ponieważ Zatoka Saginaw jest płytsza i cieplejsza niż główna zlewnia jeziora Huron, jej społeczność rybna jest również inna. W Zatoce Saginaw działa zarówno rybołówstwo rekreacyjne, jak i handlowe. Walleye i yellow perch są głównymi gatunkami sportowymi, podczas gdy komercyjne połowy ukierunkowane są głównie na sieję Jeziorną i okonia żółtego. Rybołówstwo komercyjne jest licencjonowanym rybołówstwem w stanie Michigan, w przeciwieństwie do rybołówstwa plemiennego, które działa w innych częściach jeziora Huron. Rybołówstwo rekreacyjne stało się bardziej widoczne w ostatniej połowie XX wieku. Wcześniej rybołówstwo w zatoce było prawie całkowicie komercyjne. Podobnie jak większość Wielkich Jezior, rybołówstwo upadło lub uległo poważnej degradacji około połowy XX wieku. Przypisywano to głównie degradacji siedlisk (budowa zapór, sedymentacja obszarów tarłowych na lądzie), zanieczyszczeniom, eutrofizacji kulturowej i skutkom występowania gatunków inwazyjnych. Stosunkowo intensywna eksploatacja rybaków handlowych, które działały w tym czasie, prawdopodobnie przyspieszyła spadki, ale nie uważano za główną przyczynę, ponieważ działały tam od końca XVII wieku.

Odrodzenie rybołówstwa rozpoczęło się po wejściu w życie przepisów dotyczących czystej wody, takich jak ustawa o czystej wodzie i Pakt na rzecz czystej wody Wielkich Jezior. Połowy walleye rozpoczął odrodzenie na początku 1980 roku, kiedy Michigan Department of Natural Resources zainicjował fingerling stocking program. Sportowy łowisko wkrótce odnowiłem się, lecz handlowy łowisko walleye, formalnie zamknięty w 1970 rok, pozostałem zamknięty. Od 1986 do 2002 r. zbiory łowisk rekreacyjnych wynosiły średnio 80 000 walleyów Rocznie, ale były zależne od wylęgarni, a aż 80% zbiorów stanowiły ryby wylęgarnie. Głęboka zmiana sieci pokarmowej w jeziorze Huron miała miejsce w 2003 roku wraz z bliskim zniknięciem inwazyjnego alewife. Alewives wykorzystywały pobliskie wody Saginaw Bay jako tarło i szkółkę i były groźnym drapieżnikiem i konkurentem na nowo wykluwanych narybkach percid (walleye i Yellow perch). Przy braku aluwiów, walleye i żółty okoń sukces reprodukcyjny znacznie wzrosła. Michigan Department of Natural Resources zaprzestał magazynowania w 2006 roku, a cele odzyskiwania walleye zostały formalnie osiągnięte w 2009 roku. Zbiory rekreacyjne od tego czasu wahały się od około 150 000 rocznie do nawet 350 000 rocznie. Michigan Department of Natural Resources zliberalizował Walleye recreational harvest (wyższy dzienny limit posiadania i niższy minimalny limit długości) w 2015 roku. Mimo że okoń żółty również korzystał z braku alewiałów o większym sukcesie reprodukcyjnym, liczba dorosłych osobników zmniejszyła się i pozostała przygnębiona. Wynika to z wysokiej śmiertelności w pierwszym roku życia, uważanej za drapieżnictwo ze strony walleye i innych drapieżników.

Inne historycznie ważne gatunki w Zatoce Saginaw to jezioro jesiotra i cisco (jezioro śledzia). Do połowy XX w. Zatoka Saginaw wspierała ogromne rybołówstwo handlowe. Zmniejszyły się w dużej części jeziora i nie odzyskały siły w Zatoce Saginaw. Program hodowli Cisco fingerling mający na celu przywrócenie populacji lęgowej w zatoce został zainicjowany w 2017 r., wspólne ćwiczenie przez US Fish and Wildlife Service, Michigan Department of Natural Resources i inne agencje partnerskie Komisji Rybołówstwa Wielkich Jezior. Jezioro sturgeon, które głównie rozmnaża się w rzekach, jest również przedmiotem prac związanych z odnową, prowadzonych przez Michigan Department of Natural Resources, z nasadzeniami odbywającymi się w systemie rzek Saginaw.