pierwszym filmem fabularnym Bakera były cztery słowa, film obracający się wokół spojrzeń, poglądów, postaw i języka młodych mężczyzn w Ameryce. Baker napisał, wyreżyserował i zmontował film. Następnie Baker nakręcił Take Out, który napisał, wyreżyserował, współredagował i wyprodukował wspólnie z Shih-Ching Tsou. Film opowiada o nielegalnym chińskim imigrancie zalegającym z płatnościami za dług przemytniczy, pozostawiając mu tylko jeden dzień na zdobycie pieniędzy. Światowa premiera filmu miała miejsce na Slamdance Film Festival 18 stycznia 2004 roku, ale limitowana premiera miała miejsce 6 czerwca 2008 roku. Trzeci film Bakera, Prince of Broadway, miał swoją premierę na Festiwalu Filmowym w Los Angeles 22 czerwca 2008 roku. Film opowiada o nowojorskim ulicznym hustlerze, który zarabia na życie tworząc markowe podróbki i odkrywając, że ma syna. Baker wyreżyserował, napisał, wyprodukował, nakręcił i zmontował film, który został wydany w limitowanej wersji 3 września 2010 roku. Take Out i Prince of Broadway zostali nominowani do Independent Spirit John Cassavetes Award podczas tej samej ceremonii w 2008 roku.

czwarty film Bakera, Starlet, został napisany wspólnie z Chrisem Bergochem, a Gwiazdy Dree Hemingway i Besedka Johnson. Starlet bada nieprawdopodobną przyjaźń między 21-letnią Jane (Hemingway) i 85-letnią Sadie (Johnson), dwiema kobietami, których życie krzyżuje się w kalifornijskiej Dolinie San Fernando. Światowa premiera filmu miała miejsce na SXSW 11 marca 2012 roku, a limitowana premiera odbyła się 9 listopada 2012 roku. Zyskał głównie pozytywne recenzje i uzyskał 88% oceny w serwisie Rotten Tomatoes.

piąty film Bakera, Tangerine, śledzi transseksualną pracownicę seksualną, która odkrywa, że jej chłopak i Alfons ją zdradza. Film został nakręcony przy użyciu trzech smartfonów iPhone 5S i otrzymał pochwałę za przełomowe techniki filmowe. W Tangerine występują Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylor, Karren Karagulian, Mickey O ’ Hagan i James Ransone, a producentem wykonawczym byli Mark Duplass i Jay Duplass. Baker ponownie współtworzył scenariusz z Bergochem; był także współproducentem, współproducentem i montażystą filmu. Światowa premiera filmu miała miejsce 23 stycznia 2015 roku podczas Sundance Film Festival, a limitowana premiera miała miejsce 10 lipca 2015 roku. Otrzymał niezwykle pozytywne recenzje i obecnie posiada 97% ocenę w serwisie Rotten Tomatoes.

szósty film Bakera, the Florida Project, miał swoją premierę w sekcji Directors’ Fortnight Festiwalu Filmowego w Cannes w 2017 roku, a w Stanach Zjednoczonych został wyemitowany 6 października 2017 roku przez A24. Po raz kolejny Baker sam zmontował film i napisał scenariusz wraz ze swoim częstym współpracownikiem Chrisem Bergochem. Fabuła przedstawia 6-letnią dziewczynkę mieszkającą w motelu ze swoją zbuntowaną matką w Greater Orlando, gdy próbują trzymać się z dala od kłopotów i związać koniec z końcem. Film był chwalony za swoje występy (szczególnie za rolę Willema Dafoe jako kierownika motelu) i reżyserię Bakera, i został wybrany zarówno przez National Board of Review, jak i American Film Institute jako jeden z 10 najlepszych filmów roku. Dafoe zdobył nominacje do Oscara, Złotych Globów i nagród BAFTA dla Najlepszego Aktora Drugoplanowego.

w listopadzie 2020 roku ogłoszono, że produkcja siódmego filmu fabularnego Bakera została prawie zakończona. Red Rocket będzie gwiazdą Simon Rex i jest ustawiony w Teksasie. Baker wyreżyserował, napisał i wyprodukował film ze swoim zwykłym zespołem Bergocha i Tsou m.in. Filmowanie odbywało się w tajemnicy podczas pandemii COVID-19, ale przestrzegano „standardowych protokołów bezpieczeństwa”. Szczegóły fabuły pozostają w tajemnicy.

Baker jest również jednym z oryginalnych twórców sitcomu Greg The Bunny, w którym występują Seth Green i Eugene Levy. Serial oparty jest na serii krótkich odcinków, które Baker wyreżyserował i napisał, które były emitowane na niezależnym kanale filmowym, a które z kolei były oparte na ogólnodostępnym programie telewizyjnym o nazwie Junktape. W 2010 roku Baker, Spencer Chinoy i Dan Milano stworzyli spinoff o nazwie Warren The Ape; serial był emitowany na MTV i został anulowany po jednym sezonie.