amely kókuszpálmákat termesztett, és vezeték nélküli rádiós reléállomást hozott létre A Karibi flotta kiszolgálására, de végül felhagyott a bérleti szerződéssel. A Swan Island kereskedelmi társaság hurrikánfigyelési adatokat szolgáltatott 1928 – tól 1932-ig. Az Egyesült Államok időjárási irodája hurrikán meteorológiai állomást vezetett be nagy hattyú 1938-tól kezdve, de csak a hurrikán évszakaiban foglalkoztatta.

a második világháború alatt mind az amerikai haditengerészet, mind az amerikai meteorológiai Iroda személyzetet állomásozott a szigeten. Az 1940-es évek végén 1949-ig a Swan Island a Egyesült Államok Mezőgazdasági Minisztériuma állati karantén állomás marhahús behozatalára. 1914-ben az Országos Meteorológiai Szolgálat (NWS), majd később a Szövetségi Repülési ügynökség (FAA) meteorológiai és kommunikációs eszközöket hozott létre a Swan-on, hogy támogassa a légiforgalmi szolgálatokat és a hurrikán-előrejelzési tevékenységeket. Az FAA az 1960-as években távozott a Swan-szigetről, így az NWS minden eszközét és felelősségét meghagyta.

Honduras 1923-tól állította ezeket a szigeteket, azt állítva, hogy mivel Kolumbusz felfedezte a szigeteket, miközben Spanyolországba hajózott, a legközelebbi spanyol ajkú ország tulajdonában kell lenniük. Mind az Egyesült Államok, mind Honduras igényt tartott a Swan-szigetekre, amíg az Egyesült Államok el nem hagyta követelését a Guano-szigetekről szóló törvény alapján. A szerződést november 22-én írták alá, 1971, egyértelmű cím Honduras hatályba lépett szeptember 1, 1972. A sziget tulajdonjoga régóta vitatott. A Sumner Smith család mindig is fenntartotta tulajdonjogát, látszólag, volt némi állása az U-ban.S. bíróságok. Ennek ellenére az amerikai kormány úgy döntött, hogy ennek ellenére felhagy állításával (ref. D S Platt, et al., NOAA-NWS). A szigetek az 1960-as évek elején hírnevet szereztek a Radio Swan tevékenységéből, amely 1960 májusában kezdte meg a sugárzást a Sertés-öböl Kubai inváziójának előkészítése, majd később lebonyolítása során. Az állomást az 1960-as évek végén eltávolították a szigetekről, fő adóját ezután áthelyezték a vietnami háború.

1965-ben a texasi Bellaire-ben a rendőrség kihallgatott egy volt Bellaire-i középiskolás diákot az “elnyomott országok” felszabadításának szentelt tizenéves “hadseregben” betöltött szerepéről, a Houston Chronicle számolt be. A Kononiers nevű csoport körülbelül öt éve létezett – mondta a diák az újságnak -, és a Deep River Armory áruház betörésein keresztül felfegyverkeztek. A fegyvereket az Addicks víztározó területére vitték,ahol harcra képeztek. A fiatalok a Honduras melletti “felszabadító hattyú-sziget műveletre” készültek.1987-ben a Los Angeles Times arról számolt be, hogy a CIA-nak és más amerikai kormányzati szerveknek volt egy titkos kiképző létesítményük a Swan-szigeten A Nicaraguai Kontráknak. 1989-ben Honduras elnöke, Rafael Leonardo Callejas védett vadvédelmi menedéknek nyilvánította a szigetet.

1998 októberében a Mitch hurrikán 290 km/h (180 mph) széllel haladt át a területen.

2001-ben a floridai Brooksville-I Swan Island Development, LLC bejelentette a Swan-szigetek 2010-ig történő fejlesztését, a hondurasi kormánnyal együttműködve. Ötmilliárd dollár értékű luxus ingatlanokat és szállodákat képzeltek el, amelynek fővárosa Cygnet volt. 2004-ben a Swan Island Development bejelentette egy emberi őssejtkutató központ létrehozásának tervét is. 2021-től egyik sem történt meg.