1999年、Gabriel Loganと彼のパートナー Lian Xingは、国際テロErich Rhoemerによって引き起こされた一連の生物学的発生を調査します。 コスタリカでの任務中に仲間のエージェントエリスが接触を失ったとき、極秘機関は彼を見つけるためにゲイブとリアンを派遣します。 彼らはエリスが死んでいることを発見し、ローマーの疑われる薬物操作はウイルス操作のカバーです。 ネパールでの別の流行は、死んだはずの感染者が何らかの形で生き残ったときに、より多くの質問につながります。

代理店がローマーを追跡する前に、彼はワシントンD.C.を攻撃し、街に散らばっているウイルス爆弾を爆発させると脅します。 ゲイブは、彼が最終的な脅威を停止するために軍需専門家アントンGirdeuxを焼却しなければならない街の通り、地下鉄、ワシントンパークと最終的にフリーダム Gabeの調査はPharcom、ジョナサンPhaganが先頭に立つ多国籍薬剤および人間工学株式会社からの新しい鉛に彼を連れて行く。 コスタリカのプランテーションではファルコム化合物が栽培されており、ファガンとローメルが協力していたことを意味していた。 ファルコム博覧会センターで、ゲイブは、ワシントンD.C.の攻撃の間にローマーを支援した明らかな機関ターンコート、アラモフとエドワード*ベントンとの会談にファガンを影に影。

ゲイブがベントンを排除した後、彼は彼が脱出するためだけに暗殺からファガンを保存します。

マラ-アラモフは今拘留中で、PharComのウイルス研究所を見つけようとしていた。 ゲイブは、カザフスタンのローマーの基地を破壊するためにファガンのための狩りを脇に設定する必要があります。 彼の任務の間、ローマーはリアンを殺すように見えるが、代理店ディレクターのトーマス-マーキンソンはゲイブを救出する。 MarkinsonはGabeにSyphon Filterと呼ばれるウイルスに関する報告を与え、特定のグループの人々を標的に遺伝子レベルでプログラムすることができる生物兵器である。 マルキンソンはゲイブに、ウクライナのローマーの拠点に潜入し、被験者にワクチンを注射し、現在ローマーの囚人であるファガンを見つけるよう命じる。 カタコンベでは、ファガンはリアンが生きていることをゲイブに伝え、彼らは再会する。 リアンはサイフォンフィルターに感染し、彼女は普遍的な治療法はないと言います。

Mara AramovはPhaganを撃つために到着しますが、彼女はGabeとLianに彼女が助けに来たことを説得します。

三人はローマーがミサイルを発射するのを防ぐためにファルコムの倉庫に移動する。 Lianは、被験者に注入された血清Gabeが本当に致命的な化学物質であり、Markinsonが彼らを殺させていたことを明らかにします。 彼の挿入をカバーするためにローマーのテロリストとPhaganのセキュリティ担当者の間の戦いを使用して、ゲイブはサイロに降りて、ミサイルの爆発コードを検索

彼は代理店がすべてに沿ってブラックバトンとcahootsに実際にあったことを認めているMarkinsonを見つけます。 RhoemerはMarkinsonのために働いていましたが、後者は代理店の所有物にウイルスを望んでいたからです。 彼はミサイル攻撃を許可しなかったが、彼がそれを止めることができる前に、ローマーはヘッドショットでMarkinsonを殺す。 ゲイブは、時間内にミサイルの制御センターに到達し、それを破壊する必要があります。 激怒したローマーはゲイブと最後の戦いに参加するが、ガス手榴弾で殺される。

彼らの任務が完了し、ゲイブとリアンは、地域を確保するために米陸軍化学生物防衛司令部（CBDC）に呼び出します。 彼らはマーキンソンがローマーとファガンとどこまで協力していたのか分からないが、ゲイブは彼らが決して知らないかもしれないと信じている。 クレジット後のシーンでは、アラモフは代理店の本部の中の神秘的な男に近づき、彼の耳に何かをささやきます。 カメラはオフィスでPharComボックスを表示するために戻ってプルしながら、彼は彼女を祝福します。