istnieje wiele różnych teorii na temat pochodzenia i etymologii szkockich jaj i nie ma jednoznacznych wniosków. Oxford English Dictionary podaje po raz pierwszy nazwę jako 1809, w wydaniu Marii Rundell ’ s a New System of Domestic Cookery. Przepis pojawił się w pierwszym wydaniu tej samej książki w 1805 roku. Nie posiadały one wówczas warstwy bruzdy, chociaż w 1861 Isabella Beeton zasugerowała to jako opcję. Oxford Companion to Food spekuluje, że źródłem mogą być indyjskie Kofty.

jako zimny przedmiot, londyński Dom towarowy Fortnum& Mason twierdzi, że wynalazł szkockie jajka w 1738 roku, jako przekąskę podróżnika, ale opierał się na materiale archiwalnym, który zaginął. Fortnum & Mason z pewnością spopularyzował szkockie jajka, w tym Artykuły spożywcze w ramach różnych koszyczków. Powszechnie uważa się, że szkockie jaja z kolei pochodzą z pożywienia, które Brytyjczycy napotkali w Raj, w tym z potrawy Mughlai zwanej nargisi kofta („klopsiki Narcyza”).

inne roszczenia obejmują nazwę pochodzącą od pseudonimu używanego przez londyńczyków, którzy mieszkali wokół Koszar Wellington po oficerach stacjonujących tam szkockich strażników i którzy rozwinęli smak przekąski. Według Culinary Delights of Yorkshire, powstały one w Whitby w Yorkshire w Anglii, w XIX wieku i były pierwotnie pokryte pastą rybną, a nie mięsem kiełbasy. Podobno nazwano je na cześć Williama J. Scotta & Sons, znanej jadłodajni, która je sprzedawała. Jednak data ta nie pasuje do znanego użycia tego terminu co najmniej 75 lat wcześniej. Sugerowano również, że pierwotnie nazywano je jajami „przypalonymi”, ponieważ gotowano je na otwartym ogniu, choć według zachowanych przepisów smażono je w głębokim tłuszczu. „Scotching” jako proces kulinarny jest czasami cytowany jako pochodzenie, chociaż to, co „scotching” było otwarte na interpretację, od włączenia sardeli po zwykłe mielenie mięsa. Dalsze zamieszanie dodaje duży handel jajami ze Szkocji w XIX wieku, który czasami obejmował zanurzanie jaj w proszku wapiennym, proces prawdopodobnie znany również jako „scotching”.