スワン諸島は1502年にクリストファー-コロンブスによって発見され、islas de las pozasと命名されました。 18世紀には、彼らは海賊が捕獲し、それらに参加することを余儀なくされたシグネットの船長スワン船長にちなんで、スワン諸島と改名されました。

アメリカの起業家が最初に肥料としてグアノの輸出を開始したのは1840年代であり、アメリカが所有するニューヨーク市に本社を置く”Atlantic and Pacific Guano Company”は1840年代に設立され、スワン諸島で採取されたグアノをベースに肥料の輸出を開始した。 1856年、アメリカ合衆国は明らかに島を主張した。 1857年4月、ジョン・バレンタイン・ホワイトはグアノ諸島法によってこの島を主張し、その年の後半にチャールズ・スターンズ、ジョセフ・W・ファベンス、ダフ・グリーンにこれらの島の全ての権益を譲渡した。 メッサーズ・スターンズ、ファベンス、グリーンはアトランティック・アンド・パシフィック・グアノ・カンパニーを設立し、1858年に総額5,000,000ドルでそれぞれ100ドルの価格で50,000株を発行した。 1867年6月1日、ウィリアム・H・ホイットフィールドが署名した通貨を25セント、50セント、1ドル単位で発行し、島での商業を促進した。

その後、化学会社が島を買収したが、支払不能になった。 アロンゾ・アダムズ船長は1893年にそこを航海し、島の所有権を取得し、1904年にはスワン島商業会社に所有権を割り当てた。 この会社はグレートスワン島の一部をユナイテッド-フルーツ-カンパニーにリースし、ココナッツ-パームズを栽培し、カリブ海艦隊にサービスを提供するための無線無線中継局を設置したが、最終的にリースを放棄した。 スワン島商業会社は1928年から1932年までハリケーンの監視データを提供した。 アメリカ合衆国気象局は1938年以降グレートスワンにハリケーン気象観測所を設置したが、ハリケーンの季節にのみ人員を配置した。

第二次世界大戦中、米海軍と米気象局の両方が島に人員を駐留させました。 1940年代後半から1949年まで、スワン島は牛肉の輸入のための米国農務省動物検疫所となった。 1914年、現在の国立気象局（NWS）と、後に連邦航空局（FAA）は、航空サービスとハリケーン予測活動を支援するためにSwanに気象および通信資産を設定しました。 FAAは1960年代にスワン島を出発し、NWSにすべての資産と責任を残しました。

ホンジュラスは1923年からこれらの島を主張し、コロンブスがスペインに向かって航海している間に島を発見したので、最も近いスペイン語圏の国が所有すべきであると主張した。 アメリカ合衆国とホンジュラスは、グアノ諸島法の下でアメリカ合衆国がその主張を取り下げるまでスワン諸島を主張した。 1971年11月22日に条約が調印され、1972年9月1日にホンジュラスの明確な称号が発効した。 島の所有権は長い間論争されていた。 サムナー-スミス家は常に彼らの所有権を維持しており、明らかに、Uにいくつかの地位を持っていました。S.courts. それにもかかわらず、アメリカ政府はこの立場にもかかわらずその主張を放棄することを選んだ（ref. D S Platt,et al.、NOAA-NWS）。 1960年代初頭、キューバのピッグス湾侵攻の準備中に1960年5月に放送を開始したラジオスワンの活動から、島は悪名を得た。 この駅は1960年代後半に島から撤去され、主な送信機はベトナム戦争で使用するために移された。

1965年、テキサス州ベレールで、警察は”抑圧された国”を解放するために捧げ十代の”軍隊”での彼の役割について元ベレール高校の学生に疑問を呈した、”ヒューストン-クロニクルは報告した。 Kononiersと呼ばれるグループは、約5年間存在していた、学生は新聞に語り、Deep River Armory storeの一連の強盗によって武装していた。 武器はアディックス貯水池エリアに運ばれ、そこで戦闘のために訓練されました。 若者たちはホンジュラス沖の”解放スワン島作戦”のための訓練を受けていた。

1987年、ロサンゼルス-タイムズ紙は、Ciaや他のアメリカ政府機関がニカラグアのコントラスのためにスワン島に秘密の訓練施設を持っていたと報じた。 1989年、ホンジュラス大統領ラファエル・レオナルド・カレハスはこの島を野生生物保護区と宣言した。

1998年、ハリケーン-ミッチは290km/h（180mph）の風でこの地域を移動した。

2001年、フロリダ州ブルックスビルのSwan Island Development,LLCは、ホンジュラス政府と協力して、2010年までにSwan Islandsを開発する計画を発表しました。 50億ドルの価値がある高級不動産とホテルが構想され、シグネットという主要都市が建設された。 2004年には、スワン島開発はまた、ヒト幹細胞研究センターを設立する計画を発表しました。 2021年現在、いずれも発生していない。