中立理論は、20世紀後半の生物学において最も論争の的となった理論の1つでした。 この章では、中立主義の理論に関する科学者の懐疑論、理論に代わって提供される証拠と議論、理論のテストがどのように行われたか、中立理論の文脈 また、分子レベルでの中立性の意味（もしあれば）についても説明し、適応についても説明します。 中立主義は、多くの表現型形質が生物の適応性に影響を及ぼさないと主張する。 生物の表現型は、その物理的および行動的な特性または形質からなる—高さから羽の色まで。 しかし、木村の中立主義者は、進化の過程で種内に蓄積するアミノ酸とヌクレオチドの変化は、主に選択的に中性の変異体のランダムな固定に起因すると主張している。 彼はまた、中立理論が真であれば、集団の遺伝的構成の変化率は突然変異率に正確に比例し、集団の大きさとは無関係でなければならないことを示す、非常に優雅な数学的議論を与えた。