A Zanamivirt először 1989-ben készítették Peter Colman és Joseph Varghese vezetésével az Ausztrál CSIRO-ban, a viktoriánus gyógyszerészeti Főiskolával és a Monash Egyetemmel együttműködve. A zanamivir volt az első a neuraminidáz inhibitorok közül. A felfedezést eredetileg az Ausztrál Biota biotechnológiai vállalat finanszírozta, és része volt a Biota folyamatban lévő programjának, amely antivirális szereket fejlesztett ki racionális gyógyszertervezéssel. Stratégiája az influenza neuraminidáz szerkezetének rendelkezésre állására támaszkodott Röntgenkristályográfiával. 1974-ben is ismert volt, hogy a 2-dezoxi-2,3-didehidro-N-acetilneuraminsav (DANA), egy sziálsav analóg, a neuraminidáz inhibitora.

számítási kémiai technikákat alkalmaztak az enzim aktív helyének vizsgálatára, megkísérelve megtervezni a Dana származékait, amelyek szorosan kötődnek a katalitikus hely aminosavmaradékaihoz, így az enzim erős és specifikus inhibitorai lehetnek. A molekuláris felfedezéssel létrehozott GRID szoftvert arra használták, hogy meghatározzák a katalitikus hely kanyonjában található különböző funkcionális csoportok és maradékok közötti energetikailag kedvező kölcsönhatásokat. Ez a vizsgálat azt mutatta, hogy a neuraminidáz aktív helyén negatív töltésű zóna fordul elő, amely igazodik a DANA C4 hidroxilcsoportjához. Ezt a hidroxilt ezért pozitív töltésű aminocsoport helyettesíti; a 4-amino DANA inhibitorként 100-szor jobbnak bizonyult, mint a DANA, mivel az aktív helyen konzervált glutaminsavval (119) sóhíd képződött. Azt is észrevették, hogy a Glu 119 egy konzervált zseb alján található az aktív helyen, amely éppen elég nagy ahhoz, hogy befogadja a nagyobb, de bázikusabb guanidin funkcionális csoportot. Ennek eredménye a zanamivir, a neuraminidáz átmeneti állapotú analóg inhibitora.

mivel a Biota egy kis cég volt, nem rendelkezett erőforrásokkal ahhoz, hogy a zanamivir önmagában piacra kerüljön. 1990-ben a zanamivir szabadalmi jogokat a Glaxo, ma GlaxoSmithKline (GSK) engedélyezte. A licencszerződés jogosult Biota kap egy 7% jogdíj Glaxo értékesítése zanamivir.

1999-ben a terméket az Egyesült Államokban és Európában forgalomba hozták az influenza A és B kezelésére. az FDA tanácsadó bizottsága 13-4 szavazattal javasolta, hogy ne hagyják jóvá, mert nem volt hatékony, és nem volt hatékonyabb, mint a placebo, amikor a betegek más gyógyszereket, például paracetamolt szedtek. Az FDA vezetése azonban felülbírálta a Bizottságot, és bírálta annak bírálóját, Michael Elashoff biostatisztikust. Az oszeltamivir felülvizsgálatát, amely abban az időben szintén jóváhagyási folyamatban volt, elvették tőle, és valaki másnak adták át. 2006-ban a zanamivirt az Egyesült Államokban és Európában engedélyezték az influenza A és B megelőzésére.

bár a zanamivir volt az első neuraminidáz inhibitor a piacon, csak néhány hónapos előnnyel rendelkezett a második belépővel, az oseltamivirrel (Tamiflu) szemben, orális kapszula formulával.

amikor 1999/2000-ben először forgalmazták az Egyesült Államokban, a zanamivir a hatalmas promóciós kampány ellenére az influenza vírusellenes piacának csak 25% – át foglalta el. A szezon végére Tamiflu 3:1-re felülmúlta zanamivirt. Ebben a szezonban a zanamivir a bronchospasmus és a halál kockázatával járó világméretű biztonsági figyelmeztetéseket kapott. A Glaxo ezután csökkentette a zanamivir forgalmazását, és a Tamiflu dominanciája nőtt. A Glaxo által az első amerikai szezonban eladott több mint 20 millió USD értékű zanamivirt a következő két szezonban visszaküldték a társaságnak, mert a betegek számára történő értékesítése a vártnál jóval kevesebb volt.

a Biota 2004-ben kezdte meg a bírósági eljárást, azt állítva, hogy a Glaxo csökkentette a zanamivir forgalmazását szerződésszegésnek. Biota körülbelül 700 millió dollárt követelt a Glaxótól. Miután a Biota négy évet töltött az ügy előrehaladásával és 50 millió dolláros jogi költséggel, a társaság 2008 júliusában felhagyott a követeléssel, és csak 20 millió dollárt térített vissza, beleértve a jogi költségeket a közvetítés során történő elszámolás után. Biota elutasította a Glaxo korábbi taktikai ajánlatát, amely 75 millió dollár plusz jogi költségeket tartalmazott.

2006 augusztusában Németország bejelentette, hogy 1,7 millió adag zanamivirt vásárol a madárinfluenza elleni felkészülési stratégia részeként. “Németország vásárlása azt mutatja, hogy az országok kiegyensúlyozott képet mutatnak az influenza felkészültségéről”-mondta Simon Tucker, a Melbourne-i székhelyű Biota kutatási vezetője, ahol a zanamivirt eredetileg kifejlesztették.

2009 áprilisában számos sertésinfluenza (H1N1 típusú vírus) esetet jelentettek az Egyesült Államokban és Mexikóban. A Zanamivir a kezelésére felírt két gyógyszer egyike. Egy 2009 júniusában közzétett tanulmány hangsúlyozta az oszeltamivir-készletek további vírusellenes szerekkel történő növelésének sürgős szükségességét, beleértve a zanamivirt is, ezen gyógyszerek teljesítményének értékelése alapján abban a forgatókönyvben, hogy a 2009-es H1N1 sertésinfluenza neuraminidáz (NA) megszerzi a Tamiflu-rezisztencia (His274Tyr) mutáció, amely jelenleg az összes vizsgált szezonális H1N1 törzs 99,6% – ában elterjedt.

2011 januárjában a GSK bejelentette, hogy megkezdi az intravénás zanamivir III. fázisú kísérleteit egy olyan tanulmányban, amely az északi és a déli félteke 20 országát öleli fel.