Kościół Times Square został założony przez Davida Wilkersona w 1987 roku. W tym czasie Times Square było znane jako centrum filmów, klubów ze striptizem, prostytucji i narkomanii. Wilkerson otworzył kościół w odpowiedzi na to, co opisał jako „fizycznie pozbawionych środków do życia i duchowo martwych ludzi”, których widział wśród alfonsów, uciekinierów i handlarzy crackiem, którzy zamieszkiwali ten obszar. Times Square Church krótko odprawiał nabożeństwa w Ratuszu przy 43rd Street na Manhattanie, a następnie w Nederlander Theatre przy 41st Street.

w 1989 kościół został wydzierżawiony dawnemu teatrowi Marka Hellingera. W 1991 roku kupił Teatr za 17 milionów dolarów. Wilkerson opisał Kościół jako Ewangelicki Kościół Zielonoświątkowy kierowany przez trzech pastorów: Davida Wilkersona, jego brata Donalda Wilkersona i Roberta Phillipsa. Teatr jest do dziś siedzibą kościoła przy ulicy 51.

w 2001 roku, założyciel Pastor David Wilkerson powierzył pastorate Carterowi Conlonowi, był pastorem ewangelickim ze wschodniej Kanady i pastorem stowarzyszonym w Times Square Church w latach 1994-2001. Są też wizytujący ministrowie i misjonarze, którzy przyjeżdżają głosić kazania z całego świata. Kościół kładzie nacisk na modlitwę, a nawet ma „modlitwę podczas głoszenia posługi”. Istnieją również licealne i młodzieżowe programy nauczania prawdy i miłości w Słowie Bożym.

w latach 2007-2009 Kościół zorganizował imprezę pod nazwą Modlitwa Na Placu, wiec modlitewny, który odbył się na Times Square.

5 maja 2020 roku Tim Dilena został starszym pastorem, trzecim od założenia kościoła. Przez całe życie był związany z pastorem-założycielem Davidem Wilkersonem i przez wiele lat regularnie głosił kazania w kościele.