pewnego dnia kolega zatrzymał się przy moim stole warsztatowym, aby zapytać, który detergent nie złamie błony jądrowej. Opierając się na moich wcześniejszych doświadczeniach z użyciem delikatnych detergentów w buforach do lizy, odpowiedziałem: „NP-40”. Mieliśmy jednak dwie marki NP-40. Bliższe spojrzenie na arkusze danych ujawniło, że nazwy chemiczne były różne, mimo że używały tego samego akronimu.

czy Detergent o innej nazwie byłby równie słodki?

podzieliłem się zdziwieniem kolegów, gdy okazało się, że nie każdy NP-40 jest do siebie podobny. Ale czy to coś zmieni? Ogólnie rzecz biorąc, komórki ssaków można lizować w celu ekstrakcji białka za pomocą buforów, takich jak bufor RIPA. Zwykle bufor RIPA zawiera niejonowy detergent, taki jak NP-40, który oddziela całe organelle. Inne dostępne detergenty niejonowe to Triton X-100, Triton X-114 i Tween-20. W zależności od rodzaju komórki i zastosowania, stężenie detergentu, którego używasz (zwykle 0,1 – 2%), może spowodować, że zawartość cytoplazmy i zawartość jądrowa będą się wzajemnie zanieczyszczać. Jeśli twoim celem jest wykrycie ulubionego białka w całej komórce lizatu przez Western blot, wyższe stężenia detergentu są korzystne. Jednak mój kolega chciał przeprowadzić frakcjonowanie subkomórkowe, w szczególności ekstrakcję jądrową. Przygotowanie tych próbek wymaga zwykle znacznie niższego stężenia detergentu, aby zminimalizować zakłócenia błon w początkowym etapie lizy.

błąd w mojej odpowiedzi do mojego kolegi polegał na tym, że nie brałem w pełni pod uwagę pożądanego wyniku lizy komórek. Chcieli ocenić lokalizację białka, a nie tylko określić jego obfitość w całej komórce. Czy NP-40 był odpowiednim detergentem do tego zadania?

okazuje się, że akronim „NP-40” może odnosić się do dwóch substancji chemicznych o następujących nazwach IUPAC:

• Oktylofenoksypolyetoksyetanol: nazwa ulicy IGEPAL™
• Nonylofenoksypolyetoksyetanol: nazwa ulicy Tergitol™

warto zauważyć, że istnieje tylko jedna różnica między tymi dwoma substancjami chemicznymi, która polega na liczbie grup alkilowych (pogrubioną czcionką).). Pomimo tego, oraz różnic w nazwach ulic, obie butelki mówią po prostu „NP-40”.

co jest w nazwie?

Po przeprowadzeniu badań nad pochodzeniem nieuchwytnego terminu „NP-40” odkryłem, że obecne dostępne na rynku marki NP-40 są uważane za substytuty wycofanego Shell Chemical Company Nonidet P-40, który jest często skracany jako NP-40. Po zaprzestaniu produkcji Nonidet P-40 firmy Shell, inne firmy, takie jak Sigma-Aldrich i PanReac AppliChem, zaczęły dystrybuować tzw. zamienniki Nonidet P-40. Pojawiły się dwa główne znaki towarowe: IGEPAL™ i Tergitol™. Ponieważ IGEPAL i Shell Nonidet P-40 mają chemiczną nazwę oktylofenoksypolieetoksyetanolu, IGEPAL jest najbardziej chemicznie podobny do wycofanego detergentu.

z całą wiedzą w twoim arsenale, to powrót do pytania mojego kolegi. Ogólnie rzecz biorąc, frakcjonowanie subkomórkowe będzie wymagało stężenia detergentu zaledwie 0,1% Nonidetu P-40 (widziałem 0,05% w publikacjach) i może to być IGEPAL, Tergitol lub którykolwiek z innych substytutów Nonidetu P-40. Tak więc, lepszym sposobem na odpowiedź na pytanie mojego kolegi byłoby powiedzenie: „polecam zacząć od 0,1% Nonidet P-40.”. Polecam również udokumentowanie marki Nonidet P-40, którą postanawia wykorzystać w celach powtarzalności. Istnieją dane empiryczne, które zwracają uwagę na konkretne marki. Jedna z takich publikacji poświęciła czas na porównanie wydajności polimeryzowanej tubuliny w buforach zawierających różne marki Nonidetu P-40, W tym markę wycofaną, w celu określenia mocy detergentów. Spoiler alert: obecne marki Nonidet P-40 są bardziej skuteczne w izolowaniu polimeryzowanej tubuliny niż wycofana Marka!

pomieszanie nazw: zwal to na chemików!

ta anegdota przypomniała mi o innym przykładzie, w którym nazwy odczynników laboratoryjnych mogły zagłuszyć umysł. Kontynuując temat lizy komórek, jaka jest różnica między proteazą a proteinazą? Podobnie jak w przypadku „NP-40″, historia stojąca za terminem” proteinaza ” doprowadziła jedynie do zamieszania w literaturze. Słyszałeś o proteinazie K? Popularnym zastosowaniem proteinazy K jest ekstrakcja DNA. Dlaczego nie nazywa się proteaza K? Według listu z 1986 roku z czasopisma Biochemical Journal, „proteaza” jest szerszym terminem na rozszczepienie wiązań peptydowych, które tworzą kręgosłup białek. Jednakże proteazy mogą rozszczepiać krótkie struktury drugorzędowe / peptydy, jak również struktury trzeciorzędowe / białka (pomyśl Biochemia 101). Dlatego termin „proteinaza” pojawił się jako sposób identyfikacji proteazy, która rozszczepia białka o strukturze trzeciorzędowej. Jednak współczesne laboratoria mają tendencję do mówienia o proteazach z wyjątkiem, na przykład, proteinazy K. Miałbyś rację, gdybyś powiedział „proteaza K”, ale wtedy możesz mieć trudności ze znalezieniem go w jakimkolwiek inwentarzu.

czy prawdziwy NP-40 stanie? Wygląda na to, że Eminem będzie szukał albo wycofanej marki Shell Chemical Company Nonidet P-40, albo IGEPAL. Jednak dla konkretnego zastosowania warto byłoby zebrać więcej danych empirycznych na temat marki NP-40, które chciałbyś wykorzystać. Osobiście wolałbym, aby „NP-40” zostało wyeliminowane z naszego słownictwa i zastąpione prawowitym „Nonidet P-40”, ale tutaj jesteśmy – „pomidor” lub „pomidor”, tak myślę!

1. Sinka S, Field JJ, Miller JH (2017). Zastosowanie substytutów niejonowych detergentów Nonidet P-40 w wewnątrzkomórkowych testach polimeryzacji tubulin do przesiewania środków celujących w mikrotubule. Cell Biol. 95: 379-384.
2. S. Department of Agriculture (2015). Etoksylaty Nonfenylowe. Washington, D. C.: Pesticide Research Institute, USDA National Organic Program.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenklatura: proteaza, proteinaza i peptydaza. Biochem J 237: 935.