Lott został wybrany w pierwszej rundzie (8.ogólnie) draftu NFL 1981 przez San Francisco 49ers. Poziom umiejętności wykazany przez 6-stopową, 203-funtową sylwetkę został natychmiast rozpoznany i od samego początku obozu szkoleniowego miał pracę jako wyjściowy lewy narożnik 49ers. W swoim debiutanckim sezonie w 1981 roku zanotował siedem przechwytów, pomógł 49ers wygrać Super Bowl XVI, a także stał się drugim debiutantem w historii NFL, który oddał trzy przechwyty za przyłożenia. Jego znakomita gra zaowocowała ukończeniem drugiego miejsca w rookie of the year honors, za New York Giants linebacker Lawrence Taylor.

Miał amputowany czubek lewego palca po sezonie 1985, kiedy został zmiażdżony podczas walki z running back Timmy Newsome, a operacja przeszczepu kości nie pozwoliła mu rozpocząć sezonu 1986. Kontuzja wyeliminowała go w ostatnich dwóch meczach sezonu 1986, ale nadal prowadził ligę z najlepszymi w karierze 10 przechwytami, notując 77 uderzeń, trzy wymuszone fumbles i dwa quarterback sacks. W ciągu swoich 10 lat z 49ers, Lott pomógł im zdobyć osiem tytułów dywizji i cztery Super Bowls: XVI (sezon 1981), XIX (1984), XXIII (1988) i XXIV (1989). Jest jednym z pięciu graczy, którzy byli na wszystkich czterech 1980s 49ers Super Bowl wygrywa. Pozostałe cztery to rozgrywający Joe Montana, linebacker Keena Turner, cornerback Eric Wright i wide receiver Mike Wilson.

Po zakończeniu kariery w San Francisco, Lott podpisał kontrakt jako wolny agent w 1991 roku z Los Angeles Raiders, a w 1993 roku z New York Jets. W 1991 po raz drugi poprowadził ligę w przechwytach (8). Lott podpisał kontrakt z Kansas City Chiefs w 1995 roku, ale został kontuzjowany w przedsezonie. Powrócił do 49ers w 1995 roku, ale kontuzje, które odniósł w ciągu poprzednich czterech sezonów, nadal go dręczyły i ogłosił odejście na emeryturę przed rozpoczęciem sezonu. Został wybrany do Pro Football Hall of Fame w 2000 roku, jego pierwszy rok kwalifikowalności, a także został powołany do NFL ’ s 75th Anniversary Team w 1994 i 100th Anniversary Team w 2019.

w swoich 14 sezonach NFL, Lott zanotował 8,5 zbiórki i 63 Przechwyty, do których powrócił na 730 jardów i pięć przyłożeń. Odzyskał 17 zbiórek, oddał je na 43 jardy i uzyskał 113 jardów na rzutach. Lott zagrał również w 20 meczach po sezonie, notując dziewięć przechwytów, 89 uderzeń, jeden wymuszony fumble, jeden fumble recovery i dwa przyłożenia. Ponadto ośmiokrotnie został wybrany do All-Pro, sześciokrotnie do All – NFC i raz do all-AFC. Poza statystykami, Lott miał niesamowitą świadomość tego, jak rozwija się gra, co pozwoliło mu przełamać podania i zdobyć reputację jednego z najtrudniejszych i najskuteczniejszych skoczków na otwartym polu w historii ligi.