1868-ban Edo középkori városát, a Tokugawa kormány székhelyét Tokiónak nevezték át, és megnyitották a Tokió prefektúra (- fu) irodáit. A Tokiói prefektúra kiterjedése kezdetben az előbbire korlátozódott Edo város, de gyorsan bővült, hogy összehasonlítható legyen a jelenlegi Tokiói Metropolisszal. 1878-ban a Meidzsi-kormány átszervezte a helyi önkormányzatokat a prefektúrákat megyékre vagy kerületekre osztotta (gun, tovább osztva városokra és falvakra, később a porosz körzetekhez hasonlóan átszervezték) és körzetekre vagy egyházközségekre (ku), amelyek a szokásos prefektúrák városaiban voltak, például a mai Hirosima város (- shi) akkor Hirosima-ku volt; a három nagyobb város, Tokió, Oszaka és Kiotó mindegyike több ilyen egyházközségre oszlott. Tokió prefektúrában ez 15 egyházközséget (alább felsorolva) és hat megyét/kerületet hozott létre.

1888 – ban a központi kormány létrehozta a jelenlegi jogi keretet városok rendszere (shi), amely néhány alapvető helyi autonómiát biztosított jogok-némi hasonlósággal Poroszország Helyi önkormányzati rendszerével Meiji kormányzati tanácsadó Albert Mosse erősen befolyásolta a helyi önkormányzatok szervezését. De egy különleges birodalmi szabályozás szerint Tokió város, mint Kiotó város és Oszaka város, kezdetben nem tartott fenn külön polgármestert; ehelyett a (kinevezett) Tokió prefektúra kormányzója volt Tokió város polgármestere. A Tokiói városi tanácsot / Közgyűlést (t!!!!!) először 1889 májusában választották meg. Minden egyházközség megtartotta saját gyűlését is. A város és a prefektúra 1898-ban különvált. a kormány 1898-ban kezdte el kinevezni Tokió városának külön polgármesterét, de megtartotta az egyházközségi szintű jogszabályokat, amelyek a mai napig folytatódnak a különleges egyházközségi rendszerben. 1926-tól a polgármestert a megválasztott városi tanács/közgyűlés választotta meg saját soraiból. A Tokiói városháza a Y Enterprakuch körzetben volt, egy olyan helyszínen, amelyet most a Tokiói nemzetközi fórum.

Tokió a világ második legnagyobb városa lett (4,9 millió lakos), miután 1932 júliusában több külső kerületet elnyelt, így a város összesen 35 kórtermet kapott.

1943-ban a várost megszüntették és egyesítették Tokió prefektúrával, hogy megalakítsák a Tokiói Fővárosi kormányt, amely funkcionálisan a japán központi kormány része volt: Tokió kormányzója kabinetminiszter lett, aki közvetlenül a miniszterelnöknek jelentett. Ez a rendszer 1947-ig maradt érvényben, amikor megalakult a Tokiói Fővárosi kormány jelenlegi struktúrája.