1885年、彼の企業が崩壊した後、35歳のレイエスは1885年の内戦で戦うために軍隊に加わり、彼の勇気と戦争のスキルのために、彼はすぐに将軍に昇進した。 戦争の真っ只中に、ラファエル・ヌニェス大統領は、コロンビアの領土の一部としてパナマを征服するための主要な作戦の責任を彼に与えました。 ミゲル-モントーヤだが実際の指揮官はレイエスだった ブエナベンチュラからパナマへの海上作戦が開始され、レイエスは艦隊の船の不足を補うために古いポンツーンを腐食から回収し、軍隊を動かすことができなければならなかった。 遠征隊がパナマに到着したとき、彼らは市民と軍事の権限を再確立し、数日後にすべての米国軍の存在は地峡を去った。 パナマの反乱軍アズプリアが降伏した後、レイエスはハイチのアントワーヌ-ペトリチェリとジャマイカのジョージ-デイヴィス（”Cocobolo”とも呼ばれる）が処刑され、両者はパナマシティのコロンの大火の責任を負った。

ペドロ-プレスタンは18日、ペドロ-ネルオスピナ率いる戦争評議会の三ヶ月後に絞首刑に処されたが、すべての責任はレイエスに落ちた。 一方、ラファエル・ヌニェス大統領は、州内にしっかりとした中央集権的な組織を設立することに取り組んでいました。

急進的な自由主義者の敗北と新しい中央集権憲法を求める保守党による権力の上昇により、1863年憲法は廃止され、ラファエル-ヌニェス大統領が1886年憲法に導かれた。 11月11日、国民制憲議会が設立された1885年、レイエスは議席を得たが、ミゲル-アントニオ-カロが彼の動きのほとんどに反対したため、マグナ-カルタへの参加は何らかの形で不幸だった。

1887年、政府はレイエスにヨーロッパで”秘密の仕事”を与えた：いくつかの信用と融資を得るために、しかし、彼のリターンで、ヌニェスは彼に開発大臣を指名した。 1888年、彼は個人的な活動に戻り、近くのトカイマのアンドラ牧場を購入し、そこで農業は彼の以前に失われた富を取り戻しました。 1890年には上院議員に選出され、1892年にはコロンビア副大統領に立候補したが、世論調査で落選した。 5年後、1895年の内戦に参加し、その年の後半には、憲法制定会議の時代に戻った彼らの間の古い敵意にもかかわらず、ミゲル-アントニオ-カロ大統領によって政府大臣に指名された。

1896年、レイエスが大統領候補になる可能性があった時代、カロは彼をコロンビア大使としてパリに派遣することを決め、1898年の大統領選挙で大統領選から遠ざけ、また千日戦争への関与を妨害した。

1902年以来、レイエスは1904年の大統領選挙のためにすべてを手配し、設定しながら、メキシコに住んでいました。

1904年、ホセ-マヌエル-マロキン大統領は、パナマとの戦いと勝利のために十万人のボランティアの軍隊を結集する任務を与えた。 この任務にはペドロ-ネル-オスピナ、ルーカス-カバレロ、ホルヘ-ホルギンの三人の将軍が同行していた。

ボゴタに到着した情報のために、太平洋とカリブ海における新しい米国戦艦の動きと配置に関するコロンビアのアプローチは、より外交的な方法に; コロンビア軍はコロンに足を踏み入れることを許可したジョン-M-ヘイ国務長官のおかげで下船することができましたが、地峡の譲渡を交渉する仮政府委員会の一員になることは許されませんでした。彼らはワシントンに別れた。

ワシントンでは、パナマとのヘイ-バヌ-バリラ条約が締結されたことを知った後、レイエスは外交委員会を解散し、米国との軍事対立に従事する努力をあきらめた。

December22。 米国との武力衝突のいずれかのタイプは避けなければならない、パナマの領土を占有しないでください。 パナマに集まり、40の戦争の蒸気。 戦争の差し迫ったリスク、メデリン、ボゴタ…ひどい状況。

レイエスの軍隊は、将軍の命令がパナマで行進するのを待っていました。

パナマ州は、ホセ-マヌエル-マロキン大統領の政権下の1903年11月3日にコロンビアから脱退した。 パナマ軍は、アメリカ合衆国からの軍事顧問と軍隊によって支援され、彼らの独立を宣言していました。 この行動はセオドア・ルーズベルト大統領によって支持され、ルーズベルト大統領はこの戦略的地域に海洋間運河を建設することに関心を表明した。 コロンビアとアメリカ合衆国の間には、1903年1月12日に締結されたヘイ＝ヘラン条約があり、これによってアメリカ合衆国は運河の建設に資金を供給し、監督した。

1904年の大統領選挙では、自由主義者の候補者がいなかったが、レイエスは別の保守党のホアキン・フェルナンド・ベレス将軍と対戦し、後に僅差で勝利した。