独房に閉じ込められた後、トーマスは最終的にWICKED(World In Catastrophy Killzone Experiment Department)のアシスタントディレクターであるJanson(“Rat Man”の愛称)によって解放されます。 JansonはGladers（グループA）とグループBに、その数のほとんどがフレアに免疫があることを伝えますが、彼が読んだ名前のいくつかは、イモリを含めて免疫がない。 Gladersは、彼らの頭の中でマインドコントロールチップを削除し、彼らの記憶を復元する機会を提供されていますが、テレサとアリスとテレパシー通信するト 唯一のトーマス、ミンホ、そしてイモリは、彼らが邪悪な信頼していないように、手術を受けないことを選択し、トーマスは、彼が迷路を作成して行く助けたとき、彼が誰であったかを知りたくありません。 彼らのチップが削除される前に、それらのすべての三人はブレンダとホルヘの助けを借りて邪悪から脱出します。

ブレンダとホルヘはWICKEDのために働いていることが明らかになりました。 トーマスは当初裏切られたと感じていたが、ブレンダは彼女を許すよう説得する。 その後すぐに、Gladersは記憶回復を受けたすべての人がそれらを放棄したことを発見します。 ニュートはトーマスにメモを与え、”時間が正しいときにそれを開くように指示します。”五人はその後、ハンス、彼らのマインドコントロールチップを削除することができます元邪悪な研究者を見つけるためにデ そこでは、黒いスーツを着た男が彼らをGallyが待っている住所に指示します。 Gallyは反乱軍の右腕に加わり、WICKEDは試験の別のサイクルを準備するために見つけることができるすべての免疫を捕獲していると説明しています。 彼はまた、腐敗した都市では、フレアに苦しむが、脳の機能を遅くし、クランクがフレアから感じる痛みを和らげるのに役立つ違法薬物至福を取る多くの人が住んでいることを明らかにしている。

グループはミンホの制御チップを取り除くハンスを見つける。 しかし、WICKEDはトーマスのチップを使用して、彼に手続きに抵抗させます。 ブレンダ、ホルヘ、ミンホはハンスが手術を行うように彼を押さなければならない。 その後、グループはカフェを訪れ、警備員がトーマスを賞金稼ぎに売るためにトーマスを逮捕し、トーマスは彼をWICKEDに連れて行く。 ヤンソンはホログラフィックに介入し、トーマスを救出するために警察の車両を送り、イリュートを救うために”邪悪に戻らなければならない”と伝えた。”トーマスと彼の友人は、ニュートがクランクに連れて行かれたことをメモで知る。 ミンホは、彼らが入るために警備員を買収ニュートを救出するためにデンバークランク宮殿に行くためにそれらを説得します。 彼らがニュートに会うと、彼は怒ってそれらを残すように命じ、他のクランクはそれらを追いかけます。 その後、トーマスはニュートのメモを思い出し、それを読み、トーマスに彼を殺すように頼んだことを発見する。 トーマスは、以前のノートを読んでいない上に絶望します。

デンバーに戻った後、トーマスはニュートがフレアに屈したことを見ています。 トーマスはニュートの嘆願に答え、慈悲の行為として頭の中で彼を撃つ。 グループはその後、テレサと他の免疫が捕獲されていることを発見する。 警備員をノックアウトした後、彼らは警備員がヴィンス、彼らは邪悪なの本部に潜入していることを説明し、右腕のリーダーによって導かれていたこと 内部では、トーマスはヤンソンがトーマスの脳の物理的構造を調べることによって治療のためのデータをコンパイルするために”イモリを救うために”彼の試みを使用しようとした方法を発見し、それは彼を殺すだろう。 トーマスは致命的な脳手術を開始することを余儀なくされたが、右腕が施設を襲撃を開始することができます邪悪な武器を無効にするデバイスを植

トーマスは、治療のための青写真を作るための試験からの十分な資源がすでにあると説明しているWickedの頭であるAva Paige首相からのメモを見つけるために目を覚ますので、彼の脳は結局必要とされない。 ペイジは右腕によって”売られた”免疫の場所を明らかにし、彼女はトーマスがそれらのすべてを取るべき”安全な場所”への指示を与える。 トーマスと彼の友人は再び迷路に入り、捕獲された免疫を見つける。 しかし、彼らは右腕が邪悪な本部を占有するのではなく、破壊しようとしていることを学びます。 爆発は迷路を揺する、と落下破片は、内部にある免疫のいくつかを殺します。 騒ぎをきっかけに、グリーバーは倉庫から出てくるが、テレサはトーマスにそれらをシャットダウンする方法を示している。 トーマスは裏口を見つけ、それは平らなトランスであることが判明しました。 彼らはフラットトランスを介して免疫の子供たちを牧畜を開始しますが、トーマスと彼の友人が脱出することができます前に、ヤンソンと警備員は、そ 彼らはトーマスがジャンソンを絞め殺したときに終わる戦いを始める。 しかし、テレサはまた、トーマスの命を救うために破片が落ちて死ぬ。 建物を逃げて、Immunesは緑豊かな楽園につながる平らなトランスを通って脱出する。

エピローグはペイジによってナレーションされています。 彼女は、壊滅的な太陽フレアの後、フレアが意図的に作成され、人口管理の一形態として政府によって解放されたことを明らかにする。 しかし、政府と邪悪は疫病を制御することができない自分自身を発見しました。 ペイジは、彼らがフレアの治療法を見つけることができないだろうし、邪悪な努力は無駄だったことを実現するために来ました。 彼女は、人類の絶滅を防ぐ唯一の希望は、免疫が世界の残りの部分から離れて自分の社会を始めることであることに気づいた。 彼女はブレンダとホルヘと一緒に、彼らが人間の文明を回復することができる安全な場所にそれらを送る計画を考案したので、彼女は”邪悪なことは良いことだ”と述べた。”