Merritt stworzył i gra główne role w zespołach the Magnetic Fields, the 6ths, the Gothic Archies i Future Bible Heroes. Krótko użył nazwy the Baudelaire Memorial Orchestra Jako atrybucji do piosenki napisanej do serii niefortunnych wydarzeń Lemony ’ ego Snicketa, zatytułowanej „Scream and Run Away”. Kolejna muzyka została nagrana do audiobookowych wersji serii i jest przypisywana gotyckim Archies. „The Tragic Treasury” został wydany przez Nonesuch Records w październiku 2006 roku wraz z trzynastą i ostatnią książką serii.

pod własnym nazwiskiem nagrał i wydał ścieżki dźwiękowe do filmów Eban i Charley oraz Pieces of April. Na ścieżce dźwiękowej do serialu Nickelodeon The Adventures of Pete& Pete zawierał wiele jego piosenek.

wraz z reżyserem Chen Shi-Zheng współpracował nad trzema utworami teatru muzycznego: The Orphan of Zhao (2003), Peach Blossom Fan (2004) i My Life as a Fairy Tale (2005). Wybrane utwory z tych utworów zostały wydane przez Nonesuch Records pod tytułem Showtunes.

ponadto jest jedną trzecią rzadko występującego zespołu The Three Terrors, którego inni główni członkowie to Dudley Klute i LD Beghtol z 69 Love Songs. Wcześniejsze tematy tych występów obejmowały francuską muzykę pop, motywy filmowe (w tym tytułową piosenkę z Deep Throat), intoxication i Nowy Jork. Kenny Mellman (z Kiki & Herb), James Jacobs, Daniel Handler, Jon DeRosa i inni wystąpili z trzema Terrorami na tych sporadycznych galach.

Merritt napisał i zaśpiewał „I’ m in a Lonely Way” w telewizyjnej reklamie Volvo, która była emitowana latem i jesienią 2007 roku. Wykonał także utwór „The Wheels on The Car”.

Merritt napisał muzykę i teksty do Off-broadwayowskiej adaptacji Coraline, powieści Neila Gaimana z 2009 roku. W spektaklu teatralnym MCC jego muzyka będzie wykonywana przez „orkiestrę” fortepianu-wraz z tradycyjnym fortepianem, fortepianem zabawkowym i fortepianem preparowanym (fortepianem, którego dźwięk został zmieniony przez przymocowanie do strun przedmiotów – takich jak folia aluminiowa, gumki i karty do gry).

wyprodukował muzykę do niemego filmu 20,000 Leagues Under The Sea, który został zaprezentowany w Castro Theatre w San Francisco 4 maja 2010 roku w ramach Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w San Francisco.