w 2015 roku Eggers zadebiutował reżyserskim horrorem wiedźma na podstawie własnego scenariusza. Premiera filmu odbyła się 27 stycznia 2015 roku podczas Sundance Film Festival. A24 nabył film i udostępnił go kinowo 19 lutego 2016 roku. Krytyczny odbiór był w dużej mierze pozytywny, a film zarobił ponad 40 milionów dolarów przy budżecie wynoszącym 4 miliony dolarów. Jego kontynuacja, horror fantasy The Lighthouse (2019), również z epoki, została doceniona przez krytyków. Eggers wyreżyserował film, a scenariusz napisał wspólnie ze swoim bratem Maxem Eggersem.

w lipcu 2015 roku poinformowano, że Eggers napisze i wyreżyseruje remake niemego filmu Nosferatu z 1922 roku, opartego na mitologii Draculi. Film ma być wyprodukowany przez Jaya Van Hoya i Larsa Knudsena dla Studio 8. W listopadzie 2016 Eggers wyraził zdziwienie, że remake Nosferatu będzie jego drugim filmem, mówiąc: „to jest brzydkie i bluźniercze, egomańskie i obrzydliwe dla filmowca na moim miejscu, aby zrobić „Nosferatu”. Naprawdę planowałem trochę poczekać, ale tak los się zatrzęsł.”Eggers wcześniej wyreżyserował przedstawienie Nosferatu w szkole średniej i został zatrudniony do reżyserowania profesjonalnej wersji sztuki ze względu na swoją pracę. Eggers uznał to za wydarzenie, które zainspirowało go do rozpoczęcia kariery filmowej. Film został wstrzymany.

Eggers pracuje obecnie nad „średniowiecznym filmem epickim” The Northman z Nicole Kidman, Björk, Willem Dafoe, Anya Taylor-Joy, Alexander Skarsgård i Ethan Hawke oraz miniserialem opartym na życiu Rasputina.