1999-ben Gabriel Logan és társa, Lian Xing egy sor biológiai kitörést vizsgál, amelyet Erich Rhoemer nemzetközi terrorista váltott ki. Amikor Ellis ügynök egy Costa Rica-i küldetés során elveszíti a kapcsolatot, a szigorúan titkos ügynökség elküldi Gabe – t és Lian-t, hogy találják meg. Rájönnek, hogy Ellis meghalt, Rhoemer feltételezett drogművelete pedig a vírusműtét fedezete. Egy másik Nepáli járvány további kérdéseket vet fel, amikor egy fertőzött személy, akinek el kellett volna halnia, valahogy túlélte.mielőtt az Ügynökség üldözni tudná Rhoemert, megtámadja Washingtont, és azzal fenyeget, hogy felrobbantja a vírusbombákat, amelyek szétszóródtak a városban. Gabe számos terroristával harcol, köztük Mara Aramovval, miközben követi a bombák nyomát a város utcáin, a metrókon, a Washington parkban és végül a Freedom Memorialban, ahol el kell égetnie Anton Girdeux lőszerszakértőt, hogy megállítsa a végső fenyegetést. Gabe nyomozása a Pharcom-tól, egy multinacionális gyógyszeripari és biotechnológiai vállalattól vezet, amelyet Jonathan Phagan vezet. A Costa Rica-i ültetvényen PharCom vegyületeket termesztettek, Vagyis Phagan és Rhoemer együttműködtek. A PharCom Exposition Centre-ben Gabe phagannal találkozik Aramovval és Edward Bentonnal, egy látszólagos ügynökségi köpönyeggel, aki segített Rhoemernek a washingtoni támadás során.

miután Gabe kiküszöböli Bentont, megmenti Phagant a merénylettől, hogy elmeneküljön. Mara Aramov, most őrizetben, megpróbálta megtalálni a PharCom víruslaborjait. Gabe – nek félre kell tennie Phagan vadászatát, hogy elpusztítsa Rhoemer Kazahsztáni bázisát. Megbízása során Rhoemer látszólag megöli Lian – t, de Thomas Markinson ügynökségi igazgató megmenti Gabe-t. Markinson jelentést ad Gabe – nek a Szifonszűrő nevű vírusról, egy biofegyver, amelyet genetikai szinten lehet programozni, hogy meghatározott embercsoportokat célozzon meg. Markinson megparancsolja Gabe-nek, hogy szivárogjon be Rhoemer erődjébe Ukrajnában, hogy oltást adjon be a tesztalanyoknak, és keresse meg Phagant, aki most Rhoemer foglya. A katakombákban Phagan elmondja Gabe-nek, hogy Lian életben van, és újra találkoznak. Lian megfertőződött Szifonszűrővel, és azt mondja, nincs univerzális gyógymód.Mara Aramov megérkezik, hogy lelövi Phagant, de meggyőzi Gabe-t és Lian-t, hogy segíteni jött. Hárman a PharCom raktáraiba utaznak abban a reményben, hogy megakadályozzák Rhoemer rakétaindítását. Lian elárulja, hogy a szérum, amelyet Gabe injektált a tesztalanyokba, valóban halálos vegyi anyag volt, Markinson pedig megölte őket. A Rhoemer terroristái és Phagan biztonsági emberei közötti harc segítségével Gabe leereszkedik egy Silóba, és megkeresi a rakéta robbantási kódjait.

megtalálja Markinsont, aki elismeri, hogy az Ügynökség valójában összejátszott Fekete Stafétabottal. Rhoemer Markinsonnak dolgozott, mivel utóbbi azt akarta, hogy a vírus az Ügynökség birtokában legyen. Soha nem engedte meg a rakétatámadást, de mielőtt megállíthatta volna, Rhoemer fejlövéssel megöli Markinsont. Gabe – nek időben el kell érnie a rakéta irányító központját, és el kell pusztítania. Feldühödve Rhoemer Utolsó harcba vonja Gabe-t, de egy gázgránáttal megölik.küldetésük befejeződött, Gabe és Lian behívják az amerikai hadsereg vegyi és biológiai védelmi parancsnokságát (CBDC), hogy biztosítsák a területet. Nem tudják, hogy Markinson mennyire működött együtt Rhoemerrel és Phagan – nal, de Gabe úgy véli, hogy talán soha nem tudják meg. A kredit utáni jelenetben Aramov megközelít egy titokzatos férfit az Ügynökség központjában, és suttog valamit a fülébe. Gratulál neki, miközben a kamera visszahúzódik, hogy megmutassa a pharcom dobozokat az irodában.