Emil Theodor Kocher, (ur. ok. 25, 1841, Bern, Switz.—zm. 27 lipca 1917 w Bernie) – szwajcarski chirurg, laureat Nagrody Nobla w dziedzinie fizjologii lub medycyny w 1909 roku za pracę nad tarczycą.

Po ukończeniu studiów medycznych na Uniwersytecie w Bernie w 1865 roku, Kocher studiował w Berlinie, Londynie, Paryżu i Wiedniu, gdzie był uczniem Theodora Billrotha. W 1872 został profesorem chirurgii klinicznej w Bernie, pozostając na czele kliniki chirurgicznej przez 45 lat. Tam Kocher został pierwszym chirurgiem, który wyciął tarczycę w leczeniu Wola (1876). W 1883 roku ogłosił odkrycie charakterystycznego kretynoidalnego wzoru u pacjentów po całkowitym wycięciu tarczycy; gdy część gruczołu pozostała nienaruszona, były jednak tylko przejściowe oznaki patologicznego wzoru. Do 1912 roku wykonał 5000 wycięć tarczycy i zmniejszył śmiertelność w takich operacjach z 18 procent do mniej niż 0,5 procent. Jego inne wkład chirurgiczne obejmują metodę redukcji zwichnięć barku i poprawy operacji na brzuchu, płuca, język, i nerwów czaszkowych i dla przepukliny. W praktyce chirurgicznej przyjął zasady pełnej aseptyki wprowadzone przez Josepha Listera.

Kocher opracował wiele nowych technik chirurgicznych, instrumentów i urządzeń. Kleszcze i nacięcie (w chirurgii pęcherzyka żółciowego), które noszą jego imię, pozostają w powszechnym użyciu.