w 1868 roku średniowieczne miasto Edo, siedziba rządu Tokugawy, zostało przemianowane na Tokio i otwarto biura prefektury Tokio (-fu). Zasięg prefektury Tokio początkowo ograniczał się do dawnego miasta Edo, ale szybko powiększał się, by być porównywalnym z obecną metropolią Tokio. W 1878 roku rząd Meiji zreorganizował samorządy lokalne, dzieląc prefektury na powiaty lub okręgi (gun, dalej podzielone na Miasta i wsie, później zreorganizowane podobnie do okręgów pruskich) i okręgi lub okręgi (ku), które były w zwykłych miastach prefektur jako całości, np. dzisiejsze miasto Hiroszima (-shi) było wówczas Hiroszima-ku; trzy główne miasta Tokio, Osaka i Kioto zostały podzielone na kilka takich okręgów. W prefekturze Tokio Utworzono 15 okręgów (wymienionych poniżej) i sześć powiatów/dystryktów.

w 1888 r.rząd centralny stworzył ramy prawne dla obecnego systemu miast (shi), które przyznały pewne podstawowe prawa autonomii lokalnej – z pewnymi podobieństwami do pruskiego systemu samorządu lokalnego, ponieważ doradca rządu Meiji Albert Mosse wywarł duży wpływ na organizację samorządu lokalnego. Jednak na mocy specjalnego Rozporządzenia cesarskiego, miasto Tokio, podobnie jak miasto Kioto i Osaka, początkowo nie utrzymywało odrębnego burmistrza; zamiast tego (mianowany) gubernator prefektury Tokio pełnił funkcję burmistrza miasta Tokio. Rada miasta Tokio (Tōkyō-shikai) została po raz pierwszy wybrana w maju 1889 roku. Każdy oddział zachował również swój własny zespół. Władze miejskie i Prefekturalne zostały wydzielone w 1898 roku., a rząd zaczął mianować odrębnego burmistrza miasta Tokio w 1898 roku, ale zachował przepisy na poziomie ward, który trwa do dziś w specjalnym systemie ward. Od 1926 burmistrz był wybierany przez Radę Miejską/zgromadzenie z własnych szeregów. Ratusz w Tokio znajdował się w dzielnicy Yūrakuchō, na miejscu zajmowanym obecnie przez Tokyo International Forum.

Tokio stało się drugim co do wielkości miastem na świecie (4,9 mln mieszkańców) po wchłonięciu kilku peryferyjnych dzielnic w lipcu 1932 roku, dając miastu w sumie 35 oddziałów.

w 1943 roku miasto zostało zlikwidowane i połączone z prefekturą Tokio, tworząc Tokijski rząd Metropolitalny, który był funkcjonalnie częścią centralnego rządu Japonii: gubernator Tokio został ministrem gabinetu podlegającym bezpośrednio premierowi. System ten funkcjonował do 1947 roku, kiedy to powstała obecna struktura Tokijskiego rządu Metropolitalnego.