Kiedy Indira wezwała do wyborów w styczniu 1977, przegrała z rajem Narainem z Rae Bareilly, i z wieloma grupami opozycyjnymi, w tym Kongresem (O), dołączył z długoletnimi rywalami, partiami regionalnymi i blokami rywalizujących ideologii, tworząc partię Janata. Zdobyła 356 mandatów, blisko 2/3 większości i po raz pierwszy od uzyskania niepodległości dominacja rządzącej Partii Kongresowej została zerwana. Morarji Desai ostatecznie objął urząd premiera, gdy Jaiprakash Narayan wybrał go jako człowieka, który najprawdopodobniej utrzyma zjednoczoną koalicję.

w tym czasie miał 81 lat, ale nadal zdrowy i energiczny, bez żadnych szczególnych dolegliwości.

Premier
Desai stanął na czele rozłamowego rządu koalicyjnego, w związku z czym nie udało mu się wiele osiągnąć z powodu ciągłych kłótni i wielu kontrowersji. Nie mając żadnej partii na czele koalicji, rywalizujące ze sobą ugrupowania rywalizowały o odsunięcie Desai. Kontrowersyjne procesy prominentnych przywódców Kongresu, w tym Indiry Gandhi o nadużycia w czasach kryzysowych, pogorszyły losy jego administracji. Desai pracował nad poprawą stosunków z sąsiadem i rywalem Pakistanu oraz przywrócił normalne stosunki z Chinami, po raz pierwszy od wojny w 1962 roku. Porozumiewał się z Zia-ul-Haq, nawiązywał także przyjazne stosunki i stosunki dyplomatyczne z Chinami. Jego rząd uchylił wiele poprawek wprowadzonych do konstytucji w sytuacji nadzwyczajnej i utrudnił przyszłym rządom narzucenie stanu wyjątkowego.

od czasu pierwszej próby nuklearnej w Indiach w 1974 roku, Desai utrzymywał indyjskie reaktory jądrowe, stwierdzając, że „nigdy nie będą używane do bomb atomowych i dopilnuję, aby to pomogło”. W 1977 roku administracja Cartera sprzedała Indie, ciężką wodę i uran do swoich reaktorów jądrowych, ale wymagała amerykańskiej kontroli materiałów jądrowych na miejscu. Desai odmówił, uznając Amerykańskie stanowisko za sprzeczne, w świetle własnego arsenału nuklearnego.

emerytura& śmierć w 1979 roku Raj Narain i Charan Singh wycofali się z Partii Janata, zmuszając Desaia do rezygnacji z urzędu i odejścia z polityki w wieku 83 lat. Desai prowadził kampanię z ramienia Partii Janata w wyborach powszechnych w 1980 jako starszy polityk, ale sam nie brał udziału w wyborach.

Na emeryturze mieszkał w Bombaju i zmarł w wieku 99 lat. W ostatnich latach był bardzo ceniony jako bojownik o wolność swojego pokolenia.

Kanti Desai, syn Morarji Desai, był często krytykowany za korupcję i używanie imienia ojca jako wpływu. Podczas przejścia na emeryturę, rodzina została eksmitowana z mieszkania w kompleksie „Oceanea” w Bombaju na mocy nakazu sądowego wydanego przez sędziego Chandrachuda. Sharad Pawar, ówczesny Główny Minister Maharasztry, zapewnił mu stałą rezydencję rządową w Bombaju aż do śmierci.

To dziwne, ale prawda, że Morarji Desai jest najczęściej pamiętany za to, że był mistrzem terapii moczem. Powiedział dziennikarzowi Khushwantowi Singhowi, że zalecono mu, aby spróbował wypić własny mocz, gdy miał 40 lat, aby wyleczyć stosy (hemoroidy) i uzyskał natychmiastowe wyniki. Następnie kontynuował praktykę i był całkiem otwarty na ten temat, mówiąc, że nie powinieneś robić niczego, czego byś się wstydził.

Morarji Desai był surowym wyznawcą zasad Mahatmy Gandhiego i moralistą.

spór z R&aw Morarji Desai opisał skrzydło badawcze i analityczne (R&AW), zewnętrzną agencję wywiadowczą Indii, jako Gwardię pretoriańską Indiry Gandhi i obiecał zaprzestać wszystkich działań R&AW po objęciu stanowiska premiera. Zamknął znaczną część agencji, zredukował jej budżet i działalność. B. Raman, były szef Wydziału antyterrorystycznego R&AW i znany analityk ds. bezpieczeństwa, ujawnia, że w niestrzeżonym momencie Morarji Desai nieostrożnie powiedział Pakistańskiemu prezydentowi Zia ul-Haq, że był świadomy planów nuklearnych Islamabadu.

wiadomo, że Mosze Dayan został wysłany z misją, aby wstawić się u Morarji Desai o pozwolenie na umożliwienie Izraelskim samolotom Tankowcom lądowania na tankowaniu i startu z bazy IAF w Gujracie, wspierając zaplanowaną przez Izrael misję zniszczenia obiektów jądrowych Pak, a następnie zbliżającą się, jak to uczynili w Osirak w Iraku. Dayan został przebrany za Sikhów podczas prywatnej wizyty w tym celu. Prośba została odrzucona i misja nie doszła do skutku.

służba społeczna Morarji Desai był prawdziwym wyznawcą Gandhi, pracownikiem socjalnym, budowniczym instytucji i wielkim reformatorem. Był kanclerzem Gujarat Vidyapith (uniwersytetu założonego przez Mahatmę Gandhiego). Jeszcze w czasie swojej kadencji jako premier odwiedzał i przebywał w Vidyapith w październiku. Był przykładem prostoty i sam pisał kartki pocztowe, nawet gdy sprawował urząd premiera. Sardar Patel zlecił mu prowadzenie spotkań rolników w dystrykcie Kaira, co ostatecznie doprowadziło do powstania ruchu spółdzielczego AMUL. Za jego rządów wycofał się z interwencji w publiczny system dystrybucji, a sklepy racjonujące zostały dosłownie utracone z powodu taniego cukru i ropy dostępnej na rynku.

terapia moczem
Morarji Desai był praktykiem terapii moczem. W 1978 rozmawiał z Danem Rather w 60 minut o terapii moczem. Desai stwierdził, że terapia moczem była idealnym rozwiązaniem medycznym dla milionów Indian, których nie stać na leczenie. Desai twierdził, że codziennie pił kufel własnego moczu.