A Times Square templomot David Wilkerson alapította 1987-ben. Abban az időben a Times Square Az X-kategóriás filmek, a sztriptíz klubok, a prostitúció és a kábítószer-függőség központja volt. Wilkerson megnyitotta az egyházat válaszul arra, amit “a fizikailag nyomorgó és lelkileg halott embereknek” nevezett, akiket a környéken lakó stricik, szökevények és crack-kereskedők között látott. A Times Square templom röviden a Városházán tartotta istentiszteleteit Manhattan 43.utcájában, majd a Nederlander Színházban, a 41. utcában.

1989-ben a templomot bérbe adták az egykori Mark Hellinger Színháznak. 1991-ben 17 millió dollárért vásárolta meg a színházat. Wilkerson az egyházat evangélikus pünkösdi egyházként jellemezte, amelyet három lelkész vezetett: David Wilkerson, testvére, Donald Wilkerson és Robert Phillips. A színház továbbra is a templom jelenlegi helye az 51.utcában.

2001-ben David Wilkerson alapító lelkész a vezető lelkipásztort Carter Conlonra bízta, aki korábban kelet-kanadai evangélikus lelkész volt, és 1994-2001 között a Times Square Church társult lelkésze volt. Vannak olyan látogató lelkészek és misszionáriusok is, akik a világ minden tájáról jönnek prédikálni. Az egyház hangsúlyt fektet az imára, sőt “imádkozik a prédikáló szolgálat során”. Vannak középiskolai és fiatal felnőtt programok is, amelyek Isten Igéjében tanítják az igazságot és a szeretetet.

2007-től 2009-ig az egyház imádság a téren elnevezésű rendezvényt szervezett, amely a Times Square-en zajlott.

5.május 2020-én Tim Dilena vezető lelkész lett, a harmadik az egyház alapítása óta. Egész életében kapcsolatban állt David Wilkerson alapító lelkésszel, és sok éven át rendszeresen prédikált a templomban.