w 1999 roku Gabriel Logan i jego partnerka Lian Xing badają serię wybuchów biologicznych wywołanych przez międzynarodowego terrorystę Ericha Rhoemera. Kiedy agent Ellis traci kontakt podczas misji w Kostaryce, ściśle tajna Agencja wysyła Gabe ’ a i Lian, aby go znaleźli. Odkrywają, że Ellis nie żyje, a podejrzewana przez Rhoemera operacja narkotykowa jest przykrywką dla operacji wirusowej. Kolejna epidemia w Nepalu prowadzi do kolejnych pytań, kiedy zarażona osoba, która powinna była zginąć, jakoś przeżyła.

zanim Agencja będzie mogła ścigać Rhoemera, atakuje Waszyngton i grozi zdetonowaniem bomb wirusowych rozrzuconych po całym mieście. Gabe walczy z kilkoma terrorystami, w tym marą Aramovem, podążając śladem bomb przez ulice miasta, metro, Park Waszyngtona i wreszcie Freedom Memorial, gdzie musi spalić eksperta od amunicji Antona Girdeux, aby powstrzymać ostateczne zagrożenie. Śledztwo Gabe ’ a prowadzi go do nowego tropu z PharCom, międzynarodowej korporacji farmaceutycznej i biotechnologicznej kierowanej przez Jonathana Phagana. Na kostarykańskiej plantacji uprawiano związki PharCom, co oznaczało, że Phagan i Rhoemer współpracowali. W PharCom Exposition Centre Gabe wysyła Phagana na spotkanie z Aramovem i Edwardem Bentonem, pozornym zdrajcą agencji, który pomagał Rhoemerowi podczas ataku na Waszyngton.

Po tym, jak Gabe eliminuje Bentona, ratuje Phagana przed zabójstwem tylko po to, by mu się udało uciec. Mara Aramov, teraz w areszcie, próbowała zlokalizować laboratoria wirusa PharCom. Gabe musi odłożyć polowanie na Phagana, aby zniszczyć bazę Rhoemera w Kazachstanie. Podczas zadania rhoemer pozornie zabija Lian, ale dyrektor Agencji Thomas Markinson ratuje Gabe ’ a. Markinson daje Gabe ’ owi raport na temat wirusa o nazwie Syphon Filter, broni biologicznej, którą można zaprogramować na poziomie genetycznym, aby skierować ją na określone grupy ludzi. Markinson rozkazuje Gabe ’ owi zinfiltrować twierdzę Rhoemera na Ukrainie, aby wstrzyknąć testerom szczepionkę i zlokalizować Phagana, który jest teraz więźniem Rhoemera. W katakumbach Phagan mówi Gabe ’ owi, że Lian żyje i łączą się. Lian zaraziła się filtrem Syfonowym i mówi, że nie ma uniwersalnego lekarstwa.

Mara Aramov przybywa zastrzelić Phagana, ale przekonuje Gabe ’ a i Lian, że przyszła pomóc. Podróżują do magazynów PharCom w nadziei, że Rhoemer nie odpali rakiety. Lian ujawnia, że serum, które Gabe wstrzyknął badanym obiektom, było naprawdę śmiertelną substancją chemiczną, a Markinson kazał ich zabić. Korzystając z walki między terrorystami Rhoemera i pracownikami ochrony Phagana, aby ukryć jego wkład, Gabe schodzi do silosu i szuka kodów detonacji pocisku.

odnajduje Markinsona, który przyznaje, że Agencja była w zmowie z czarną pałką przez cały czas. Rhoemer pracował dla Markinsona, ponieważ ten ostatni chciał mieć wirusa w posiadaniu agencji. Nie dopuścił do ataku rakietowego, ale zanim zdążył go powstrzymać, Rhoemer zabija Markinsona strzałem w głowę. Gabe musi dotrzeć do centrum kontroli pocisku na czas i zniszczyć go. Rozwścieczony, Rhoemer angażuje Gabe ’ a w ostateczną walkę, ale ginie od granatu gazowego.

ich misja zakończona, Gabe i Lian wzywają amerykańskie dowództwo obrony chemicznej i biologicznej (CBDC) do zabezpieczenia obszaru. Nie wiedzą, jak daleko Markinson współpracował z Rhoemerem i Phaganem, ale Gabe uważa, że mogą nigdy się nie dowiedzieć. W scenie po napisach, aramov podchodzi do tajemniczego mężczyzny wewnątrz siedziby agencji i szepcze mu coś do ucha. Gratuluje jej, podczas gdy kamera wycofuje się, aby pokazać pudełka PharCom w biurze.